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生物研發(fā)服務(wù)

高通量測(cè)序服務(wù)——細(xì)菌基因組測(cè)序

應(yīng)用Roche 454長(zhǎng)片段測(cè)序、Illumina Solexa短片段高覆蓋測(cè)序，結(jié)合454雙末端測(cè)序及Solexa末端配對(duì)測(cè)序技術(shù)，針對(duì)不同的基因組測(cè)序類型，提供專業(yè)的測(cè)序服務(wù)。

服務(wù)類別：	測(cè)序/合成	總訪問：	5905
最后更新：	2015-7-14	半年訪問：	79
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服務(wù)商：上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司

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高通量測(cè)序服務(wù)——細(xì)菌基因組測(cè)序

詳細(xì)描述：

隨著細(xì)菌基因組研究的迅速發(fā)展，全基因組測(cè)序已逐步成為微生物基礎(chǔ)研究的重要手段之一。截至2010年11月，全世界已發(fā)布了1748個(gè)細(xì)菌基因組、61個(gè)真菌基因組和103個(gè)古細(xì)菌基因組序列。新一代高通量測(cè)序技術(shù)大大減少了基因組測(cè)序的成本和時(shí)間，讓更多實(shí)驗(yàn)室可以開展微生物基因組測(cè)序項(xiàng)目。

根據(jù)不同的研究目的和測(cè)序要求，細(xì)菌基因組測(cè)序可分為四種類型：細(xì)菌基因組Scanning、細(xì)菌基因組框架圖、細(xì)菌基因組精細(xì)圖和細(xì)菌基因組完成圖。美吉生物靈活應(yīng)用Roche 454長(zhǎng)片段測(cè)序、Illumina Solexa短片段高覆蓋測(cè)序，結(jié)合454雙末端測(cè)序（Paired-End Sequencing）及Solexa末端配對(duì)測(cè)序（Mate-Pair Sequencing，MP）技術(shù)，針對(duì)不同的基因組測(cè)序類型，提供專業(yè)、合理、高性價(jià)比的測(cè)序服務(wù)。

美吉優(yōu)勢(shì)

1. 擁有自主實(shí)驗(yàn)室和高通量測(cè)序平臺(tái)，可以根據(jù)合作伙伴要求靈活安排實(shí)驗(yàn)，實(shí)驗(yàn)周期短，質(zhì)量可靠。

2. 擁有ABI3730xl常規(guī)測(cè)序平臺(tái)、Roche 454高通量測(cè)序平臺(tái)和Illumina Solexa高通量測(cè)序平臺(tái)，三種平臺(tái)聯(lián)合應(yīng)用，優(yōu)勢(shì)互補(bǔ)，在微生物基因組測(cè)序中取得1+1+1>3的效果。

3. 技術(shù)人員經(jīng)驗(yàn)豐富，每年完成數(shù)百個(gè)BAC全長(zhǎng)測(cè)序、幾十個(gè)微生物基因組測(cè)序的Gap Closing工作。

4. 擁有專業(yè)的生物信息團(tuán)隊(duì)和大型計(jì)算機(jī)平臺(tái)，可以為合作伙伴提供個(gè)性化的生物信息分析服務(wù)。

一. 細(xì)菌基因組Scanning

細(xì)菌基因組Scanning采用Illumina 測(cè)序技術(shù)，對(duì)基因組進(jìn)行50×低深度測(cè)序，根據(jù)序列組裝結(jié)果，以獲取基因組序列的基本信息。

二. 細(xì)菌基因組框架圖

細(xì)菌基因組框架圖采用Illumina短片段測(cè)序技術(shù)和末端配對(duì)測(cè)序（MP）技術(shù)，對(duì)基因組進(jìn)行100×深度測(cè)序。MP測(cè)序數(shù)據(jù)用來確定Contigs之間的排列關(guān)系，結(jié)合100×測(cè)序深度，可以得到較佳的基因組拼接結(jié)果和較高的基因區(qū)覆蓋度，為隨后的基因組信息挖掘提供良好基礎(chǔ)。

生物信息分析

1. 原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)

2. 序列組裝

3. 基因預(yù)測(cè)

4. 常規(guī)基因功能注釋

三. 細(xì)菌基因組精細(xì)圖

為了避免單個(gè)平臺(tái)的測(cè)序偏向性以及短片段造成的基因組組裝錯(cuò)誤，細(xì)菌基因組精細(xì)圖采用Roche 454長(zhǎng)片段雙末端測(cè)序技術(shù)（Paired-End）搭建基因組框架，然后進(jìn)行Illumina 短片段高覆蓋測(cè)序（100×），將短片段序列mapping到基因組框架中，即可獲得高質(zhì)量的基因組精細(xì)圖。在此基礎(chǔ)上，可以借助ABI3730xl測(cè)序平臺(tái)對(duì)整個(gè)基因組或其中的某一區(qū)域進(jìn)行Gap Closing。

生物信息分析

1. 原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)

2. 序列組裝

3. 基因預(yù)測(cè)

