代謝組學(xué)助力經(jīng)典科研案例，高分文章解讀匯總
2022年百趣生物的靶向代謝組學(xué)客戶文章平均影響因子高達(dá)12分，本期小編就帶大家看看我們近期發(fā)表的高分文章：
第一篇
微生物代謝組學(xué)產(chǎn)物TMAO促進(jìn)三陰性乳腺癌的抗腫瘤免疫IF=27.287
作者單位：復(fù)旦大學(xué)腫瘤醫(yī)院
期刊：Cell Metabolism
百趣提供服務(wù)：氧化三甲胺代謝物代謝組學(xué)檢測(cè)
往期推文鏈接可查看：合作文章（IF 27.287）| 復(fù)旦團(tuán)隊(duì)為三陰性乳腺癌治療策略再添新翼
研究背景
三陰性乳腺癌(TNBC) 是一種侵襲性疾病，預(yù)后差，免疫治療在患者中取得的成功有限。三陰性乳腺癌(TNBC)的四種亞型中，IM亞型的特點(diǎn)是在微環(huán)境中富集免疫激活細(xì)胞和免疫刺激因子，提示TNBC的IM亞型患者可能對(duì)免疫治療有更好的反應(yīng)。因此，迫切需要找到調(diào)節(jié)TNBC微環(huán)境、促進(jìn)抗腫瘤免疫的因子。
研究方法
對(duì)FUSCCTNBC隊(duì)列（n=360）的轉(zhuǎn)錄組、代謝組和微生物組數(shù)據(jù)進(jìn)行了全面分析。
研究結(jié)果
發(fā)現(xiàn)梭菌屬和相關(guān)代謝物三甲胺N-氧化物(TMAO)在具有激活免疫微環(huán)境的腫瘤中更為豐富，血漿中TMAO較高的患者對(duì)免疫治療的反應(yīng)更好。從機(jī)制上講，TMAO通過(guò)誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞焦亡，從而增強(qiáng)TNBC體內(nèi)CD8+T細(xì)胞介導(dǎo)的抗腫瘤免疫，提高免疫治療療效。
研究結(jié)論
該研究為微生物群-代謝-免疫相互作用提供了新的見(jiàn)解，并表明微生物代謝物，如TMAO或其前體膽堿，可能代表了一種新的治療策略，以促進(jìn)免疫治療對(duì)TNBC的療效。
第二篇
抽煙會(huì)通過(guò)調(diào)節(jié)腸道微生物群和相關(guān)代謝物促進(jìn)結(jié)直腸癌IF=23.059
作者單位：香港中文大學(xué)
發(fā)表期刊：Gut
百趣提供服務(wù)：膽汁酸代謝物，非靶標(biāo)代謝組學(xué)檢測(cè)
研究背景
吸煙是結(jié)直腸癌(CRC)的主要危險(xiǎn)因素。本文旨在調(diào)查香煙煙霧是否會(huì)通過(guò)改變腸道微生物群和相關(guān)代謝物來(lái)促進(jìn)結(jié)直腸癌。
研究方法
使用偶氮甲烷處理C57BL/6小鼠，然后每天暴露于香煙煙霧或清潔空氣中2小時(shí)，持續(xù)28周。收集小鼠糞便上進(jìn)行宏基因組測(cè)序和代謝組學(xué)分析，并且將煙霧暴露組和無(wú)煙對(duì)照小鼠的糞便移植給無(wú)菌小鼠。
研究結(jié)果
與無(wú)煙對(duì)照小鼠相比，香煙煙霧暴露的小鼠腫瘤發(fā)病率和細(xì)胞增殖顯著增加。在煙霧暴露的小鼠中觀察到腸道微生物菌群失調(diào)，細(xì)菌種類的豐度存在顯著差異，包括Eggerthella lenta的富集，Parabacteroides distasonis和Lactobacillus spp的消耗。代謝組學(xué)分析顯示，煙霧暴露小鼠的結(jié)腸中膽汁酸增加，尤其是�；敲撗跄懰�(TDCA)。作者發(fā)現(xiàn)E.lenta與煙霧暴露的小鼠中的TDCA呈正相關(guān)。此外，煙霧暴露小鼠發(fā)現(xiàn)了增強(qiáng)的致癌MAPK/ERK信號(hào)（TDCA的下游靶標(biāo)）和腸道屏障功能受損。在移植了煙霧暴露組小鼠糞便的無(wú)菌小鼠中，發(fā)現(xiàn)其結(jié)腸細(xì)胞增殖增加，腸道大腸桿菌和TDCA的豐度增加，MAPK/ERK通路被激活并且結(jié)腸上皮的腸道屏障受損。
