m5C RNA修飾表達譜文章教您如何另辟蹊徑快速發(fā)文

文章導(dǎo)讀
隨著RNA修飾在生物領(lǐng)域的持續(xù)火熱，關(guān)于m6A修飾的研究已經(jīng)廣 泛開展并發(fā)表，至今已覺不新鮮；5-甲基胞嘧啶RNA甲基化（m5C）是一類新的修飾方式，參與調(diào)控細胞應(yīng)激、發(fā)育和基因表達等方面，目前m5C研究正處 方興未艾之際，大量的科學(xué)研究工作也亟待開展，非常適合有探索性和新穎性需求的老師。這里我們收集整理了4篇云序生物提供服務(wù)的m5C甲基化研究的文章，通過展示m5C甲基化的表達分析過程，帶領(lǐng)大家掌握常規(guī)性表達譜分析思路，給想短時間內(nèi)發(fā)表5分左右文章的老師提供一條康莊大道。 系統(tǒng)性紅斑狼瘡CD4+ T細胞mRNA m5C甲基化與疾病活動性相關(guān)的改變
發(fā)表雜志：Frontiers in Cell and Developmental Biology
影響因子：5.201
發(fā)表日期：2020.06.05
研究方法：LC-MS/MS，m5C-Bis-Seq，RNA-Seq，RT-qPCR
文章鏈接：Disease Activity-Associated Alteration of mRNA m5C Methylation in CD4+ T Cells of Systemic Lupus Erythematosus
表觀遺傳過程與系統(tǒng)性紅斑狼瘡（SLE）的遺傳風(fēng)險相關(guān)。本文旨在探索SLE患者CD4+ T細胞中5-甲基胞嘧啶(m5C)的表達異常以及受影響的mRNA在SLE發(fā)病機制中的潛在功能。首先采用質(zhì)譜分析表明SLE患者CD4+ T細胞的mRNA甲基化呈現(xiàn)高度活性。隨后在27例SLE患者和28例HCs患者的CD4+ T細胞中驗證了mRNA甲基轉(zhuǎn)移酶NSUN2的表達。采用由云序生物提供的m5C-bis-seq與RNA-seq聯(lián)合分析NSUN2敲低的HeLa細胞和SLE患者CD4+ T細胞的低甲基化mRNA表達譜，與HCs患者相比，SLE患者CD4+ T細胞中m5C水平下降，但含有m5C的mRNA數(shù)量增加。同時，mRNA轉(zhuǎn)錄物中的m5C位點分布高度保守，并且富含mRNA翻譯起始位點。注釋結(jié)果表明SLE中的高甲基化m5C及明顯上調(diào)基因參與了免疫相關(guān)和炎性途徑，包括免疫系統(tǒng)細胞因子信號傳導(dǎo)途徑和干擾素信號傳導(dǎo)。低甲基化m5C基因則揭示了真核翻譯延長和終止與mRNA代謝之間的聯(lián)系。這些數(shù)據(jù)為未來研究SLE中mRNA m5C修飾的多功能性和轉(zhuǎn)錄后意義提供了有價值的視角。 NSUN2缺失對HEK293細胞mRNA 5-甲基胞嘧啶修飾和基因表達譜的影響
發(fā)表雜志：Epigenomics
影響因子：4.112
發(fā)表日期：2018.12.11
研究方法：m5C-Bis-Seq，RNA-Seq，RT-qPCR
文章鏈接：Effects of NSUN2 deficiency on the mRNA 5-methylcytosine modification and gene expression profile in HEK293 cells
為了研究NSUN2在調(diào)控基因表達和細胞增殖中的生物學(xué)作用，本文采用CRISPR/Cas9系統(tǒng)在HEK293細胞中敲除NSUN2基因，并通過由云序生物提供的m5C-Bis-Seq和RNA-Seq檢測mRNA m5C修飾和基因表達。結(jié)果發(fā)現(xiàn)1185個差異甲基化基因和790個差異表達基因，生物信息學(xué)分析表明，這些差異甲基化基因主要參與調(diào)控基因表達，與細胞增殖相關(guān)的通路被差異表達的基因被明顯富集。此外，GRB2和CD44可能是NSUN2介導(dǎo)的細胞增殖的關(guān)鍵調(diào)控因子。結(jié)果表明NSUN2缺失可抑 制HEK293細胞的增殖和遷移。這些發(fā)現(xiàn)有助于闡明NSUN2影響細胞增殖、遷移和其他細胞表型的分子機制。  人肝ai和對應(yīng)臨近非腫 瘤組織中mRNA的差異m5C表達譜概述
