單細胞測序運用實踐—細胞懸液制備經(jīng)驗分享
單細胞檢測技術(shù)的發(fā)展將生命科學研究推向了一個全新的維度。基于單細胞技術(shù)，我們對生命體的理解，對疾病組織的了解上升到了最基本的單元—細胞。通過對組織中的各類細胞的基因特征檢測與分析，增進了我們對細胞的本身特性及細胞與細胞之間互作關(guān)系的理解。正是基于單細胞檢測技術(shù)在各類疾病中的研究運用，使得我們對疾病的發(fā)生發(fā)展和抗藥等的了解更加深入，更加明確，也更能找到最核心、影響最大的某類細胞和基因�？梢哉f，正是單細胞檢測技術(shù)的發(fā)展和運用，極大地加速了科學研究往臨床的轉(zhuǎn)化和運用。
單細胞技術(shù)用于腫瘤研究。
引自：Cancer Cell. 2020 Apr 13;37(4):456-470.
雖然我們進行單細胞測序的研究目的不盡相同，但絕大多數(shù)研究是以組織樣本作為研究材料。目前單細胞測序?qū)嶒炇紫纫獙⒔M織解離為單細胞懸液，再上機進行油包水、建庫、測序、數(shù)據(jù)分析。而我們知道生命體是相當復雜的，以人體為例，人體是由四大組織系統(tǒng)組成的，包括上皮組織、結(jié)締組織、肌肉組織、神經(jīng)組織。不同組織的細胞構(gòu)成、細胞特性、細胞間質(zhì)組成可能有很大的差異。比如，上皮組織由密集的上皮細胞和少量細胞間質(zhì)構(gòu)成。結(jié)構(gòu)特點是細胞結(jié)合緊密，細胞間質(zhì)少；結(jié)締組織由細胞和大量細胞間質(zhì)構(gòu)成，細胞間質(zhì)包括基質(zhì)、細絲狀的纖維和不斷循環(huán)更新的組織液，細胞散居于細胞間質(zhì)內(nèi)；肌細胞間有少量結(jié)締組織，并有毛細血管和神經(jīng)纖維等；神經(jīng)組織是神經(jīng)系統(tǒng)的主要組成成分，由神經(jīng)細胞和神經(jīng)膠質(zhì)組成，神經(jīng)細胞會有很長的突起。
人體組織分類圖
這些組織差異使得單細胞懸液制備沒有統(tǒng)一的protocol，而單細胞測序?qū)渭毎麘乙嘿|(zhì)量要求也比較高。因此需要根據(jù)組織類型，甚至是相同組織的不同疾病狀態(tài)等摸索特定的實驗條件，比如組織剪碎方式、酶種類和濃度選擇、酶解時間選擇、酶解條件選擇等等。
上海生物芯片深耕科研服務(wù)20年，也緊隨單細胞檢測技術(shù)的推廣為廣大科研工作者提供優(yōu)質(zhì)的單細胞檢測服務(wù)。經(jīng)過多年的摸索與實踐，我們已對包括人、大鼠、小鼠等在內(nèi)的各類組織成功進行單細胞制備實驗，為單細胞后續(xù)實驗的成功開展打下了堅實的基礎(chǔ)。包括人，大、小鼠及其他模式生物。
--部分單細胞懸液制備結(jié)果--
人-膽管癌
人-胃癌
人-肝癌
人-腸息肉
--部分人，大、小鼠制備消化經(jīng)驗一覽--
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人 |
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成功率非常高 |
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人-癌癥腦轉(zhuǎn)移 |
人-結(jié)腸息肉 |
人-牙乳頭 |
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人-賁門癌 |
人-口腔鱗癌 |
人-牙周/牙周膜 |
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人-鼻腔腫瘤 |
人-卵泡液 |
人-胰島 |
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人-鼻上皮 |
人-腦部淋巴瘤/癌旁 |
人-粘液腺瘤 |
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人-鼻息肉 |
人-尿路上皮癌/癌旁 |
人-直腸癌 |
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人-鼻咽癌 |
人-膀胱 |
人-腫瘤異種移植物（PDX） |
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人-扁桃體 |
人-培養(yǎng)原代細胞 |
人-子宮內(nèi)膜間質(zhì)肉瘤 |
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人-腸道 |
人-前列腺癌/癌旁 |
人-PBMC |
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人-腸息肉 |
人-乳腺癌轉(zhuǎn)移/腋窩淋巴 |
人-乳腺癌穿刺 |
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人-腸粘膜 |
人-軟骨肉瘤 |
人-骨髓 |
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人-肺癌穿刺/氣管鏡 |
人-軟組織肉瘤 |
人-卵巢 |
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人-肝外膽管癌 |
人-腎癌穿刺 |
人-食管癌 |
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人-肝臟腫瘤 |
人-腎上腺 |
人-腦組織 |
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人-甲狀腺癌 |
人-腎臟 |
人-腸癌 |
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人-結(jié)腸癌 |
人-胃癌穿刺 |
人-肌肉 |
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人-結(jié)腸癌腹腔轉(zhuǎn)移 |
人-胃癌骨轉(zhuǎn)移 |
人-子宮內(nèi)膜 |
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成功率較高 |
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人-腦髓母細胞瘤 |
人-黑色素瘤 |
人-淋巴癌/癌旁 |
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人-舌 |
人-腦膠質(zhì)瘤 |
人-膀胱癌 |
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人-子宮肌瘤 |
人-腎癌 |
人-組織 |
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人-腹水 |
人-心臟 |
人-腦血管 |
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人-腸癌腹膜轉(zhuǎn)移/癌旁 |
人-聽神經(jīng)瘤 |
人-半月板 |
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人-肝癌穿刺樣本 |
人-心臟 |
人-膽管囊腫 |
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人-分選白細胞 |
人-淋巴結(jié) |
人-息肉 |
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人-肝母細胞瘤 |
人-肝癌 |
人-椎間盤 |
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成功率高 |
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人-甲狀腺 |
人-肺動脈 |
人-胃炎 |
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人-乳腺癌 |
人-關(guān)節(jié)膜 |
人-眼部 |
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人-膽管癌 |
人-軟骨 |
人-子宮骶韌帶腫瘤 |