研究結(jié)論
香煙煙霧引起的腸道菌群失調(diào)在結(jié)直腸癌中具有促腫瘤作用。煙霧引起的腸道菌群失調(diào)會(huì)改變腸道代謝物并損害腸道屏障功能，這可能會(huì)激活結(jié)腸上皮中的致癌 MAPK/ERK 信號(hào)傳導(dǎo)。
第三篇
通過(guò)SOCE-Calcineurin-NFAT和糖酵解途徑抑制鈣信號(hào)傳導(dǎo)可防止CAR-T細(xì)胞衰竭并增強(qiáng)抗白血病功效IF=16.8
作者單位：浙江大學(xué)附屬第一醫(yī)院
發(fā)表期刊：Advanced Science
百趣提供服務(wù)：中心碳代謝物代謝組學(xué)檢測(cè)
研究背景
嵌合抗原受體(CAR)T細(xì)胞是識(shí)別和消除腫瘤的有效藥物，在治療難治性白血病和淋巴瘤患者方面取得了顯著成功。然而，T細(xì)胞自身的功能障礙如衰竭，是阻礙維持療效的關(guān)鍵，也是亟待解決的國(guó)際性難題。作者旨在通過(guò)體外和體內(nèi)的CAR強(qiáng)直信號(hào)或腫瘤抗原暴露來(lái)評(píng)估鈣介導(dǎo)的CAR-T細(xì)胞衰竭和終末分化的機(jī)制。
研究方法
使用來(lái)自不同健康供體的T細(xì)胞進(jìn)行體外轉(zhuǎn)錄、代謝、分子實(shí)驗(yàn)。在接種T細(xì)胞之前，將小鼠隨機(jī)分配到對(duì)照組和治療組。
研究結(jié)果
作者首先發(fā)現(xiàn)鈣信號(hào)通過(guò)CAR-T細(xì)胞中持續(xù)的強(qiáng)直信號(hào)被過(guò)度激活。接下來(lái)發(fā)現(xiàn)鈣池操縱鈣離子內(nèi)流(SOCE)抑制劑 BTP-2可以顯著減少CAR-T細(xì)胞衰竭和CAR-T細(xì)胞在自發(fā)信號(hào)傳導(dǎo)和腫瘤抗原暴露模型中的終末分化。此外，BTP-2預(yù)處理的CAR-T細(xì)胞顯示出抗腫瘤效力提高和體內(nèi)存活率延長(zhǎng)。從機(jī)制上講，轉(zhuǎn)錄組和代謝物分析表明，用BTP-2治療可顯著下調(diào)SOCE-鈣調(diào)神經(jīng)磷酸酶-活化T細(xì)胞核因子(NFAT)和糖酵解途徑。
研究結(jié)論
調(diào)節(jié)CAR-T細(xì)胞中的SOCE-鈣調(diào)神經(jīng)磷酸酶-NFAT通路和糖酵解途徑使它們能夠抵抗衰竭，從而產(chǎn)生具有增強(qiáng)抗腫瘤效力的CAR產(chǎn)品。
第四篇
褪黑素信號(hào)指示IFNGR2的轉(zhuǎn)錄抑制以減輕白細(xì)胞介素1β依賴性炎癥IF=11.49
作者單位：華南農(nóng)業(yè)大學(xué)
發(fā)表期刊：Clinical and Translational Medicine
百趣提供服務(wù)：200MRM代謝物，非靶標(biāo)代謝組學(xué)檢測(cè)
研究背景
免疫遞質(zhì)（例如神經(jīng)遞質(zhì)和神經(jīng)調(diào)節(jié)劑）可以協(xié)調(diào)多種免疫反應(yīng)；然而，褪黑素激活控制炎癥的詳細(xì)機(jī)制仍然不太明確。
研究方法
以原代巨噬細(xì)胞、各種細(xì)胞系和多殺性巴氏桿菌(PmCQ2)感染的小鼠為樣本，說(shuō)明褪黑素信號(hào)傳導(dǎo)對(duì)體內(nèi)外炎癥的影響。進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、代謝組學(xué)和遺傳操作來(lái)揭示褪黑素信號(hào)傳導(dǎo)可減少巨噬細(xì)胞炎癥的機(jī)制。