發(fā)表雜志：Journal of Translational Medicine
影響因子：4.124
發(fā)表日期：2020.06.22
研究方法：m5C-MeRIP-Seq，RNA-seq
文章鏈接：Overview of distinct 5-methylcytosine profiles of messenger RNA in human hepatocellular carcinoma and paired adjacent non-tumor tissues
轉(zhuǎn)錄后甲基化修飾，如5-甲基胞嘧啶(m5C)修飾，與ai癥的腫 瘤發(fā)生密切相關(guān)。然而，肝細胞ai(HCC)中m5C修飾的mRNA表達譜尚不清楚。本文通過由云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq鑒定人HCC組織及鄰近組織mRNA上的m5C峰，通過由云序生物提供的RNA-seq聯(lián)合分析并預(yù)測特定甲基化轉(zhuǎn)錄本的功能。結(jié)果發(fā)現(xiàn)m5C在HCC和配對的非腫 瘤組織中存在明顯差異，暗示了m5C可能在HCC的發(fā)病機制中發(fā)揮作用。此外，GO和KEGG分析表明mRNA m5C在HCC中獨特的分布模式與廣 泛的細胞功能相關(guān)。 肝細胞ai中l(wèi)ncRNA的m5C轉(zhuǎn)錄表達譜分析
發(fā)表雜志：Cancer Management and Research
影響因子：2.886
發(fā)表日期：2020.05.14
研究方法：m5C-MeRIP-Seq，RNA-seq
文章鏈接：Transcriptome-Wide 5-Methylcytosine Functional Profiling of Long Non-Coding RNA in Hepatocellular Carcinoma
越來越多的證據(jù)表明，甲基化狀態(tài)與多種ai癥的發(fā)病機制有關(guān)。其中，肝細胞ai(HCC)是威脅全球人類健康的致命疾病。雖然5-甲基胞嘧啶(m5C)已被確定為一種重要的調(diào)控修飾，但其在實體腫 瘤(包括HCC)中的分布仍不清楚。本研究旨在探討m5C在HCC中的分布與相關(guān)功能。通過通過由云序生物提供的m5C-MeRIP-Seq，我們觀察到在HCC lncRNA中，m5C甲基化需要一個序列基序。無監(jiān)督的分級聚類分析證實，lncRNA m5C的甲基化在HCC中比鄰近的非腫 瘤組織更常見。通過由云序生物提供的RNA-seq數(shù)據(jù)顯示，在HCC中，更多基因通過甲基化表達上調(diào)，而在鄰近的非腫 瘤組織中，甲基化表達下調(diào)更多基因。GO和KEGG通路分析顯示，lncRNA中與m5C位點顯 著相關(guān)的基因參與了HCC信號通路。結(jié)果表明，與鄰近的非腫 瘤組織相比，HCC中m5C的數(shù)量和分布有很大差異。本文進一步預(yù)測了m5C可能參與的HCC細胞功能，為m5C lncRNA在HCC腫 瘤發(fā)生進展中的表觀遺傳調(diào)控提供了證據(jù)。 點評
文章1和文章2采用m5C-Bis-Seq結(jié)合高通量測序技術(shù)，得到全基因組m5C修飾圖譜，該方法的優(yōu)點是能夠準確定位單堿基的m5C修飾情況。文章3與文章4選用的是云序的m5C-MeRIP結(jié)合全轉(zhuǎn)錄組測序，可通過（超）微量的樣品量，實現(xiàn)一次測序3份數(shù)據(jù)的超值性價比，通過檢測出的circRNA，lncRNA，mRNA表達水平，進行深度挖掘不同分子的RNA修飾機制。
云序生物—RNA修飾優(yōu)勢
專業(yè)的服務(wù)平臺