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人-滑膜 |
人-脂肪 |
人-子宮蛻膜 |
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人-膝關(guān)節(jié)滑膜 |
人-食管 |
人-肝內(nèi)膽管癌 |
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人-胎盤 |
人-牙齦 |
人-唾液腺 |
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人-肺癌 |
人-腎 |
人-肺癌腦轉(zhuǎn)移 |
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人-肺 |
人-淋巴癌 |
人-肺泡灌洗液 |
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人-結(jié)腸 |
人-甲狀旁腺 |
人-動脈內(nèi)膜 |
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人-胃癌 |
人-肝臟 |
人-骨膜 |
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人-脊柱關(guān)節(jié)突 |
人-腸韌帶 |
人-肌腱 |
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人-腦動靜脈 |
人-骨肉瘤 |
人-胸腺 |
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人-縱膈 |
人-腦動脈血管瘤 |
人-血管 |
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人-前列腺 |
人-腎臟腫瘤 |
人-皮膚 |
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人-腎臟穿刺 |
人-視網(wǎng)膜 |
人-類器官 |
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有一定挑戰(zhàn)性 |
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人-主動脈 |
人-宮頸癌/癌旁 |
人-淚腺 |
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人-頰部 |
人-口腔癌 |
人-牙根尖周 |
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人-后腹膜 |
人-胃 |
人-陰道壁 |
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人-舌癌 |
人-腦脊液 |
人-胰腺 |
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人-動脈 |
人-疤痕 |
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人-胰腺癌肝轉(zhuǎn)移 |
人-靜脈/大隱靜脈 |
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鼠 |
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成功率非常高 |
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大鼠-大腦皮層 |
小鼠-宮頸癌 |
小鼠-胸腺 |
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大鼠-口腔黏膜 |
小鼠-骨骼肌 |
小鼠-血管動脈瘤 |
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大鼠-皮膚 |
小鼠-頜骨 |
小鼠-胰島 |
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大鼠-全血 |
小鼠-淋巴結(jié) |
小鼠-原代培養(yǎng)巨噬細胞 |
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大鼠-神經(jīng)節(jié) |
小鼠-脈絡(luò)膜 |
胎鼠-腦 |
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大鼠-腎臟 |
小鼠-腦膜 |
胎鼠-心臟 |
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大鼠-食管 |
小鼠-胚胎 |
小鼠-肺 |
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大鼠-心臟 |
小鼠-皮下瘤分選淋巴細胞 |
大鼠-肺 |
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小鼠-鼻腔 |
小鼠-脾臟 |
小鼠-腎臟 |
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小鼠-耳膜基底膜 |
小鼠-乳腺腫瘤 |
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小鼠-肺纖維化 |
小鼠-胎盤 |
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成功率較高 |
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小鼠-骨髓 |
小鼠-組織 |
大鼠-心肌 |
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小鼠-腦 |
小鼠-肝臟 |
小鼠-脛骨/盆骨 |
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大鼠-肝臟 |
大鼠-胚胎 |
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小鼠-全血 |
小鼠-卵巢 |
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成功率高 |
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小鼠-子宮 |
小鼠-主動脈瘤 |
小鼠-胃粘膜 |
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小鼠-視網(wǎng)膜 |
小鼠-海馬 |
小鼠-耳蝸 |
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小鼠-心臟 |
大鼠-胰島 |
小鼠-胰腺癌/癌旁 |
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小鼠-皮膚 |
小鼠-腸壁 |
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有一定挑戰(zhàn)性 |
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小鼠-結(jié)腸 |
大鼠-牙齦 |
小鼠-造血干細胞 |
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大鼠-脊髓 |
小鼠-黑色素瘤 |
小鼠-血管 |
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小鼠-肌肉 |
小鼠-回腸 |
小鼠-腸系膜 |
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小鼠-腫瘤 |
小鼠-腦皮層 |
小鼠-膈肌 |
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大鼠-腦 |
小鼠-椎間盤 |
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大鼠-下丘腦 |
小鼠-腸道 |
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