研究結(jié)果
褪黑素活化可以顯著減輕白細(xì)胞介素(IL)-1β依賴性炎癥。用褪黑素治療巨噬細(xì)胞可重新連接代謝程序，并重塑依賴于干擾素調(diào)節(jié)因子(IRF)7的信號(hào)通路。從機(jī)制上講，褪黑素通過(guò)膜受體(MT)1發(fā)揮作用，通過(guò)降低熱休克因子(Hsf)1的表達(dá)來(lái)增加失活的糖原合酶激酶(GSK3)β，從而在轉(zhuǎn)錄上抑制干擾素(IFN)-γ受體(IFNGR)2 并最終導(dǎo)致有缺陷的信號(hào)傳導(dǎo)，降低巨噬細(xì)胞中IL-1β的產(chǎn)生。此外，作者發(fā)現(xiàn)褪黑素增強(qiáng)了宿主對(duì)PmCQ2感染引起的肺炎的保護(hù)反應(yīng)。
研究結(jié)論
本文為預(yù)防和治療與過(guò)量 IL-1β產(chǎn)生相關(guān)的炎性疾病提供了潛在的治療靶點(diǎn)。
百趣生物高通量靶標(biāo)產(chǎn)品列表
1、600MRM
2、氨基酸
3、短鏈脂肪酸
4、游離脂肪酸
5、中心碳代謝
6、神經(jīng)遞質(zhì)
7、全氟化合物
8、多胺及其合成通路物質(zhì)
9、膽汁酸
10、維生素
11、類固醇激素
12、氧化三甲胺及相關(guān)代謝物
13、類胡蘿卜素
14、定量脂質(zhì)組學(xué)
15、氧化脂質(zhì)
16、色氨酸代謝
17、MRM定制靶標(biāo)
文/阿趣代謝組學(xué)
第一篇
微生物代謝組學(xué)產(chǎn)物TMAO促進(jìn)三陰性乳腺癌的抗腫瘤免疫IF=27.287
作者單位：復(fù)旦大學(xué)腫瘤醫(yī)院
期刊：Cell Metabolism
百趣提供服務(wù)：氧化三甲胺代謝物代謝組學(xué)檢測(cè)
往期推文鏈接可查看：合作文章（IF 27.287）| 復(fù)旦團(tuán)隊(duì)為三陰性乳腺癌治療策略再添新翼
研究背景
三陰性乳腺癌(TNBC) 是一種侵襲性疾病，預(yù)后差，免疫治療在患者中取得的成功有限。三陰性乳腺癌(TNBC)的四種亞型中，IM亞型的特點(diǎn)是在微環(huán)境中富集免疫激活細(xì)胞和免疫刺激因子，提示TNBC的IM亞型患者可能對(duì)免疫治療有更好的反應(yīng)。因此，迫切需要找到調(diào)節(jié)TNBC微環(huán)境、促進(jìn)抗腫瘤免疫的因子。
研究方法
對(duì)FUSCCTNBC隊(duì)列（n=360）的轉(zhuǎn)錄組、代謝組和微生物組數(shù)據(jù)進(jìn)行了全面分析。
研究結(jié)果
發(fā)現(xiàn)梭菌屬和相關(guān)代謝物三甲胺N-氧化物(TMAO)在具有激活免疫微環(huán)境的腫瘤中更為豐富，血漿中TMAO較高的患者對(duì)免疫治療的反應(yīng)更好。從機(jī)制上講，TMAO通過(guò)誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞焦亡，從而增強(qiáng)TNBC體內(nèi)CD8+T細(xì)胞介導(dǎo)的抗腫瘤免疫，提高免疫治療療效。
研究結(jié)論
該研究為微生物群-代謝-免疫相互作用提供了新的見(jiàn)解，并表明微生物代謝物，如TMAO或其前體膽堿，可能代表了一種新的治療策略，以促進(jìn)免疫治療對(duì)TNBC的療效。
第二篇
抽煙會(huì)通過(guò)調(diào)節(jié)腸道微生物群和相關(guān)代謝物促進(jìn)結(jié)直腸癌IF=23.059
作者單位：香港中文大學(xué)
發(fā)表期刊：Gut
百趣提供服務(wù)：膽汁酸代謝物，非靶標(biāo)代謝組學(xué)檢測(cè)
研究背景
