動(dòng)植物基因組從頭測(cè)序

動(dòng)植物基因組de novo測(cè)序的主要策略：一是對(duì)短片段Shotgun文庫(kù)（300-1000 bp）進(jìn)行深度測(cè)序，確保序列覆蓋度和測(cè)序準(zhǔn)確性，獲得基因組基本序列信息；二是構(gòu)建較長(zhǎng)插入片度的mate pair文庫(kù)（3kb、8 kb、10 kb、20 kb）并測(cè)序，確定短片段序列間的相對(duì)位置，通過(guò)拼接組裝獲得基因組序列框架；三是通過(guò)PCR擴(kuò)增技術(shù)獲得序列間斷開(kāi)部分（gap）DNA片段并進(jìn)行一代測(cè)序，從而獲得完整基因組序列。在此基礎(chǔ)上通過(guò)生物信息學(xué)方法進(jìn)行基因注釋和分析。

推薦平臺(tái)：Roche 454 FLX+數(shù)據(jù)為主，結(jié)合Illumina HiSeq 2000和ABI 3730XL 數(shù)據(jù)。

1、 DNA樣品：濃度≥200 ng/μl，總量≥500 μg，OD260/280值應(yīng)在1.8-2.0之間，電泳檢測(cè)無(wú)明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整，主帶應(yīng)在100 kb以上。若樣品中有多糖、糖蛋白的殘留， 對(duì)打斷DNA樣品帶來(lái)非常大的困難，且很難去除，因此特別要求所提供的樣品一定要將多糖或糖蛋白去除干凈。

2、 動(dòng)物樣品：樣品最好來(lái)自純系，對(duì)于一般物種應(yīng)挑選肝臟、腎臟、血液等組織取樣，對(duì)于珍貴物種請(qǐng)?zhí)峁┒鷺�、毛發(fā)（帶毛根）等脂肪含量較少的組織進(jìn)行取樣。為了減少個(gè)體差異對(duì)后續(xù)拼接產(chǎn)生的影響，盡量從同一個(gè)個(gè)體中取樣。若物種體積較小，從一個(gè)個(gè)體中提取的DNA量不能滿足測(cè)序?qū)嶒?yàn)所需，在保證量的前提下，應(yīng)盡量減少采樣個(gè)體的數(shù)量。

3、 植物樣品：樣品最好來(lái)自純合體或單倍體。需為黑暗無(wú)菌條件下培養(yǎng)的黃化苗或組織樣品。

派森諾生物擁有多個(gè)先進(jìn)的測(cè)序平臺(tái)，根據(jù)合作伙伴的具體需求，設(shè)計(jì)最佳的實(shí)驗(yàn)方案，提供最高效的全基因組de novo測(cè)序服務(wù)。Roche 454 FLX+具有長(zhǎng)讀長(zhǎng)的特點(diǎn)，適合動(dòng)植物的全基因組測(cè)序，結(jié)合Illumina和ABI 3730測(cè)序平臺(tái)，能夠針對(duì)各種基因組搭配出最合適的測(cè)序流程。

派森諾生物擁有經(jīng)驗(yàn)豐富的技術(shù)人員以及成熟的數(shù)據(jù)處理和信息分析系統(tǒng)，能在第一時(shí)間提供專業(yè)、合理、高性價(jià)比的測(cè)序服務(wù)。

案例：

 動(dòng)物基因組測(cè)序