m6A在農(nóng)業(yè)生物研究方面的應(yīng)用匯總

目前m6A修飾的文獻已達3000+篇，并且每年呈指數(shù)上漲，證明目前m6A修飾研究火熱程度。其中大部分研究是在人和大鼠小鼠中，其他動物中發(fā)表出來的文獻還較少，留有非常廣泛的研究空間。Pubmed上文獻搜索結(jié)果顯示，目前m6A農(nóng)口文章中，非洲爪蟾文章4篇，雞13篇，牛5篇，豬31篇，其中，云序生物提供測序服務(wù)助力發(fā)表的文章物種涵蓋了非洲爪蟾、雞、牛。我們?yōu)榇蠹覅R總了5篇云序客戶發(fā)表的農(nóng)口文章，均是僅通過測序數(shù)據(jù)分析，發(fā)表了m6A修飾譜學文章。其中的文章3和4，一次m6A全轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù),發(fā)表了lncRNA和circRNA兩篇文章，真正體現(xiàn)了一次測序數(shù)據(jù)，多個研究成果，也為如何在3-6個月內(nèi)短、平、快發(fā)表5分左右文章提供借鑒。

  發(fā)表期刊：Chemosphere
影響因子：5.778
發(fā)表時間：2020.4
客戶單位：山東第一醫(yī)科大學
文章鏈接：Distinct m6A methylome profiles in poly(A) RNA from Xenopus laevis testis and that treated with atrazine
本研究通過云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服務(wù)，檢測了阿特拉津(AZ)處理和未處理的非洲爪蟾(Xenopus laevis, X. laevis)睪丸組織（3v3）的m6A轉(zhuǎn)錄組譜。結(jié)果表明，m6A是X. laevis中一個高度保守的mRNA修飾。與哺乳動物不同，X. laevisis中的m6A富集于結(jié)束密碼子和開始密碼子附近，如植物中報道的那樣。通過m6A測序，研究了AZ暴露下 X. laevis睪丸中m6A的差異表達，并與對照組的X. laevis進行了比較。結(jié)果表明，AZ導(dǎo)致1380個m6A修飾位點表達譜的改變(696個上調(diào)，684個下調(diào))。KEGG通路分析表明，“nod樣受體”、“緊密連接”、“過氧化物酶體增殖物激活受體”、“粘附連接”、“甘油磷脂代謝”和“脂肪酸生物合成”信號通路可能與受AZ影響的X. laevis睪丸發(fā)育異常有關(guān)。分析結(jié)果顯示，m6A修飾與mRNA豐度呈正相關(guān)，提示m6A在兩棲基因表達中起調(diào)控作用。本文報道了兩棲動物X. laevis的轉(zhuǎn)錄組圖譜，為揭示可能影響/控制兩棲動物睪丸發(fā)育的m6A功能提供了基礎(chǔ)。

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發(fā)表期刊：Frontiers in Cell and Developmental Biology
影響因子：5.201
發(fā)表時間：2021.2.5
客戶單位：農(nóng)業(yè)部雞遺傳育種重點實驗室
文章鏈接：Profiling of RNA N6-Methyladenosine Methylation Reveals the Critical Role of m6A in Chicken Adipose Deposition
本研究繪制了雞脂肪組織中m6A修飾景觀。采用云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服務(wù)比較肥瘦肉雞（3v3）m6A甲基化模式的差異。分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)，起始密碼子、終止密碼子、編碼區(qū)和3’UTR區(qū)普遍富集m6A峰。高甲基化的m6A基因(肥禽與瘦禽)主要與脂肪酸生物合成和脂肪酸代謝相關(guān)，而低甲基化的m6A基因主要參與與發(fā)育相關(guān)的過程。此外，本研究發(fā)現(xiàn)許多基因的mRNA水平可能受m6A修飾的調(diào)控。這是對雞脂肪轉(zhuǎn)錄組中m6A模式的首次全面表征，為研究m6A修飾在脂肪沉積中的作用提供了基礎(chǔ)。

  發(fā)表期刊：BMC Genomics
影響因子：3.594
發(fā)表時間：2021.4.22
客戶單位：河南農(nóng)業(yè)大學
文章鏈接：Transcriptome-wide N6-methyladenosine modification profiling of long non-coding RNAs during replication of Marek's disease virus in vitro
本研究分析了馬立克氏病毒（MDV）感染和未感染（3v3）的雞胚成纖維細胞(CEF)中l(wèi)ncRNA的m6A修飾。通過云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服務(wù)結(jié)果顯示，與未感染細胞相比，lncRNA m6A修飾位點的表達增加，而lncRNA m6A修飾位點的表達高度保守。GO和KEGG分析表明，lncRNA m6A的修飾與MDV感染相關(guān)的信號通路高度相關(guān)。MDV感染后出現(xiàn)的lncRNA上的m6A的變化表明，這一過程在MDV復(fù)制過程中起著重要的調(diào)控作用。本文報道了MDV感染CEF細胞中l(wèi)ncRNA轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)m6A修飾的改變。

 