吸煙是結(jié)直腸癌(CRC)的主要危險(xiǎn)因素。本文旨在調(diào)查香煙煙霧是否會(huì)通過(guò)改變腸道微生物群和相關(guān)代謝物來(lái)促進(jìn)結(jié)直腸癌。
研究方法
使用偶氮甲烷處理C57BL/6小鼠，然后每天暴露于香煙煙霧或清潔空氣中2小時(shí)，持續(xù)28周。收集小鼠糞便上進(jìn)行宏基因組測(cè)序和代謝組學(xué)分析，并且將煙霧暴露組和無(wú)煙對(duì)照小鼠的糞便移植給無(wú)菌小鼠。
研究結(jié)果
與無(wú)煙對(duì)照小鼠相比，香煙煙霧暴露的小鼠腫瘤發(fā)病率和細(xì)胞增殖顯著增加。在煙霧暴露的小鼠中觀察到腸道微生物菌群失調(diào)，細(xì)菌種類的豐度存在顯著差異，包括Eggerthella lenta的富集，Parabacteroides distasonis和Lactobacillus spp的消耗。代謝組學(xué)分析顯示，煙霧暴露小鼠的結(jié)腸中膽汁酸增加，尤其是�；敲撗跄懰�(TDCA)。作者發(fā)現(xiàn)E.lenta與煙霧暴露的小鼠中的TDCA呈正相關(guān)。此外，煙霧暴露小鼠發(fā)現(xiàn)了增強(qiáng)的致癌MAPK/ERK信號(hào)（TDCA的下游靶標(biāo)）和腸道屏障功能受損。在移植了煙霧暴露組小鼠糞便的無(wú)菌小鼠中，發(fā)現(xiàn)其結(jié)腸細(xì)胞增殖增加，腸道大腸桿菌和TDCA的豐度增加，MAPK/ERK通路被激活并且結(jié)腸上皮的腸道屏障受損。
研究結(jié)論
香煙煙霧引起的腸道菌群失調(diào)在結(jié)直腸癌中具有促腫瘤作用。煙霧引起的腸道菌群失調(diào)會(huì)改變腸道代謝物并損害腸道屏障功能，這可能會(huì)激活結(jié)腸上皮中的致癌 MAPK/ERK 信號(hào)傳導(dǎo)。
第三篇
通過(guò)SOCE-Calcineurin-NFAT和糖酵解途徑抑制鈣信號(hào)傳導(dǎo)可防止CAR-T細(xì)胞衰竭并增強(qiáng)抗白血病功效IF=16.8
作者單位：浙江大學(xué)附屬第一醫(yī)院
發(fā)表期刊：Advanced Science
百趣提供服務(wù)：中心碳代謝物代謝組學(xué)檢測(cè)
研究背景
嵌合抗原受體(CAR)T細(xì)胞是識(shí)別和消除腫瘤的有效藥物，在治療難治性白血病和淋巴瘤患者方面取得了顯著成功。然而，T細(xì)胞自身的功能障礙如衰竭，是阻礙維持療效的關(guān)鍵，也是亟待解決的國(guó)際性難題。作者旨在通過(guò)體外和體內(nèi)的CAR強(qiáng)直信號(hào)或腫瘤抗原暴露來(lái)評(píng)估鈣介導(dǎo)的CAR-T細(xì)胞衰竭和終末分化的機(jī)制。
研究方法
使用來(lái)自不同健康供體的T細(xì)胞進(jìn)行體外轉(zhuǎn)錄、代謝、分子實(shí)驗(yàn)。在接種T細(xì)胞之前，將小鼠隨機(jī)分配到對(duì)照組和治療組。
研究結(jié)果
作者首先發(fā)現(xiàn)鈣信號(hào)通過(guò)CAR-T細(xì)胞中持續(xù)的強(qiáng)直信號(hào)被過(guò)度激活。接下來(lái)發(fā)現(xiàn)鈣池操縱鈣離子內(nèi)流(SOCE)抑制劑 BTP-2可以顯著減少CAR-T細(xì)胞衰竭和CAR-T細(xì)胞在自發(fā)信號(hào)傳導(dǎo)和腫瘤抗原暴露模型中的終末分化。此外，BTP-2預(yù)處理的CAR-T細(xì)胞顯示出抗腫瘤效力提高和體內(nèi)存活率延長(zhǎng)。從機(jī)制上講，轉(zhuǎn)錄組和代謝物分析表明，用BTP-2治療可顯著下調(diào)SOCE-鈣調(diào)神經(jīng)磷酸酶-活化T細(xì)胞核因子(NFAT)和糖酵解途徑。
研究結(jié)論
