定量分析ChIP-qPCR數(shù)據(jù)的方法：Percent Input法和富集倍數(shù)法步驟介紹
ChIP-qPCR 數(shù)據(jù)需要針對可變性來源進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，包括染色質(zhì)數(shù)量、免疫沉淀的效率（富集效率）和 DNA 回收率。
兩種常用的標(biāo)準(zhǔn)化 ChIP-qPCR 數(shù)據(jù)方法——Percent Input法和富集倍數(shù)法（Fold Enrichmen）。與input相關(guān)的ChIP-qPCR數(shù)據(jù)包括ChIP的背景水平和input染色質(zhì)的標(biāo)準(zhǔn)化。建議ChIP 實(shí)驗(yàn)重復(fù)，盡可能將結(jié)果與背景信號和標(biāo)準(zhǔn)誤差一起顯示。
Percent Input法
使用這種方法，從ChIP獲得的信號除以從input樣本中獲得的信號。input樣本代表ChIP中使用的染色質(zhì)數(shù)量。通常1%的起始染色質(zhì)用作input。
示例：計(jì)算input百分比
注意：如果起始input為1%，則從稀釋input的Ct值中減去100或6.644 cycles（100的log2）的稀釋因子（DF）。
富集倍數(shù)法
這種標(biāo)準(zhǔn)化方法也稱為“背景信號”或“相對無抗體對照”。該方法將ChIP 信號除以無抗體信號，將ChIP信號表示為信號相對于背景信號的倍數(shù)增加。該方法建立在背景信號的水平在不同的引物組、樣品和重復(fù)實(shí)驗(yàn)間可重復(fù)的假設(shè)上。背景信號水平在引物組、樣品和實(shí)驗(yàn)之間有所不同。
兩種常用的標(biāo)準(zhǔn)化 ChIP-qPCR 數(shù)據(jù)方法——Percent Input法和富集倍數(shù)法（Fold Enrichmen）。與input相關(guān)的ChIP-qPCR數(shù)據(jù)包括ChIP的背景水平和input染色質(zhì)的標(biāo)準(zhǔn)化。建議ChIP 實(shí)驗(yàn)重復(fù)，盡可能將結(jié)果與背景信號和標(biāo)準(zhǔn)誤差一起顯示。
Percent Input法
使用這種方法，從ChIP獲得的信號除以從input樣本中獲得的信號。input樣本代表ChIP中使用的染色質(zhì)數(shù)量。通常1%的起始染色質(zhì)用作input。
示例：計(jì)算input百分比
注意：如果起始input為1%，則從稀釋input的Ct值中減去100或6.644 cycles（100的log2）的稀釋因子（DF）。
富集倍數(shù)法
這種標(biāo)準(zhǔn)化方法也稱為“背景信號”或“相對無抗體對照”。該方法將ChIP 信號除以無抗體信號，將ChIP信號表示為信號相對于背景信號的倍數(shù)增加。該方法建立在背景信號的水平在不同的引物組、樣品和重復(fù)實(shí)驗(yàn)間可重復(fù)的假設(shè)上。背景信號水平在引物組、樣品和實(shí)驗(yàn)之間有所不同。
- MeRIP-seq等揭示m6A甲基化及調(diào)控因子在食管胃結(jié)合部腺癌中的作用
- 單細(xì)胞甲基化多組學(xué)分析揭示哺乳期母體低蛋白飲食對子代的跨代傳遞
- WGBS在揭示主動DNA去甲基化缺失植物的DNA甲基化跨代增加中的應(yīng)用
- SNP分型常見問題及解決方案
- ACE等揭示產(chǎn)前不良環(huán)境暴露通過DNA羥甲基化變化介導(dǎo)子代自閉癥
- 文獻(xiàn)解讀：DNA甲基化保護(hù)早期胚胎線粒體基因組穩(wěn)定性
- 血液Target-BS揭示靶向DNA甲基化標(biāo)記水平與患者乳腺癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)
- 多組學(xué)測序分析揭示m5C甲基化上調(diào)E2F1表達(dá)以促進(jìn)卵巢癌腫瘤進(jìn)展
Copyright(C) 1998-2024 生物器材網(wǎng) 電話：021-64166852;13621656896 E-mail：info@bio-equip.com