影響因子高達(dá)7.8分的直腸癌轉(zhuǎn)移肝癌環(huán)狀RNA文章思路解析

相關(guān)信息：
期刊：Molecular Cancer
影響因子：7.8
服務(wù)內(nèi)容：環(huán)狀RNA測(cè)序（云序生物提供）
發(fā)表時(shí)間：2019年1月
測(cè)序樣本：1. 直腸癌患者（CRC）和直腸癌轉(zhuǎn)移為肝癌患者（CRC-m）癌組織，樣本量：3 vs 3
驗(yàn)證樣本：2. 直腸癌患者（CRC）和直腸癌轉(zhuǎn)移為肝癌患者（CRC-m）癌組織，樣本量：24 vs 16

文章內(nèi)容：
1. 全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序構(gòu)建環(huán)狀RNA表達(dá)譜
作者通過(guò)高通量測(cè)序技術(shù)，分別檢測(cè)了CRC和CRC-m患者癌組織中環(huán)狀RNA的表達(dá)，共檢測(cè)到66,855個(gè)環(huán)狀RNA（差異倍數(shù)≥2倍，P值≤0.05），其中92個(gè)環(huán)狀RNA差異上調(diào)，21個(gè)環(huán)狀RNA差異下調(diào)。差異表達(dá)的環(huán)狀RNA，大多是外顯子成環(huán)的且可能具備編碼蛋白的能力。同時(shí)，它們除了在Y染色體上不分布以外，在其他染色體上都有分布。

2. 環(huán)狀RNA定量PCR驗(yàn)證表達(dá)量
作者選取前4名差異上調(diào)的環(huán)狀RNA，擴(kuò)大樣本至40例，進(jìn)行環(huán)狀RNA定量PCR（云序生物提供），驗(yàn)證結(jié)果與測(cè)序結(jié)果的趨勢(shì)一致，說(shuō)明測(cè)序結(jié)果真實(shí)可靠。其中，2個(gè)環(huán)狀：circRNA_0001178和circRNA_0000826為差異高表達(dá)。ROC曲線證實(shí)這2個(gè)環(huán)狀的表達(dá)情況與臨床診斷結(jié)果關(guān)系密切，具有作為直腸癌轉(zhuǎn)移肝癌臨床診斷的潛力。

3. 構(gòu)建環(huán)狀RNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)圖
通過(guò)Cytoscape軟件，作者對(duì)這兩個(gè)環(huán)狀分別構(gòu)建了ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖。首先，確定與circRNA_0001178或circRNA_0000826結(jié)合力最強(qiáng)的5個(gè)miRNA，接著預(yù)測(cè)與miRNA結(jié)合的靶基因，最后構(gòu)建成ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖。

總結(jié)：
總的來(lái)說(shuō)，本篇文章首先對(duì)直腸癌轉(zhuǎn)移肝癌與直腸癌樣本進(jìn)行測(cè)序，構(gòu)建環(huán)狀RNA表達(dá)譜。從測(cè)序結(jié)果中篩選到4條表達(dá)差異最明顯的環(huán)狀RNA。通過(guò)對(duì)臨床樣本的低通量驗(yàn)證，得到2條差異高表達(dá)的環(huán)狀RNA。最后，預(yù)測(cè)能夠與其結(jié)合的miRNA和靶基因，構(gòu)建環(huán)狀RNA-miRNA-mRNA網(wǎng)絡(luò)圖。
全文鏈接：
https://molecular-cancer.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12943-018-0932-8

云序相關(guān)產(chǎn)品推薦：

全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

環(huán)狀RNA測(cè)序

LncRNA測(cè)序

環(huán)狀RNA定量PCR

m6A RNA全轉(zhuǎn)錄組甲基化測(cè)序

m5C RNA全轉(zhuǎn)錄組甲基化測(cè)序

m1A RNA全轉(zhuǎn)錄組甲基化測(cè)序

RNA pull down
RIP測(cè)序

往期回顧：

年末驚喜不斷！賀云序客戶從表達(dá)譜至海綿機(jī)制完美進(jìn)階，教你輕松玩轉(zhuǎn)環(huán)狀RNA測(cè)序加機(jī)制研究！

熱烈祝賀云序生物客戶發(fā)表首篇吉西他濱耐藥胰腺導(dǎo)管癌環(huán)狀RNA文章

云序生物--環(huán)狀RNA研究領(lǐng)跑者！

Nature子刊 | circRNA_104075海綿吸附靶向抑制YAP表達(dá)的miR-582-3p從而促進(jìn)肝癌

環(huán)狀RNA讓你如何快速發(fā)表5分以上文章------套路在這里！

環(huán)狀RNA結(jié)合功能蛋白！找對(duì)方向20分文章水到渠成

環(huán)狀RAN機(jī)制研究，“一站”到底！

云序客戶發(fā)表首篇紅斑狼瘡性腎炎環(huán)狀RNA文章！

再添新喜！云序客戶發(fā)表世界首篇非洲爪蟾環(huán)狀RNA研究成果！

云序客戶發(fā)表首篇腦創(chuàng)傷外泌體環(huán)狀RNA文章！教你如何快速玩轉(zhuǎn)5分文章!

2018國(guó)自然研究熱點(diǎn)一：環(huán)狀RNA研究深度剖析

Nature Communications：環(huán)狀RNA 參與干細(xì)胞分化

花式虐狗：CircRNA和m6A相愛(ài)了！

什么鬼？我的環(huán)狀RNA不是miRNA海綿！

震驚！環(huán)狀RNA攜海綿機(jī)制竟能登Science

國(guó)自然熱點(diǎn)的全面解析

環(huán)狀RNA研究寶典

（原創(chuàng)）環(huán)狀RNAs解密薛甄珠之死！

環(huán)狀RNA與多形性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤的預(yù)后相關(guān)

捷報(bào)頻傳，全世界首篇雞的環(huán)狀RNA研究成果問(wèn)世

熱烈祝賀云序客戶發(fā)表全世界首篇小麥環(huán)狀RNA研究成果

熱烈祝賀云序客戶發(fā)表全世界首篇斑馬魚(yú)環(huán)狀RNA研究成果

上海云序生物科技有限公司
Shanghai Cloud-seq Biotech Co., Ltd.
地址：上海市松江區(qū)莘磚公路518號(hào)20號(hào)樓3樓
電話：021-64878766
傳真：021-64878766
網(wǎng)址：www.cloud-seq.com.cn
郵箱：market@cloud-seq.com.cn