染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序技術(shù)服務(wù)

染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序技術(shù)服務(wù)

        染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究體內(nèi)蛋白質(zhì)與DNA相互作用的有力工具，利用該技術(shù)不僅可以檢測(cè)體內(nèi)反式因子與DNA的動(dòng)態(tài)作用，還可以用來(lái)研究組蛋白的各種共價(jià)修飾以及轉(zhuǎn)錄因子與基因表達(dá)的關(guān)系。

       結(jié)合高通量的新一代測(cè)序技術(shù)（Illumina Hiseq），通過(guò)對(duì)染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）富集得到的DNA片斷進(jìn)行大規(guī)模測(cè)序，研究人員可獲得數(shù)百萬(wàn)條序列標(biāo)簽，并能把所關(guān)注的蛋白的DNA結(jié)合位點(diǎn)精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)組蛋白各種修飾狀態(tài)、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的高分辨率分布圖。染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序（ChIP-Seq）是繼ChIP-chip之后，蛋白/核酸相互作用研究領(lǐng)域的又一技術(shù)突破。高質(zhì)量、高通量、低成本的數(shù)據(jù)產(chǎn)出，為表觀遺傳組學(xué)研究提供了一套全新高效的技術(shù)工具。

染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序的技術(shù)優(yōu)勢(shì)
   * 靈活度高：任何物種任何序列都可進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，無(wú)需已知的基因組序列信息。

   * 檢測(cè)范圍廣：覆蓋整個(gè)基因組，包括芯片無(wú)法檢測(cè)的重復(fù)序列區(qū)域。

   * 定位精確度高：在實(shí)際結(jié)合位點(diǎn)的50個(gè)堿基范圍內(nèi)精確定位。

   * 信噪比高：背景比芯片結(jié)果（ChIP-chip）低。

   * 靈敏度高：每個(gè)ChIP樣本可獲取數(shù)百萬(wàn)個(gè)有效序列標(biāo)簽。

上圖.與芯片技術(shù)（ChIP-chip）相比，ChIP-sequencing具有背景低、信噪比高、定位精度高、實(shí)驗(yàn)靈敏度高等優(yōu)勢(shì)。（摘自Park P.J, 2009, Nature Reviews Genetics）

染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序應(yīng)用領(lǐng)域

    組蛋白修飾，轉(zhuǎn)錄因子，RNA polymerase II，轉(zhuǎn)錄因子等。

上圖. 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)已應(yīng)用于檢測(cè)組蛋白各種共價(jià)修飾、CTCF、RNA polymerase II以及各種轉(zhuǎn)錄因子等DNA結(jié)合蛋白在基因組上的精確定位，為表觀遺傳組學(xué)與基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制研究提供了又一有力工具。（摘自Park P.J, 2009, Nature Reviews Genetics）

康成生物提供的染色質(zhì)免疫共沉淀測(cè)序服務(wù)實(shí)驗(yàn)流程

1. 染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）

2. 文庫(kù)構(gòu)建：

      DNA末端修復(fù)

      將'A’ 堿基加到 DNA片段末端

      DNA片段末端加接頭（adaptors）

      PCR擴(kuò)增

      凝膠電泳分離純化

3. DNA成簇（Cluster）擴(kuò)增

      DNA加到flow cell 表面

      橋式PCR（Bridge PCR）成簇?cái)U(kuò)增

4. 高通量測(cè)序

5. 數(shù)據(jù)分析
    A.  基本數(shù)據(jù)分析

     * 原始數(shù)據(jù)讀取（Raw Data, Total Reads）

   * 有效數(shù)據(jù)獲�。–lean and Mappable Reads）

   * 確定富集區(qū)域（peak finding）

   * 富集區(qū)注釋?zhuān)╬eak annotation）

    * 富集區(qū)相關(guān)基因的GO和Pathway

   * 數(shù)據(jù)可視化
    B. 高級(jí)數(shù)據(jù)分析

     ChIP-Seq&表達(dá)譜數(shù)據(jù)聯(lián)合分析

6. 提供實(shí)驗(yàn)報(bào)告  

康成生物ChIP-seq技術(shù)優(yōu)勢(shì)

    ※  一站式服務(wù)：客戶(hù)只需提供樣品，康成的技術(shù)服務(wù)人員就可為您完成全部實(shí)驗(yàn)操作，包括染色質(zhì)免疫共沉淀、IP與 Input DNA文庫(kù)構(gòu)建、高通量測(cè)序和數(shù)據(jù)分析、并提供完整的實(shí)驗(yàn)報(bào)告。

    ※  嚴(yán)格的質(zhì)控體系：康成生物在hMeDIP-seq每個(gè)關(guān)鍵步驟都加入了 質(zhì)控實(shí)驗(yàn)（圖2，3）。這些QC數(shù)據(jù)能夠評(píng)估每個(gè)步驟的質(zhì)量。如果達(dá)不到標(biāo)準(zhǔn)，我們會(huì)重復(fù)實(shí)驗(yàn)步驟或者優(yōu)化實(shí)驗(yàn)體系，使得每個(gè)樣品都能夠順利進(jìn)入下個(gè)實(shí)驗(yàn)環(huán)節(jié)。

    ※  優(yōu)化的文庫(kù)制備流程: 單管式建庫(kù)，減少了由于反復(fù)純化造成的樣本損失，節(jié)省珍貴樣品。

    ※  專(zhuān)業(yè)的生物信息分析：強(qiáng)大的生物信息團(tuán)隊(duì)，提供專(zhuān)業(yè)的生信分析和paper級(jí)的圖表。

數(shù)據(jù)分析流程：

圖4. 將illumina Genome Analyzer IIx測(cè)序得到的原始圖像進(jìn)行堿基讀取，可獲取數(shù)百萬(wàn)條序列標(biāo)簽（~35bp長(zhǎng)度），通過(guò)與基因組數(shù)據(jù)庫(kù)匹配比對(duì)，并利用“peak caller”軟件，確定所關(guān)注蛋白在基因組上的精確結(jié)合位點(diǎn)（enriched regions）。這些結(jié)合位點(diǎn)可通過(guò)瀏覽器（如UCSC genome browser）查看。對(duì)enriched regions可進(jìn)行深層次數(shù)據(jù)分析，例如：

1. 對(duì)結(jié)合位點(diǎn)與已知基因的位置關(guān)系進(jìn)行注釋?zhuān)ㄞD(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)、外顯子-內(nèi)含子邊界、基因3’末端、啟動(dòng)子、增強(qiáng)子、絕緣子等）；

2. 利用“motif-finding”軟件確定結(jié)合區(qū)序列motifs；

3. 可對(duì)結(jié)合位點(diǎn)所對(duì)應(yīng)的基因進(jìn)行功能分類(lèi)，找到其中關(guān)鍵的功能類(lèi)別或者信號(hào)通路；

4. 結(jié)合表達(dá)譜數(shù)據(jù)，可以分析所關(guān)注蛋白與DNA結(jié)合對(duì)于基因轉(zhuǎn)錄的作用。

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