調(diào)節(jié)CAR-T細(xì)胞中的SOCE-鈣調(diào)神經(jīng)磷酸酶-NFAT通路和糖酵解途徑使它們能夠抵抗衰竭，從而產(chǎn)生具有增強(qiáng)抗腫瘤效力的CAR產(chǎn)品。
第四篇
褪黑素信號(hào)指示IFNGR2的轉(zhuǎn)錄抑制以減輕白細(xì)胞介素1β依賴性炎癥IF=11.49
作者單位：華南農(nóng)業(yè)大學(xué)
發(fā)表期刊：Clinical and Translational Medicine
百趣提供服務(wù)：200MRM代謝物，非靶標(biāo)代謝組學(xué)檢測(cè)
研究背景
免疫遞質(zhì)（例如神經(jīng)遞質(zhì)和神經(jīng)調(diào)節(jié)劑）可以協(xié)調(diào)多種免疫反應(yīng)；然而，褪黑素激活控制炎癥的詳細(xì)機(jī)制仍然不太明確。
研究方法
以原代巨噬細(xì)胞、各種細(xì)胞系和多殺性巴氏桿菌(PmCQ2)感染的小鼠為樣本，說(shuō)明褪黑素信號(hào)傳導(dǎo)對(duì)體內(nèi)外炎癥的影響。進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、代謝組學(xué)和遺傳操作來(lái)揭示褪黑素信號(hào)傳導(dǎo)可減少巨噬細(xì)胞炎癥的機(jī)制。
研究結(jié)果
褪黑素活化可以顯著減輕白細(xì)胞介素(IL)-1β依賴性炎癥。用褪黑素治療巨噬細(xì)胞可重新連接代謝程序，并重塑依賴于干擾素調(diào)節(jié)因子(IRF)7的信號(hào)通路。從機(jī)制上講，褪黑素通過(guò)膜受體(MT)1發(fā)揮作用，通過(guò)降低熱休克因子(Hsf)1的表達(dá)來(lái)增加失活的糖原合酶激酶(GSK3)β，從而在轉(zhuǎn)錄上抑制干擾素(IFN)-γ受體(IFNGR)2 并最終導(dǎo)致有缺陷的信號(hào)傳導(dǎo)，降低巨噬細(xì)胞中IL-1β的產(chǎn)生。此外，作者發(fā)現(xiàn)褪黑素增強(qiáng)了宿主對(duì)PmCQ2感染引起的肺炎的保護(hù)反應(yīng)。
研究結(jié)論
本文為預(yù)防和治療與過(guò)量 IL-1β產(chǎn)生相關(guān)的炎性疾病提供了潛在的治療靶點(diǎn)。
百趣生物高通量靶標(biāo)產(chǎn)品列表
1、600MRM
2、氨基酸
3、短鏈脂肪酸
4、游離脂肪酸
5、中心碳代謝
6、神經(jīng)遞質(zhì)
7、全氟化合物
8、多胺及其合成通路物質(zhì)
9、膽汁酸
10、維生素
11、類固醇激素
12、氧化三甲胺及相關(guān)代謝物
13、類胡蘿卜素
14、定量脂質(zhì)組學(xué)
15、氧化脂質(zhì)
16、色氨酸代謝
17、MRM定制靶標(biāo)
文/阿趣代謝組學(xué)
- MeRIP-seq等揭示m6A甲基化及調(diào)控因子在食管胃結(jié)合部腺癌中的作用
- 單細(xì)胞甲基化多組學(xué)分析揭示哺乳期母體低蛋白飲食對(duì)子代的跨代傳遞
- WGBS在揭示主動(dòng)DNA去甲基化缺失植物的DNA甲基化跨代增加中的應(yīng)用
- SNP分型常見(jiàn)問(wèn)題及解決方案
- ACE等揭示產(chǎn)前不良環(huán)境暴露通過(guò)DNA羥甲基化變化介導(dǎo)子代自閉癥
- 文獻(xiàn)解讀：DNA甲基化保護(hù)早期胚胎線粒體基因組穩(wěn)定性
- 血液Target-BS揭示靶向DNA甲基化標(biāo)記水平與患者乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)
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