外顯子組是指全部外顯子區(qū)域的集合，該區(qū)域包含合成蛋白質所需要的重要信息，涵蓋了與個體表型相關的大部分功能性變異。外顯子組序列捕獲及第二代測序是一種新型的基因組分析技術：外顯子序列捕獲芯片（或溶液）可在同一張芯片上以高特異 性和高覆蓋率捕獲研究者感興趣的目標外顯子區(qū)域，后續(xù)利用Hiseq 2000或SOLiD 5500測序儀測序直接解析數(shù)據(jù).
與全基因組重測序相比，外顯子組測序只需針對外顯子區(qū)域的DNA即可，覆蓋度更深、數(shù)據(jù)準確性更高，更加簡便、經(jīng)濟、高效�？捎糜趯ふ覐碗s疾�。ㄈ纾喊┌Y、 糖尿病、肥胖癥等）的致病基因和易感基因等的研究。同時，基于大量的公共數(shù)據(jù)庫提供的外顯子數(shù)據(jù)，我們能夠結合現(xiàn)有資源更好地解釋我們的研究結果。
斯坦福大學醫(yī)學院遺傳學系的研究人員對市場上主流的外顯子組測序平臺進行了比較。該研究結果發(fā)表在《Nature Biotechnology》上，Nature Biotechnology 29, 908–914 (2011) doi:10.1038/nbt.1975。研究人員還比較了同一樣品的外顯子組測序和全基因組測序（WGS），顯示外顯子組測序能夠檢測到全基因組測序錯過的小變異。
技術特點：
1. 發(fā)現(xiàn)外顯子區(qū)的絕大部分的疾病相關變異
2. 可發(fā)現(xiàn)常見變異和頻率<5%低頻突變
3. 只對基因組的約1%測序，更加經(jīng)濟、高效
4. 在相同預算情況下，可提供更高深度測序
樣本要求：
樣本要求
1) 樣品純度：OD 260/280值應在1.8～2.0 之間；無降解、無RNA污染。
2) 樣品濃度：最低濃度不低于50ng/µl。
3) 樣品總量：每個樣品總量不少于15µg。
4) 樣品溶劑：應溶解在純水或TE （pH 8.0）中。
5) 樣品運輸：DNA低溫運輸（-20℃）；且在運輸過程中請用parafilm將管口密封好，以防出現(xiàn)污染。
數(shù)據(jù)分析：
外顯子測序后獲得原始數(shù)據(jù)（raw reads），經(jīng)過去污染等過濾、比對參考基因組，獲得比對到基因組上的Unique mapped reads。對數(shù)據(jù)進行標準的信息分析流程，包括對SNP、InDel等進行檢測、注釋和統(tǒng)計分析。同時對數(shù)據(jù)進行質控檢測，包括測序深度、覆蓋度均一性等分析的檢測報告。
1. 標準信息分析
♦ 數(shù)據(jù)產(chǎn)出的統(tǒng)計
♦ 外顯子區(qū)域測序深度的直方分布圖
♦ 外顯子捕獲的均一性分析
♦ 一致性序列的獲得和SNPs的檢測
♦ SNPs的注釋
♦ 插入和缺失（Indels）的檢測
♦ 插入和缺失（Indels）的注釋
2. 個性化信息分析
♦ 氨基酸替代的預測分析
♦ 群體SNP的獲取和等位基因頻率評估
♦ Mendelian disorder analysis 孟德爾遺傳疾病分析
♦ 基于新一代測序技術的全基因組關聯(lián)（NGS-GWAS）分析
♦ 陽性信號的檢測
應用領域：
1.在正常人中的相關研究
2.在孟德爾疾病和罕見綜合癥中的運用
3.在復雜疾病中的應用
4.在基因診斷中的運用
