SWATH-MS數(shù)據(jù)可重復性研究

如今蛋白組學研究方法在近年來受到了越來越廣泛的應用，各種不同的蛋白組學研究方法也在不斷的推陳出新，檢測精度，靈敏度，以及廣度都在不斷的提升。對于蛋白質(zhì)組學研究來說，出發(fā)點多是大規(guī)模研究多個蛋白的表達特性來達到鑒定新的標志物的目的。由此以來，shotgun proteomics作為大規(guī)模分析的蛋白組學研究手段在研究蛋白組學初期很適用。但是shotgun proteomics雖然涉獵廣，但是鑒定的精度卻相對較低。相反，靶向研究組學勝在精準度，鑒定的蛋白數(shù)量卻會打些折扣。因此，研究者們一直想要尋找結(jié)合精度和廣度兩個特征的蛋白組學研究方法。SWATH正好能夠滿足這兩個特征。

這期跟大家分享一篇關(guān)于SWATH在不同實驗室間可重復性的研究，文章于今年四月份發(fā)表在Nature Communication雜志。

SWATH-MS數(shù)據(jù)可重復性研究－百泰派克生物

SWATH是一項真正意義上的全景質(zhì)譜檢測手段，能夠檢測復雜樣品中幾乎所有分子。SWATH的原理是通過將MS質(zhì)譜分成多個小窗口，再對每個窗口的每個離子進行MS/MS檢測，從而達到對所有分子的深度檢測。同時SWATH的檢測精度與MRM靶向蛋白組學鑒定處于相當水平。集合了檢測廣度和精度兩大優(yōu)勢，SWATH是研究者們研究蛋白組學的理想手段。

但是在此之前，SWATH的研究數(shù)據(jù)的重復度只在實驗室內(nèi)部得到很好的驗證，而對于不同的實驗室之間SWATH數(shù)據(jù)重復度還沒有得到驗證。由于復雜的樣品往往受到的影響因素較多，數(shù)據(jù)的重復度相對較低。因此，這篇文章主要研究了SWATH在世界上不同的實驗室之間的數(shù)據(jù)鑒定重復度的問題。這個研究統(tǒng)計了全世界11個不同的實驗室中使用SWATH鑒定的數(shù)據(jù)重復度情況。

實驗結(jié)果

1. 作者把30個肽段標準品分為5組，每組6個標準品按照5個稀釋梯度混入HEK293T細胞裂解液中，再在選定的6個國家中的11個實驗室中使用SWATH方法對以上樣品進行分析。分析一共獲得229個SWATH－MS文件，接下來再對數(shù)據(jù)的現(xiàn)行動態(tài)范圍等數(shù)據(jù)進行分析。

2. 結(jié)果表明在11個實驗室中鑒定的蛋白總數(shù)大體是一致的，基本都位于4000左右的范圍。

3. 作者進一步分析了同一實驗室和不同實驗室間變異系數(shù)的范圍，結(jié)果表明標準品和HEK293蛋白的變異系數(shù)均在20%左右。

4. 另外，對標準品和樣品的動態(tài)范圍分析也都呈現(xiàn)良好的線性結(jié)果

5. 作者對11個實驗室鑒定的蛋白進行聚類和相關(guān)性分析，數(shù)據(jù)呈現(xiàn)出高度的對稱性，表明SWATH－MS鑒定和數(shù)據(jù)分析在不同的實驗室間能夠有高度的重現(xiàn)性。

實驗結(jié)論
綜上，結(jié)果表明在這11個實驗室使用SWATH能夠在HEK293T細胞中重復地鑒定至少4000個蛋白。并且，蛋白鑒定的變異系數(shù)低，蛋白鑒定均呈現(xiàn)相似的線性動態(tài)，并且蛋白聚類和相關(guān)性分析也都一致。因此，結(jié)論就是SWATH不僅在實驗室內(nèi)部有著高重復度，在實驗室間的數(shù)據(jù)重現(xiàn)行也是極高的，這也再次驗證SWATH鑒定的可靠性。