最新高分文章套路 | 強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合（脂質(zhì)組+DIA），IF>10

 脂質(zhì)組學(xué)技術(shù) 

相比其他組學(xué)技術(shù)，脂質(zhì)組學(xué)技術(shù)發(fā)展較晚，新穎性高，僅僅只是純數(shù)據(jù)分析也可以發(fā)表在不錯(cuò)的期刊上。如果希望研究得更高深入，可以往下游脂質(zhì)功能或者往上游的蛋白或基因出發(fā)研究脂代謝調(diào)控機(jī)制。

【純組學(xué)數(shù)據(jù)分析發(fā)文】

PNAS | 脂質(zhì)組學(xué)揭示病毒感染引起的脂代謝異常及潛在治療靶點(diǎn)

【代謝專(zhuān)欄】脂質(zhì)組學(xué)研究心臟肥大靶標(biāo)發(fā)表在Cell Reports上

“脂”指高峰 | 影響因子13.3分輕輕松松

 

 DIA技術(shù) 

新一代、革命性的蛋白質(zhì)組技術(shù)DIA,相比傳統(tǒng)的蛋白質(zhì)組技術(shù)（shotgun，Label free、iTRAQ或TMT等）以及4D 蛋白質(zhì)組學(xué)，具有覆蓋度高、重現(xiàn)性高、定量準(zhǔn)確性高(可以達(dá)到與MRM/PRM相近的水平)等優(yōu)勢(shì)，被美國(guó)癌癥登月計(jì)劃、瑞士蘇黎世癌癥地圖計(jì)劃、澳大利亞ProCan項(xiàng)目等國(guó)家級(jí)精準(zhǔn)醫(yī)療項(xiàng)目采用，并且在出現(xiàn)在越來(lái)越多的高水平研究中。

【解讀推薦】

Less is more：DIA技術(shù)，2table+1figure，得一篇12分的Molecular Psychiatry文章

站在巨人的肩膀上看世界：DIA技術(shù)最新應(yīng)用速遞

重磅��！心血管頂級(jí)期刊：解析粥樣硬化密碼 ——蛋白質(zhì)組+高級(jí)生信分析的正確打開(kāi)方式

最新Nature Biotechnology：實(shí)驗(yàn)結(jié)果無(wú)法重復(fù)？原因可能在這里！

脂質(zhì)組+ DIA強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合，會(huì)擦出什么樣的火花呢。今天跟小編一起來(lái)看一篇最新發(fā)表在Biological Psychiatry IF= 11.982的文章吧！這篇文章利用脂質(zhì)組+DIA揭示了精神病經(jīng)歷患者的早期脂代謝特征及與相關(guān)蛋白的相互作用關(guān)系。

Integrated Lipidomics and Proteomics Point to Early Blood-Based Changes in Childhood Preceding Later Development of Psychotic Experiences: Evidence From the Avon Longitudinal Study of Parents and Children

2019 Biological Psychiatry  IF= 11.982

研究材料：115名參與者12歲時(shí)的血漿樣本

技術(shù)：脂質(zhì)組+蛋白DIA

精神疾病(包括精神疾病和情感疾病)的早期診斷和治療可以顯著改善他們的臨床結(jié)果。過(guò)去15年的研究表明，一般人群中8%到17%的兒童和青少年、7%的成年人有精神病經(jīng)歷，其中早期存在亞臨床癥狀的個(gè)體有更高患精神病或其他疾病的風(fēng)險(xiǎn)。對(duì)精神疾病的生物特征識(shí)別有助于這些疾病的病理生理學(xué)研究，以及篩選具有早期檢測(cè)和診斷潛力的生物標(biāo)志物。

1.>>>研究隊(duì)列<<<

通過(guò)多年的隨訪，本次研究選擇了115名參與者，其中實(shí)驗(yàn)組PEs 48名（12歲時(shí)無(wú)精神病經(jīng)歷，而在18歲時(shí)有確切的精神病經(jīng)歷），對(duì)照組Control 67名（12歲時(shí)無(wú)精神病經(jīng)歷，而在18歲時(shí)有有確切的精神病經(jīng)歷）。兩組在性別、BMI以及社會(huì)地位上無(wú)明顯差異。與對(duì)照組相比，PEs組有9例達(dá)到抑郁標(biāo)準(zhǔn)，正常對(duì)照組無(wú)一例。

2.>>>脂質(zhì)組學(xué)分析結(jié)果<<<

對(duì)115名參與者12歲時(shí)的血漿樣本進(jìn)行脂質(zhì)組學(xué)分析，一共檢測(cè)到61種PC脂質(zhì)分子和11種LPC脂質(zhì)分子。通過(guò)單變量統(tǒng)計(jì)分析，一共篩選到34種脂質(zhì)分子。FDR校正后，16種脂質(zhì)分子仍然在PEs組含量上調(diào)。比較有趣的是，單變量分析與多變量分析的結(jié)果具有一致性。