4. 基因功能注釋

四. 細(xì)菌基因組完成圖

細(xì)菌基因組完成圖采用Roche 454長(zhǎng)片段雙末端測(cè)序技術(shù)（Paired-End）搭建基因組框架，然后進(jìn)行Illumina 短片段高覆蓋測(cè)序（100×），將短片段序列mapping到基因組框架中，獲得基因組精細(xì)圖，再借助ABI3730xl測(cè)序平臺(tái)對(duì)整個(gè)基因組進(jìn)行Gap Closing，即可得到基因組完成圖。

生物信息分析

1. 基因組序列拼接

原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)、基因組覆蓋度計(jì)算、Contigs長(zhǎng)度分布等。

2. 基因注釋

編碼基因預(yù)測(cè)，基因功能注釋（NR、Swissprot、Interpro等）、Non-coding RNA注釋、重復(fù)序列注釋等。

3. 基因功能分類

COG功能分類、KEGG通路分析等。

4. 比較基因組及進(jìn)化分析

與近源物種的基因組序列對(duì)比，進(jìn)行SNP、SV等變異結(jié)構(gòu)檢測(cè)、pan-genome和core-genome組成分析、同源基因分析、進(jìn)化分析等。

成功案例

美吉生物已成功完成細(xì)菌精細(xì)圖26例和細(xì)菌完成圖15例。部分完成圖數(shù)據(jù)如下：

細(xì)菌名稱	雙歧桿菌	芽孢桿菌	某海洋菌	鏈霉菌	單胞菌
基因組大小	2.1Mb	4Mb	7.2Mb	11Mb	5Mb
基因組復(fù)雜度	簡(jiǎn)單	中等	中等	高GC	IS多，部分區(qū)域結(jié)構(gòu)復(fù)雜
GC含量	59%	46.6%	34.4%	71%	63.9%
測(cè)序方法	454 Single & Sanger	454 Single & Sanger	454 Paired- End & Sanger	454 Paired- End & Solexa	454 Paired- End & Solexa
Scaffolds（個(gè)）	5	37	13	24	17
Contigs（個(gè)）	5	37	82	125	47
精細(xì)圖周期	1個(gè)月	1個(gè)月	1個(gè)月	1個(gè)月	1個(gè)月
完成圖周期	1個(gè)月	1個(gè)月	2.5個(gè)月	2個(gè)月	3個(gè)月

上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司專注于新一代DNA高通量測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用和推廣、生物信息分析、臨床診斷試劑盒研發(fā)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究，是上海張江高科技園區(qū)、張江藥谷重點(diǎn)支持企業(yè)，華東師范大學(xué)戰(zhàn)略合作單位。目前，美吉生物在上海、北京、廣州三個(gè)一線城市建立了實(shí)驗(yàn)基地，銷售網(wǎng)絡(luò)遍布全國(guó)各地。

美吉生物擁有世界一流的測(cè)序平臺(tái)，在ABI3730xl常規(guī)測(cè)序平臺(tái)的基礎(chǔ)上，先后引進(jìn)了羅氏454高通量測(cè)序平臺(tái)和Illumina高通量測(cè)序平臺(tái)，專業(yè)提供動(dòng)植物基因組測(cè)序、微生物基因組測(cè)序、宏基因組測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、小RNA測(cè)序、基因表達(dá)譜分析等技術(shù)服務(wù)。

美吉生物擁有一支實(shí)力雄厚的技術(shù)團(tuán)隊(duì)，有從事分子生物學(xué)研究十多年、經(jīng)驗(yàn)豐富的技術(shù)骨干，也有創(chuàng)新進(jìn)取、拼勁十足的希望之星。技術(shù)團(tuán)隊(duì)經(jīng)驗(yàn)豐富，曾參與水稻、番茄、家蠶等多項(xiàng)大型基因組學(xué)項(xiàng)目，可以為您提供專業(yè)、合理、高性價(jià)比的實(shí)驗(yàn)方案。

生物信息學(xué)是國(guó)際前沿的新興學(xué)科，近年來發(fā)展迅猛。美吉生物擁有一支具有國(guó)際一流水平的生物信息分析團(tuán)隊(duì)，不僅可以提供標(biāo)準(zhǔn)流程化的生物信息分析，還可以根據(jù)不同的課題需求，提供個(gè)性化的深度數(shù)據(jù)挖掘。

B2B(Bench to Bedside)的轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)模式，大大縮短了醫(yī)學(xué)科學(xué)從基礎(chǔ)研究到臨床應(yīng)用的時(shí)間，加速了人類進(jìn)入基因組醫(yī)學(xué)時(shí)代的步伐�；趯�(duì)未來醫(yī)學(xué)發(fā)展趨勢(shì)的充分理解，美吉生物和國(guó)內(nèi)多家著名三甲醫(yī)院聯(lián)合建立了轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心，開展轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究，以迎接基因組醫(yī)學(xué)時(shí)代的到來。

美吉生物秉承“專業(yè)、卓越”的企業(yè)理念，“以客戶為本，讓客戶滿意”的服務(wù)宗旨，一如既往地致力于提供高品質(zhì)、高效率的技術(shù)服務(wù)，努力將公司打造成為國(guó)內(nèi)一流企業(yè)。因?yàn)榫礃I(yè)，所以專業(yè)；因?yàn)閷I(yè)，所以選擇；選擇美吉，選擇滿意！

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