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原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評(píng)估，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析，根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化分析
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轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
與參考基因組比對(duì)
蛋白編碼基因的表達(dá)量分析
蛋白編碼基因的表達(dá)量差異分析
差異表達(dá)的蛋白編碼基因的聚類分析（熱圖）
差異表達(dá)基因富集分析（GO、KEGG）
SNPs的分析（SNPs鑒定、同義/非同義突變、與已有SNPs數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)）
可變剪切分析
UTR區(qū)域鑒定
新基因/新轉(zhuǎn)錄本分析
序列拼裝及拼裝統(tǒng)計(jì)
Unigene功能注釋
Unigene的功能聚類分析（KOG、GO）
Unigene的代謝途徑分析（KEGG pathway）
Unigene的表達(dá)量分析
Unigene的表達(dá)量差異分析
差異表達(dá)的Unigene的聚類分析（熱圖）
差異表達(dá)的Unigene的富集分析（KOG、GO、KEGG）
SNPs的鑒定
簡(jiǎn)介：轉(zhuǎn)錄組是指某個(gè)物種的特定組織或細(xì)胞在某一生理功能狀態(tài)下所有轉(zhuǎn)錄的mRNA產(chǎn)物的集合，是基因組遺傳信息傳遞和表達(dá)的重要步驟和過程。高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以獲得大量轉(zhuǎn)錄本序列信息，定量基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)水平，獲得基因組轉(zhuǎn)錄區(qū)域及其位點(diǎn)信息等，在基因組序列拼接注釋、樣品間基因轉(zhuǎn)錄差異表達(dá)及其功能研究等方面有重要作用。
一、技術(shù)路線
有參考基因組的轉(zhuǎn)錄組分析技術(shù)路線
推薦平臺(tái)：Illumina HiSeq 2000、Illumina MiSeq
無參考基因組的轉(zhuǎn)錄組分析
推薦平臺(tái)：Roche 454 FLX+
二、信息分析
有參考基因組的轉(zhuǎn)錄組
1.原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評(píng)估
2.轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析：
與參考基因組比對(duì) 蛋白編碼基因的表達(dá)量分析 蛋白編碼基因的表達(dá)量差異分析 差異表達(dá)的蛋白編碼基因的聚類分析（熱圖） 差異表達(dá)基因富集分析（GO、KEGG） SNPs的分析（SNPs鑒定、同義/非同義突變、與已有SNPs數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)） 可變剪切分析 UTR區(qū)域鑒定 新基因/新轉(zhuǎn)錄本分析3.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化分析
無參考基因組的轉(zhuǎn)錄組
1.原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評(píng)估
2.轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析：
序列拼裝及拼裝統(tǒng)計(jì) Unigene功能注釋 Unigene的功能聚類分析（KOG、GO） Unigene的代謝途徑分析（KEGG pathway） Unigene的表達(dá)量分析 Unigene的表達(dá)量差異分析 差異表達(dá)的Unigene的聚類分析（熱圖） 差異表達(dá)的Unigene的富集分析（KOG、GO、KEGG） SNPs的鑒定3.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化分析
三、送樣要求
1、 組織樣品：要求動(dòng)物、植物、微生物總量大于2 g的新鮮樣品（植物材料應(yīng)盡量選取幼嫩部位）。采樣后將樣品立即用RNAlater和液氮速凍，保存于-80℃（保存期不超過一個(gè)月），送樣時(shí)使用干冰運(yùn)輸（不超過72 h）；提取RNA后經(jīng)變性電泳，保證各RNA條帶清晰、比例適中、完整性好、無降解。
2、 細(xì)胞樣品：先使用TRIzol試劑進(jìn)行處理，每0.25 mL樣品（5-10×106個(gè)細(xì)胞）加入0.75 mL TRIzol試劑（可參考TRIzol試劑說明書），于-80℃保存，并提供2-3份該樣品。原則上不接收未經(jīng)TRIzol處理的細(xì)胞樣品。
3、 總RNA：濃度≥250 ng/μl，總量≥50 μg；OD 260/280介于1.8-2.2之間，OD 260/230值應(yīng)≥2.0。電泳檢測(cè)28S:18S至少大于1.5；RIN值≥8.0；并確保RNA無降解，無污染；或提供濃度≥50 ng/μl，總量≥1 μg的mRNA。同時(shí)，提供質(zhì)量檢測(cè)相關(guān)數(shù)據(jù)和圖片，包括分光光度計(jì)、電泳膠圖或Nanodrop儀器檢測(cè)數(shù)據(jù)。
4、 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融。
5、 送樣管務(wù)必標(biāo)清樣品編號(hào)，管口使用Parafilm膜密封。
四、派森諾優(yōu)勢(shì)
1）無參考基因組的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序：
a) 質(zhì)量高：接近第一代Sanger測(cè)序的讀長(zhǎng)，可同時(shí)跨過多個(gè)外顯子和剪切位點(diǎn)，最大程度減少對(duì)拼接算法的依賴。
b) De novo拼接：得到更高質(zhì)量的基因序列
c) Map到基因組：得到更高精度的基因結(jié)構(gòu)
d) 靈敏度高：提供最接近轉(zhuǎn)錄本長(zhǎng)度的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)，可以最大可能的得到低豐度轉(zhuǎn)錄本的全長(zhǎng)序列。
e) 分析成熟：在Roche 454 FLX基礎(chǔ)上發(fā)展起來的Roche 454 FLX+，有著成熟的分析軟件和分析流程。
2）有參考基因組的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序：
a) 派森諾生物的IlluminaMiSeq/HiSeq測(cè)序平臺(tái)是基因組序列已知物種的轉(zhuǎn)錄組分析的最佳平臺(tái)。
b) IlluminaHiSeq測(cè)序平臺(tái)采用雙端測(cè)序方法，單次測(cè)序獲得的數(shù)據(jù)量大，能夠得到更高的覆蓋深度，檢測(cè)更多低豐度的轉(zhuǎn)錄本。
c) IlluminaMiSeq測(cè)序平臺(tái)操作靈活，不需要跟別的樣本湊足一個(gè)Run，只要您的樣品準(zhǔn)備好了，平臺(tái)馬上能為您運(yùn)行。
d) 成熟的生物信息學(xué)分析系統(tǒng)。
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