3.>>>蛋白組分析結(jié)果<<<

前期的研究結(jié)果表明精神障礙癥患者兒童時(shí)期凝血途徑異常，因此此次研究對(duì)115名參與者12歲時(shí)的血漿樣本，采用DIA技術(shù)檢測(cè)凝血途徑中的22個(gè)蛋白。通過(guò)單變量統(tǒng)計(jì)分析，一共篩選到3種凝血蛋白。FDR校正后，只有1種蛋白（PLG）仍然在PEs組含量上調(diào)。

4.>>>脂質(zhì)組+蛋白組<<<

凝血和補(bǔ)體途徑蛋白在功能上密切相關(guān)。由于這個(gè)原因，作者將能夠獲取的補(bǔ)體途徑中的蛋白也納入了聯(lián)合分析。相關(guān)性分析結(jié)果表明17種脂質(zhì)分子與6種蛋白正相關(guān)，其中凝血途徑的PLG,heparin cofactor 2以及補(bǔ)體途徑中的vitronectin具有很強(qiáng)的相關(guān)性。

5.>>>聚類(lèi)分析<<<

為了進(jìn)一步識(shí)別人群隊(duì)列中潛在的相似代謝，基于KODAMA值進(jìn)行partition around medoids clustering分析，鑒定到4個(gè)cluster(A,B,C,D)。

比較有意思的是，不同cluster的PEs的發(fā)生具有顯著差異，分別是Cluster A：71%，Cluster B：42%，Cluster C：29%，Cluster D：19%，其中cluster D發(fā)生PE的可能性最高。

 

 結(jié)論 

通過(guò)脂質(zhì)組和蛋白組實(shí)驗(yàn)，研究發(fā)現(xiàn)12種PCs，4種LPCs以及凝血途徑的PLG在對(duì)照組和PEs組具有顯著變化，且大多數(shù)脂質(zhì)分子與PLG具有很強(qiáng)的相關(guān)性。無(wú)監(jiān)督的聚類(lèi)分析發(fā)現(xiàn)cluster D發(fā)生PE的可能性最高。這篇文章揭示了代謝失調(diào)可能會(huì)引起PEs的早期易感性，并提示這些PCs、LPCs、凝血和補(bǔ)體蛋白之間的相互作用。

小編心得

1.DIA定量準(zhǔn)確性接近PRM，可用于靶向檢測(cè)

相比傳統(tǒng)的DDA，DIA新技術(shù)覆蓋度高、重現(xiàn)性高、定量準(zhǔn)確性高，可以達(dá)到與MRM/PRM相近的水平。正因如此，在這篇文章中采用的是DIA技術(shù)針對(duì)22個(gè)蛋白進(jìn)行目標(biāo)性檢測(cè)。

2.脂質(zhì)組學(xué)研究難點(diǎn)

●與常規(guī)代謝組一樣，脂質(zhì)組學(xué)也需要重點(diǎn)考察實(shí)驗(yàn)過(guò)程中的穩(wěn)定性和重現(xiàn)性。全面、客觀反映數(shù)據(jù)質(zhì)量好壞的評(píng)價(jià)體系至關(guān)重要。

●與常規(guī)代謝組不同的是：脂質(zhì)的理化性質(zhì)比較特殊，其粘附性高，容易出現(xiàn)分離度不理想，色譜峰形差等問(wèn)題，其對(duì)色譜的分離能力要求更高。不理想的色譜分離效果，會(huì)導(dǎo)致各種脂質(zhì)峰之間無(wú)法區(qū)分，影響質(zhì)譜的采集效率；而較差的色譜峰形，將影響定量結(jié)果的準(zhǔn)確性。理想的分離效果是色譜峰在整個(gè)洗脫時(shí)間段內(nèi)分布均勻，且峰形對(duì)稱(chēng)、尖銳。

良好的色譜分離效果

糟糕的色譜分離效果

中科新生命是最早提供代謝組學(xué)服務(wù)的平臺(tái)之一，具備中國(guó)計(jì)量認(rèn)證（CMA）、iso9001質(zhì)量管理體系認(rèn)證等資質(zhì)。中科新生命脂質(zhì)組學(xué)技術(shù)平臺(tái)建立在LC-MS/MS上，采用包含170萬(wàn)種脂質(zhì)分子的商業(yè)化LipidSearch數(shù)據(jù)庫(kù)以及優(yōu)化的色譜體系，除了提供脂質(zhì)組相對(duì)定量，絕對(duì)定量外，還提供一站式的脂質(zhì)驗(yàn)證服務(wù)和多組學(xué)聯(lián)合服務(wù)。