KEGG Pathway 功能繪制通路圖
KEGG全稱為Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，它是日本京都 Kanehisa Laboratories閱讀文獻手工整理的一個龐大的數(shù)據(jù)庫，始建于1995年。其中包括文獻報道過的信號通路、基因、疾病、藥物等信息，是國際上常用的生物信息學數(shù)據(jù)庫之一，以"理解生物系統(tǒng)的高級功能和實用程序資源庫"著稱。
在分子實驗過程中，KEGG Pathway的分析是其中的研究重點，那么繪制一張跟實驗相關的核心通路圖就成為很多研究者頭疼的事情了，今天小編就帶大家使用KEGG Pathway功能繪制通路圖。
為了幫助大家更好的理解操作過程，小編在在這里以cell apoptosis為例來制作相關的信號通路圖。假設研究人員通過western blot或者質(zhì)譜的檢測手段，發(fā)現(xiàn)在某種處理情況下，幾個與cell apoptosis密切相關的蛋白質(zhì)的表達水平發(fā)生了明顯的變化，因此研究人員想要進一步繪制這幾個蛋白質(zhì)在apoptosis信號通路中具體上下游關系圖，便可以使用KEGG Pathway功能來操作。
１.首先打開KEGG主頁：http://www.kegg.jp/，點擊下圖框中的KEGG PATHWAY鏈接。
KEGG Pathway 功能繪制通路圖－百泰派克生物
2. 在搜索框內(nèi)輸入關鍵詞cell apoptosis，對KEGG整理的cell apoptosis信號通路相關內(nèi)容進行查詢。
KEGG Pathway 功能繪制通路圖－百泰派克生物
3. 在KEGG查詢結(jié)果中，選擇cell apoptosis 相近的選項，即apoptosis。點擊apoptosis對應的Entry－map04210
4. 結(jié)果顯示了所有與apoptosis相關的研究內(nèi)容，包括對apoptosis的描述，參與apoptosis代謝通路的蛋白質(zhì)，以及與apoptosis相關的疾病等。
5. 點擊上圖代謝通路下面的ortholog table，可以進一步獲得所有代謝通路中描繪的蛋白質(zhì)的信息，結(jié)果如下。其中包括了TNFSF10，TNFRSF0，TNF等蛋白，除此之外，每個蛋白質(zhì)都有對應的K打頭的編號，這些編號都是KEGG對每個蛋白質(zhì)的特定編號。例如蛋白BID對應的編號是K04726，BAX對應的編號是K02159。我們可以根據(jù)這些編號可以一一查找對應各個蛋白，并對蛋白進行編輯。這些編號在接下來的工作中也會再次用到。
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6. 回到圖4的通路圖，點擊map04210，會出現(xiàn)相應的信號通路機制圖。這個機制圖標注apoptsis相關的蛋白質(zhì)，以及蛋白質(zhì)之間的上下游調(diào)控關系，我們可以根據(jù)之前western blot或質(zhì)譜檢測的蛋白質(zhì)水平結(jié)果，在這幅圖上用不同的顏色對相應蛋白進行標注。
首先, 點擊下圖方框中的User data mapping，在出現(xiàn)的新窗口中，按照指示輸入蛋白編號加上添加的顏色，例如，輸入BID blue指令，可以把信號通路中所有的BID標記成藍色（在這里藍色代表蛋白水平下降）。當然，也可以使用紅色代表蛋白水平上調(diào)，或者其他顏色來代表不同種類的蛋白翻譯后修飾等。
信號通路中所有的BID蛋白都被標記為藍色，BID在這里只是作為一個例子，同理，我們也可以對通路中其他蛋白進行相應的標記，便可以制作完成一張完整的動態(tài)調(diào)控的信號通路圖！
百泰派克技術平臺
檢測分析平臺：多臺高分辨率質(zhì)譜儀、高效液相色譜、氣相色譜，NMR。
蛋白質(zhì)組分析平臺：Label-free、iTRAQ、SILAC、SWATH、MRM；蛋白質(zhì)定性定量鑒定、蛋白質(zhì)差異分析、發(fā)現(xiàn)疾病標記物、發(fā)現(xiàn)藥物靶標。
代謝組分析平臺：靶向代謝組學、非靶向代謝組學、脂質(zhì)組學分析；通量達1000種代謝分子、代謝通路分析、代謝靶標鑒定。流式細胞多因子檢測平臺：CBA、FlowCytomix；微量樣品需求，分析多種細胞因子。
蛋白質(zhì)從頭測序平臺：Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀、PEAKS軟件分析；100%序列測定，精準蛋白、抗體測序。
生物制藥分析平臺：生物藥物鑒定、變異性分析、純度分析。
流式細胞多因子檢測平臺：CBA、FlowCytomix；微量樣品需求，分析多種細胞因子。
