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Small RNA測序
原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估,小RNA的注釋,microRNA分析
服務(wù)類別:測序/合成總訪問:798
最后更新:2013-9-3半年訪問:7
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 Small RNA測序

簡介:Small RNA是一類高度保守的長度在18-30 nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA、piRNA。Small RNA在細胞的生長、發(fā)育、代謝等基礎(chǔ)生物學(xué)過程中扮演著重要的角色,甚至在癌癥等相關(guān)疾病形成過程中起著關(guān)鍵的作用。高通量測序技術(shù)可以對樣本中所有Small RNA家族進行測序和表達定量,從而解析miRNA、siRNA、piRNA、其它非編碼RNA以及相應(yīng)的靶基因序列。

 

一、技術(shù)路線

 

推薦平臺:Illumina MiSeq

 

 

二、信息分析

1.原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估

 

2.小RNA的注釋:

 小RNA定位到基因組

 其它序列(tRNA、rRNA、intron、exon、snoRNA、snRNA)注釋

 microRNA注釋

  piRNA注釋

  

3.microRNA分析:

 microRNA的表達量分析

 microRNA的表達量差異分析

 microRNA表達模式聚類分析(熱圖)

 microRNA保守性分析

 靶基因預(yù)測

 網(wǎng)絡(luò)分析(靶基因互作網(wǎng)絡(luò))

 新microRNA預(yù)測 

 

4.根據(jù)客戶需求進行個性化分析

 

 

三、送樣要求

1、 總RNA:濃度≥750 ng/μl,總量≥20 μg;OD 260/280介于1.8-2.2之間,OD 260/230值應(yīng)≥2.0。電泳檢測28S:18S至少大于1.5;RIN值≥8.0;并確保RNA無降解,無污染;蛘咛峁舛取20 ng/μl,總量≥200 ng的 Small RNA樣品。同時提供Small RNA樣品QC數(shù)據(jù),包括電泳圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)。

 

2、 提取總RNA時,請避免使用過柱法和LiCl沉淀法,以避免Small RNA的丟失。

 

3、 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融。

 

四、派森諾優(yōu)勢

派森諾生物利用Illumina MiSeq/HiSeq兩大測序平臺提供優(yōu)質(zhì)的Small RNA測序服務(wù)。其中IlluminaMiSeq平臺具有測序周期短(1×35 bp模式的測序時間僅8小時)、分辨率高、精確度高、重復(fù)性好等優(yōu)點。Illumina HiSeq平臺具有費用低廉、通量高等優(yōu)點,為Small RNA分子的發(fā)現(xiàn)和研究提供了極高的覆蓋深度,能夠檢測豐度極低的稀有Small  RNA。

 

派森諾生物將根據(jù)合作伙伴的實際需要,選擇合適的測序平臺為您提供個性化的高品質(zhì)Small RNA測序服務(wù)。憑借經(jīng)驗豐富的測序團隊、專業(yè)的信息分析人員和全面的技術(shù)支持,能在第一時間為您提供實驗方案,解決實驗問題,分析實驗結(jié)果。

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