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高通量測序/基因組測序/全轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)
高通量測序（High-Throughput Sequencing）又名下一代測序（Next Generation Sequencing
服務(wù)類別：測序/合成總訪問：13998
最后更新：2024-5-17半年訪問：204
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高通量測序
高通量測序（High-Throughput Sequencing）又名下一代測序（Next Generation Sequencing，NGS），是相對于傳統(tǒng)的桑格測序（Sanger Sequencing）而言的。高通量測序是DNA測序發(fā)展歷程的一個(gè)里程碑，可一次對幾十萬到幾百萬條 DNA 分子進(jìn)行序列測定，因其具有可對完全序列未知的樣本進(jìn)行直接測序的特點(diǎn)，使得研究者對一個(gè)物種的轉(zhuǎn)錄組和基因組進(jìn)行細(xì)致全面的分析成為可能，所以又被稱為深度測序 (deep sequencing) 。目前高通量測序的主要平臺代表有羅氏公司(Roche)的454測序儀（Roch GS FLX sequencer），Illumina公司的Solexa基因組分析儀（Illumina Genome Analyzer）和ABI的SOLiD測序儀（ABI SOLiD sequencer）。
 
隨著高通量測序技術(shù)的迅猛發(fā)展，NGS技術(shù)開始越來越多地被應(yīng)用來解決生物學(xué)問題。比如在基因組水平上對還沒有參考序列的物種進(jìn)行從頭測序（de novosequencing），獲得該物種的參考序列，為后續(xù)研究和分子育種奠定基礎(chǔ)；對有參考序列的物種，進(jìn)行全基因組重測序（resequencing），在全基因組水平上掃描并檢測突變位點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)個(gè)體差異的分子基礎(chǔ)。在轉(zhuǎn)錄組水平上進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測序（whole transcriptome resequencing），從而開展可變剪接、編碼序列單核苷酸多態(tài)性（cSNP）等研究；或者進(jìn)行小分子RNA測序（small RNA sequencing），通過分離特定大小的RNA分子進(jìn)行測序，從而發(fā)現(xiàn)新的microRNA分子。在轉(zhuǎn)錄組水平上，與染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP）和甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術(shù)相結(jié)合，從而檢測出與特定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA區(qū)域和基因組上的甲基化位點(diǎn)。
 
一、威斯騰測序平臺：
基于創(chuàng)新的 Illumina 的 Hiseq2000 、 Genome AnalyzerIIx 與 Roche 454 的高通量測序平臺，威斯騰生物可幫助您對樣本的 microRNA 、 mRNA 、 ncRNA 或 DNA 在進(jìn)行各種預(yù)處理 ( 片段化與建庫 ) 后進(jìn)行高通量的測序。根據(jù)樣本 RNA 或者 DNA 的不同應(yīng)用可分為轉(zhuǎn)錄組測序、 microRNA測序、 ncRNA測序、基因組測序等。
 
