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高通量測序服務——真菌基因組測序
真菌屬于較低等的真核生物,種類繁多,在自然界中分布廣泛。合理利用有益真菌,控制和預防有害真菌對人類的生產(chǎn)和生活具有重要的意義。
服務類別:測序/合成總訪問:2243
最后更新:2015-7-14半年訪問:17
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高通量測序服務——真菌基因組測序

詳細描述:
真菌屬于較低等的真核生物,種類繁多,在自然界中分布廣泛。據(jù)估計,全世界約有150萬種真菌,其中包含許多具有重要的藥用價值和食用價值的有益真菌,同時也存在著大量能引發(fā)動植物病害的致病菌。因此,合理利用有益真菌,控制和預防有害真菌對人類的生產(chǎn)和生活具有重要的意義。而真菌基因組的闡明,將為真菌特性的分析提供有用的依據(jù)。隨著第二代高通量測序技術的成熟,基因組測序成本已大大降低,使得快速而經(jīng)濟的進行真菌基因組測序成為可能,目前真菌基因組學研究已經(jīng)進入了一個快速增長時期。
 
美吉優(yōu)勢
1.      擁有標準化操作實驗室和高通量測序技術平臺,可以根據(jù)合作伙伴要求靈活安排實驗,實驗周期短,質(zhì)量可靠。
2.      擁有Roche 454和Illumina Solexa兩種高通量測序平臺,合作伙伴可根據(jù)具體需求進行選擇,以獲取最佳的實驗結果。
3.      技術人員經(jīng)驗豐富,可以根據(jù)合作伙伴要求在第一時間提供實驗方案、解決實驗問題、分析實驗結果。
4.      擁有專業(yè)的生物信息團隊和大型計算機,可以為合作伙伴提供個性化的生物信息分析服務。
 
生物信息分析
1.      De novo真菌基因組測序
1)基因組序列拼接
原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計、基因組覆蓋度計算、組裝結果統(tǒng)計等。
2)基因注釋
編碼基因預測,基因功能注釋(NR、Swiss-prot、Interpro等)、Non-coding RNA注釋、重復序列注釋等。
3)基因功能分類
GO分類、KEGG通路分析等。
4)比較基因組及進化分析
與近源物種的基因組序列對比,進行SNP、SV等變異結構檢測、pan-genome和core-genome組成分析、同源基因分析、進化分析等。
2.      真菌基因組重測序
1)原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計
2)短序列mapping至參考基因組
3)分析mapping區(qū)域reads的覆蓋度、重復性、覆蓋堿基的質(zhì)量及reads方向
4)SNPs、InDel、CNVs檢測
5)結構變異(SVs)和基因組重排事件分析
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