文章4.雞馬立克氏病毒中circRNA m6A修飾譜

發(fā)表期刊：Scientific reports
影響因子：3.998
發(fā)表時間：2021.5.26
客戶單位：河南農(nóng)學大學
文章鏈接：Comprehensive profling analysis of the N6-methyladenosine-modifed circular RNA transcriptome in cultured cells infected with Marek's disease virus
本研究對感染和未感染（3v3）馬立克氏病毒（MDV）的雞胚成纖維細胞(CEF)通過云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服務(wù), 對環(huán)狀RNA上的m6A修飾進行了分析, 發(fā)現(xiàn)m6A修飾在環(huán)狀RNA中高度保守。與未感染組相比，感染MDV的細胞中circRNA m6A修飾的豐度減少，但峰數(shù)和保守基序的數(shù)量沒有顯著差異。然而，GO和KEGG通路分析表明，胰島素信號通路與m6A修飾環(huán)狀RNA在MDV感染中的調(diào)控有關(guān)。本文描述了MDV感染CEF細胞中環(huán)狀RNA m6A修飾譜的變化的研究。

發(fā)表期刊：International Journal of Molecular Sciences
影響因子：4.6
發(fā)表時間：2021.6.10
客戶單位：華中農(nóng)業(yè)大學
文章鏈接：Transcriptome Profiling of m6A mRNA Modification in Bovine Mammary Epithelial Cells Treated with Escherichia coli
本研究使用云序生物提供的m6A-MeRIP-seq服務(wù)，對經(jīng)滅活大腸桿菌處理24 h和未處理（3v3）的牛乳腺上皮細胞RNA進行測序。與Con組相比，大腸桿菌組有474個mRNA高甲基化，2101個mRNA低甲基化。生物學功能分析顯示，差異的m6a修飾基因主要富集于MAPK、NF-κB和TGF-β信號通路。為了探究m6A與mRNA表達的關(guān)系，結(jié)合MeRIP-seq和mRNA-seq分析，發(fā)現(xiàn)212個基因的mRNA表達和m6A修飾均發(fā)生了變化。本研究提出了大腸桿菌治療乳腺炎的RNA m6A修飾圖譜，為今后的研究提供了基礎(chǔ)。

 

云序生物m6A修飾研究五大模塊
01 m6A RNA修飾測序
m6A RNA修飾測序（m6A-meRIP-seq）
對m6A RNA甲基化，目前流行的檢測手段為m6A-Seq技術(shù)，適用于m6A RNA甲基化譜研究，快速篩選m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多種非編碼RNA的m6A測序：

• m6A 全轉(zhuǎn)錄組測序（涵蓋mRNA，LncRNA，circRNA）
• m6A  LncRNA測序（涵蓋LncRNA和mRNA）
• m6A  Pri-miRNA測序（涵蓋Pri-miRNA和mRNA）
• m6A  mRNA測序
• m6A  miRNA測序

02 檢測整體m6A RNA修飾水平
 LC-MS/MS檢測整體RNA修飾水平
精準高效，可以實現(xiàn)一次檢測，9類修飾水平檢測，一步到位。
比色法檢測整體RNA修飾水平
快速檢測m6A整體甲基化水平
03 m6A RNA修飾上游酶的篩選
m6A RNA修飾相關(guān)酶PCR芯片
尋找上游直接調(diào)控m6A RNA甲基化的甲基轉(zhuǎn)移酶。
04 m6A RNA修飾靶基因驗證
 meRIP-qPCR
云序提供各類不同修飾的meRIP-qPCR服務(wù)，可針對mRNA，lncRNA，環(huán)狀RNA等不同類型的RNA分子進行檢測，低通量驗證RNA修飾靶基因表達水平。
05機制互作研究
5.1 RIP-seq/qPCR
篩選或驗證RNA修飾直接靶點，研究RNA修飾靶基因的調(diào)控機制。
5.2 RNA pull down -MS/WB
篩選或驗證目標RNA互作基因或蛋白，研究相應(yīng)的分子調(diào)控機制。
5.3 雙熒光素酶實驗
驗證兩基因互作，研究相應(yīng)的分子調(diào)控機制。
5.4 ChIP-seq
篩選或驗證目標蛋白與DNA互作，研究相應(yīng)的分子調(diào)控機制。

云序生物服務(wù)優(yōu)勢
優(yōu)勢一：發(fā)表10分以上文章最多的m6A RNA甲基化測序服務(wù)平臺。云序已累計支持客戶發(fā)表49篇高水平文章，合計影響因子300分+，是國內(nèi)支持發(fā)文最多、累計影響因子最高的公司。
優(yōu)勢二：至今完成4000+例m6A測序樣本，覆蓋醫(yī)口、農(nóng)口等各類樣本。
優(yōu)勢三：全面檢測mRNA和各類非編碼RNA（circRNA，lncRNA，Pri-miRNA等）。
優(yōu)勢四：獨家提供m6A一站式服務(wù)：：m6A整體水平檢測、m6A測序、MeRIP-qPCR驗證、RIP和RNA pull-down。
優(yōu)勢五：率先研發(fā)超微量meRIP測序技術(shù)，RNA量低至500ng起。
優(yōu)勢六：國內(nèi)最全的RNA修飾測序平臺，提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、O8G、ac4C乙�；�和2'-O-甲基化測序。