圖 1 Illumina Hiseq2000
 
 
圖2 Roche GS Junior System
 
 
二、服務(wù)種類：
1、基因組測序
1）人類基因組重測序
2）動(dòng)植物基因組測序（de novo）及重測序
3）細(xì)菌基因組測序（de novo）及重測序
4）真菌基因組測序（de novo）及重測序
2、轉(zhuǎn)錄組測序
1）真核轉(zhuǎn)錄組
2）細(xì)菌轉(zhuǎn)錄組
3）數(shù)字表達(dá)譜分析
4）MicroRNA測序
5）降解組測序分析
3、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的檢測
4、特定區(qū)域測序
5、目標(biāo)序列捕獲測序
6、ChIP-seq 測序服務(wù) 
7、甲基化測序
三、服務(wù)內(nèi)容：
1、基因組測序:
全新物種基因組測序：對全新的微生物、植物或動(dòng)物物種基因組進(jìn)行整體揭示，包括片段測序、序列組裝、基因預(yù)測與注釋等環(huán)節(jié)，可以從整體水平對目標(biāo)物種進(jìn)行研究。 
基因組重測序：全基因組重測序是對已知基因組序列的物種的個(gè)體進(jìn)行測序，并在個(gè)體或群體水平進(jìn)行差異分析的方法。如微生物的不同菌株、不同疾病患者、不同表型個(gè)體等的基因組測定及與已有標(biāo)準(zhǔn)基因組進(jìn)行比較分析。
2、轉(zhuǎn)錄組測序:
特定組織或者細(xì)胞中的 mRNA 經(jīng)分離后制備成片段化的 cDNA 文庫，通過 Illimina 測序儀對 cDNA 文庫高通量測序，從而獲得一個(gè)細(xì)胞或生物個(gè)體的全轉(zhuǎn)錄組信息，用于尋找差異表達(dá)基因與可能的新的可變剪接形式。
3、microRNA 與 ncRNA 測序 :
可對細(xì)胞或者組織中的全部 Small RNA 或 Noncoding RNA 進(jìn)行深度測序及定量分析。用于作用靶基因的預(yù)測和鑒定、樣品間差異表達(dá)分析、表達(dá)譜分析、miRNA 或 ncRNA 聚類等科學(xué)應(yīng)用。

四、實(shí)驗(yàn)步驟及品控
1、實(shí)驗(yàn)步驟（以基因組測序?yàn)槔?/div>
實(shí)驗(yàn)方案確定
↓
基因組DNA的隨機(jī)打斷
↓
DNA片段的末端修復(fù)
 
修飾，末端加上接頭(adapter)
↓
PCR擴(kuò)增連上接頭的DNA片段
↓
文庫檢測
↓
DNA的成簇?cái)U(kuò)增
↓
上機(jī)測序
↓
生物信息組裝/分析
2、品質(zhì)保證： 
1）全程采用 Illumina 或 Roche 標(biāo)準(zhǔn)試劑； 
2）嚴(yán)格各環(huán)節(jié)質(zhì)控，包括 RNA 電泳、基于 Nanodrop 與 Angilent Bioanalyzer 的 RNA 分析、庫指標(biāo)、測序數(shù)據(jù)質(zhì)量等 
3）按客戶需求嚴(yán)格保證數(shù)據(jù)總量與質(zhì)量，并配以完備的數(shù)據(jù)分析服務(wù)。 

五、樣品要求：
1、動(dòng)物、植物、微生物組織：
    提供足量的新鮮柔嫩部位樣品；新鮮程度要求：采樣后將樣品立即液氮速凍－80℃保存（保存期不超過1個(gè)月），干冰運(yùn)輸，樣本保存期間切忌反復(fù)凍融。
2、RNA樣品
 總RNA＞500ug，濃度＞1ug/ul；
 mRNA＞3ug，濃度＞50ng/ul；
 OD260/OD280為1.8-2.0；
3、DNA樣品
OD260/280為1.8-2.0之間；樣品濃度越高越好，最好不應(yīng)低于30ng/ul，總量不低于20ug；基因組需保證完整，無明顯降解。
 
六、結(jié)果提交：
1、原始數(shù)據(jù)報(bào)告，包含所有測序序列的序列信息，堿基讀取質(zhì)量評估。
2、基本數(shù)據(jù)分析報(bào)告（Excel表格），包含有效序列的序列信息
3、高級數(shù)據(jù)分析（應(yīng)客戶要求定制）
 1）基因組組裝：包括原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)、覆蓋度計(jì)算、組裝結(jié)果相關(guān)統(tǒng)計(jì)；
 2）基因組組分分析：編碼基因預(yù)測，以及基因功能預(yù)測；
    3）比較基因組分析：以客戶提供的近源物種的序列為參考序列，進(jìn)行SNP分析、共線性分析。
 
圖3：第二代測序工作流程圖
 
 
 
圖4：沙門氏菌 SL1344 基因組注釋簡圖

 

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