高通量測序及生物信息學(xué)技術(shù)

宏基因組研究的對象是整個微生物群落。微生物群落里的眾多細(xì)菌是共同生長、共同影響，共同發(fā)揮其生理功能。在研究人體微生物或者環(huán)境微生物時采用宏基因組技術(shù)比單個細(xì)菌研究更能發(fā)現(xiàn)其特征以及行使的功能。另一方面，宏基因組研究對于眾多不能培養(yǎng)分離單個細(xì)菌的菌群提供了研究途徑。新一代測序技術(shù)近年來的革命性發(fā)展給宏基因組學(xué)的發(fā)展提供了重要條件，我們可以通過高通量深度測序，靈敏的檢測出微生物群落結(jié)構(gòu)隨不同宿主或者外界環(huán)境的改變而發(fā)生的極其微弱的變化，對于我們研究微生物與人的關(guān)系、微生物與環(huán)境的關(guān)系有著重要的理論和現(xiàn)實意義。

基于新一代測序的技術(shù)路線，我們提供16S rDNA特定區(qū)域如V3，V4，或V6區(qū)的擴增和Illumina hiseq2000測序和整個基因組測序服務(wù)兩種技術(shù)路線。   

    將過濾后的Illumina paired-end reads 兩端重疊區(qū)域連接，構(gòu)成一段完整的16S rDNA的V3，V4，或V6區(qū)序列，通過與數(shù)據(jù)庫比對，對其進行物種分類，并且根據(jù)聚類距離進行OTU分類，將OTU與物種分類相對應(yīng)。

    構(gòu)建插入片段在300-500bp的Illumina insert library并進行2X100的測序，根據(jù)測序結(jié)果進行一系列的生物信息學(xué)分析。比如:與已有數(shù)據(jù)庫比對，基于相關(guān)的非冗余基因集，并統(tǒng)計每個基因在樣品中相對豐度，基于基因的功能注釋信息，基于基因的物種注釋信息，得到各個分類級別（科、屬）的分類表等；個性化分析，視課題情況而定。

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