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羅氏454高通量測序
羅氏454測序系統(tǒng)是最早出現(xiàn)的新一代測序系統(tǒng)
服務(wù)類別：測序/合成總訪問：2660
最后更新：2011-2-25半年訪問：20
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羅氏454測序系統(tǒng)是最早出現(xiàn)的新一代測序系統(tǒng)，其應(yīng)用成果在Nature，Science上發(fā)表了多篇論文。454系統(tǒng)自推出以來進(jìn)行了多次升級，最新的GS FLX序列分析儀的配合Titanium系列測序試劑具有更高的測序通量（400Mb每反應(yīng)），具有更加廣泛的靈活性和準(zhǔn)確性，并且保持了新一代測序技術(shù)中運行速度最快（3-5天）和最高單序列讀長（400 bp）的優(yōu)勢，而且單一讀長的準(zhǔn)確性可以超過99.5%，完整測序結(jié)果一致準(zhǔn)確性大于99.99%。Titanium系列中的新成員，長距離Paired-End試劑盒更能對長達(dá)3-20kb的插入片段進(jìn)行雙端測序，突破了新一代測序技術(shù)對重復(fù)序列較差的瓶頸。此外，具備完整的軟件包是GS FLX的一大特色，其簡單易用的圖形界面，可以用來進(jìn)行作圖、拼接和擴(kuò)增產(chǎn)物差異檢測等研究。同時GS FLX因為其超高的測序讀長，可以和傳統(tǒng)的序列分析軟件相互接軌，也是其他新一代測序技術(shù)所不能實現(xiàn)的。正因為其優(yōu)異的性能，GS FLX 系統(tǒng)可以廣泛應(yīng)用在全基因組de novo測序和BAC文庫重測序、擴(kuò)增產(chǎn)物重測序、轉(zhuǎn)錄組分析、基因調(diào)節(jié)的研究等基因組學(xué)研究中。

特色
Ø       快速、成本低廉、方法簡便 
Ø       支持各種不同來源的樣品：包括基因組DNA，PCR產(chǎn)物
Ø    BAC，cDNA，小分子RNA等等
Ø    提供了完整的從樣品制備到后續(xù)的生物信息學(xué)分析解決方案
Ø    為目前遺傳分析和功能基因組等熱門研究領(lǐng)域的部分熱門課題
Ø    提出了全新的應(yīng)用方案。針對不同客戶的不同需求，量身定做不同的測序解決方案
原理
454 GS FLX 基因組測序儀的原理是通過焦磷酸鹽測序原理與微流體技術(shù)的整合。它是一種新的依賴生物發(fā)光進(jìn)行 DNA 序列分析的技術(shù)，在 DNA 聚合酶、 ATP 硫酸化酶、熒光素酶和雙磷酸酶的協(xié)同作用下，將引物上每一個 dNTP 聚合與一次熒光信號釋放偶聯(lián)起來，通過檢測熒光的釋放和強(qiáng)度，達(dá)到實時測定 DNA 序列的目的，此技術(shù)不需要熒光標(biāo)記的引物或核酸探針，也不需要進(jìn)行電泳，具有分析結(jié)果快速、準(zhǔn)確、靈敏度高和自動化的特點。
服務(wù)流程
Ø    剪切、連接：基因組DNA“剪切”成300－800個堿基的片斷，然后和兩個銜接子A、B進(jìn)行平端連接。A、B 銜接子各自含有20個堿基的PCR 引物序列、20個堿基的測序引物序列和4個堿基的對照序列（TACG），除此之外，B銜接子的5’端還標(biāo)記有一個生物素基團(tuán)，供后續(xù)的分離合適的測序模板使用
Ø    單鏈DNA模板的分離
Ø    emPCR （emulsion PCR）：僅含有A、B銜接子單鏈DNA模板和過量的DNA 捕捉珠子退火結(jié)合，并被吸附到一種用于PCR反應(yīng)的油-水混合物的小滴上，以單鏈的DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增，結(jié)果得到大量同一序列的DNA鏈
Ø    測序反應(yīng)
提供服務(wù)
Ø     全基因組測序
（1）多達(dá)120 Mb的未知基因組的測序 
－生成基因組結(jié)構(gòu)概圖
－研究DNA序列的組織，分布和信息
－基因篩查：尋找新基因，定位和功能
－和其他基因組進(jìn)行比較研究  
－識別單堿基突變
－識別突變熱點和保守區(qū)域
－識別插入或者缺失的基因
－斷定基因型和表型之間的相關(guān)關(guān)系（比如，研究藥物抗性的遺傳基礎(chǔ)）
－基于基因測序變化進(jìn)行毒性預(yù)測
－進(jìn)行流行病學(xué)分析
－了解工業(yè)生產(chǎn)菌株和它們的親代菌株序列上的差異作為進(jìn)行工業(yè)生產(chǎn)菌株開發(fā)的遺傳基礎(chǔ)
－進(jìn)行宏基因組 （metagenomics）研究
－古代化石DNA 測序研究
（2）比較基因組及分子進(jìn)化分析：序列同源比對、通過相鄰物種的比較基因組研究進(jìn)行進(jìn)化分析、基因注釋、功能分類等      
（3）利用配對末端方法（Pair-End Tag）將Contigs拼接成Scaffolds。
 
Ø    轉(zhuǎn)錄組和基因調(diào)節(jié)研究
（1）基于短Tags，ESTs, ChIP，或者GIS-PET序列的高通量轉(zhuǎn)錄組分析，或者miRNA 序列的基因組范圍識別，小分子和非編碼RNA的測序。
（2）研究DNA的甲基化模式來進(jìn)行基因調(diào)節(jié)的研究。
Ø   擴(kuò)增產(chǎn)物分析
PCR產(chǎn)物的超精細(xì)測序（應(yīng)用于醫(yī)學(xué)研究的重測序）
－在混合的腫瘤樣本中識別體細(xì)胞突變
－在群體水平上發(fā)現(xiàn)高可信度的SNP位點 
Ø   信息分析
（1）基本信息分析：圖像識別，basecalling，過濾接頭序列，檢測可能的樣品污染。
（2）高級信息分析
A 基因組注釋：包括基因組組分分析、基因預(yù)測、重復(fù)序列注釋、Non-coding RNA預(yù)測和假基因（Pseudogene）注釋等。
B 基因的功能注釋及分類: 通過比對軟件（Blast系列軟件包）與公共數(shù)據(jù)中序列做同源性聯(lián)配，在保證嚴(yán)格置信度標(biāo)準(zhǔn)前提下，對基因進(jìn)行功能注釋。最全面數(shù)據(jù)庫的使用，保證所得數(shù)據(jù)與國際同步，最大限度挖掘基因組信息。
 
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