云序生物是國內(nèi)較早提供10分以上RNA修飾文章發(fā)表服務(wù)平臺，今用戶已發(fā)表20+篇RNA修飾相關(guān)文章（涵蓋了m6A、m5C、m1A、ac4C等各類修飾文章），其中多篇影響因子超過10分，成為國內(nèi)RNA修飾測序?qū)�業(yè)的服務(wù)平臺。2016年至今，檢測樣本數(shù)量累積超過5000+，MeRIP富集成功率高達98%以上。特殊樣本如血清，血漿，外泌體和石蠟等也可進行RNA修飾測序。
較多RNA修飾服務(wù)
公司長期致力于提供優(yōu) 質(zhì)前沿表觀研究測序產(chǎn)品，結(jié)合科研熱點繼m6A、m5C、m1A之后，隆重推出多款RNA新修飾，不僅有m7G測序，還包括m3C測序、ac4C乙�；瘻y序和2'-O-甲基化測序，打造了全修飾和全分子覆蓋的研究平臺。
一站式服務(wù)
公司提供RNA測序一站式服務(wù)和系統(tǒng)化解決方案，助力科研。
云序m5C RNA修飾課題技術(shù)服務(wù)五大模塊:
m5C RNA修飾測序
m5C RNA修飾測序（m5C-seq）
根據(jù)測序?qū)ο蠓譃閙5C全轉(zhuǎn)錄組測序（環(huán)狀RNA、lncRNA、mRNA），pri-miRNA測序以及tRNA測序等服務(wù)，滿足客戶的各類測序需求。根據(jù)測序方法分為m5C-Bis-Seq和m5C-MeRIP兩種。
重亞硫酸氫鈉測序法（Bis-Seq）→高精確度：是m5C鑒定的金標(biāo)準，原理是重亞硫酸鹽不影響甲基化C，卻能將未發(fā)生甲基化的C轉(zhuǎn)變成U（尿嘧啶），后者在PCR反應(yīng)中變成T，并由此將甲基化C與未甲基化C區(qū)分開；再結(jié)合高通量測序技術(shù)，即可得到單堿基分辨率的全基因組m5C修飾圖譜。重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換未甲基化C的效率高達99%以上，使得該方法的接受度教高。云序生物具有成熟的Bis-Seq實驗平臺以及豐富的RNA 甲基化測序經(jīng)驗，可以滿足客戶對不同樣本、不同類型RNA 甲基化測序的各類需求。
甲基化RNA免疫共沉淀測序（Methylated RNA Immunoprecipitation with Next Generation Sequencing，MeRIP-Seq）→微量樣品+高性價比：是研究細胞內(nèi)轉(zhuǎn)錄組表觀修飾的新技術(shù)，通過使用m5C抗體富集高甲基化的RNA片段，然后結(jié)合高通量測序，在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)研究發(fā)生甲基化的RNA區(qū)域，從而比較不同細胞、組織、樣本間的RNA甲基化修飾模式的差異，可以幫助解決細胞分化、生物發(fā)育、疾病發(fā)生 發(fā)展等生物學(xué)問題。云序生物MeRIP測序可針對超微量樣品進行建庫測序，500ng總RNA即可完成測序，并實現(xiàn)一次測序3份數(shù)據(jù)的超值性價比， m5C RNA修飾靶基因驗證
 m5C MeRIP-qPCR
云序提供各類不同修飾的MeRIP-qPCR服務(wù)，可針對mRNA，lncRNA，環(huán)狀RNA等不同類型的RNA分子進行檢測，低通量驗證RNA修飾靶基因表達水平。
機制互作研究
RIP-seq/qPCR
篩選或驗證RNA修飾直接靶點，研究RNA修飾靶基因的調(diào)控機制。
RNA pull down -MS/WB
篩選或驗證目標(biāo)RNA互作基因或蛋白，研究相應(yīng)的分子調(diào)控機制。
雙熒光素酶實驗
驗證兩基因互作，研究相應(yīng)的分子調(diào)控機制。
m5C RNA修飾上游酶的篩選
RNA修飾相關(guān)酶PCR芯片
尋找上游直接調(diào)控m5C甲基化的甲基轉(zhuǎn)移酶。
檢測整體m5C RNA修飾水平
LC-MS/MS檢測整體RNA修飾水平
精 準高效，可以實現(xiàn)一次檢測，9類修飾水平檢測，一步到位。