宏基因組從頭測(cè)序

原始數(shù)據(jù)整理、過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估，基因集分析，基于物種豐度分析，基于群落結(jié)構(gòu)分析，微生物基因組序列組裝和拼接

服務(wù)類別：	測(cè)序/合成	總訪問(wèn)：	1402
最后更新：	2013-9-3	半年訪問(wèn)：	15
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服務(wù)商：上海派森諾生物科技有限公司

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服務(wù)介紹
公司簡(jiǎn)介

宏基因組從頭測(cè)序

簡(jiǎn)介：宏基因組學(xué)（Metagenomics）也稱為元基因組學(xué)，是以樣品中的微生物群落作為整體進(jìn)行研究的學(xué)科。宏基因組de novo測(cè)序是指對(duì)環(huán)境樣品中所有微生物基因組DNA片段化后進(jìn)行高通量測(cè)序，進(jìn)行序列組裝和基因注釋，獲得部分不可純培養(yǎng)微生物的基因組序列，分析該環(huán)境下所有微生物基因集信息。

一、技術(shù)路線

推薦平臺(tái)：Roche 454 FLX+、Illumina HiSeq 2000

二、信息分析

1.原始數(shù)據(jù)整理、過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估

2.基因集分析：

基因功能注釋

基因功能豐度差異分析

豐度差異的基因 GO 富集分析

豐度差異的基因 KEGG 富集分析

聚類分析（熱圖）

多元統(tǒng)計(jì)分析（根據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)）

3.基于物種豐度分析：

稀釋曲線

Alpha多樣性分析

物種豐度差異分析

聚類分析（熱圖）

多元統(tǒng)計(jì)分析（根據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)）

4.基于群落結(jié)構(gòu)分析：

單樣品物種分布

多樣品物種分布

5.微生物基因組序列組裝和拼接

6.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化分析

三、送樣要求

1、樣品采集：采集條件的一致是最為重要的環(huán)節(jié)，需嚴(yán)格按照標(biāo)準(zhǔn)采樣，采樣后立即冷凍保存。

2、樣品DNA：環(huán)境因素異常復(fù)雜，許多物質(zhì)或抑制因子會(huì)影響后續(xù)PCR、測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建和序列測(cè)定，常規(guī)提取方法不一定適合，建議按公司要求采用專用試劑盒提取�；蚪MDNA濃度＞100 ng/μl，總量＞20 μg，OD 260/280在1.8-2.0之間，并確保電泳檢測(cè)無(wú)明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整；基因組DNA完全無(wú)降解；提供DNA電泳檢測(cè)照片，用自封袋密封后隨樣品一起送樣。

3、送樣管務(wù)必標(biāo)清樣品編號(hào)，管口使用Parafilm膜密封。

四、派森諾優(yōu)勢(shì)

1. 先進(jìn)的平臺(tái)優(yōu)勢(shì)：Roche 454 FLX+超長(zhǎng)讀長(zhǎng)保證了三個(gè)V區(qū)的完整測(cè)序，大大提高了環(huán)境微生物檢測(cè)靈敏度。Illumina 測(cè)序平臺(tái)的高通量確保了檢測(cè)的準(zhǔn)確度并大大降低了測(cè)序費(fèi)用。

2. 開(kāi)發(fā)了一套成熟的平行測(cè)序方案，可支持超過(guò)200個(gè)樣本的平行測(cè)序。

3. 完備的樣品檢測(cè)和預(yù)實(shí)驗(yàn)體系，為后續(xù)測(cè)序順利開(kāi)展奠定了基礎(chǔ)。

4. 豐富的經(jīng)驗(yàn)，成熟的數(shù)據(jù)處理和分析系統(tǒng)。

上海派森諾生物科技有限公司（以下簡(jiǎn)稱“派森諾生物”）成立于2011年4月，公司總部位于上海市徐匯區(qū)，是在已有DNA一代測(cè)序合成平臺(tái)基礎(chǔ)上，以上海交通大學(xué)等海內(nèi)外高等學(xué)校和科研院所的專家教授團(tuán)隊(duì)為技術(shù)依托，吸納了多名基因組學(xué)和生物信息學(xué)高級(jí)專業(yè)技術(shù)人員加盟組成的高科技生物技術(shù)公司。

公司之所以取名派森諾生物（Personalbio）是這樣考慮的：首先，人類基因組計(jì)劃實(shí)施和完成，全面開(kāi)啟了生命科學(xué)新紀(jì)元，其正帶動(dòng)著生物科學(xué)研究和應(yīng)用進(jìn)入個(gè)性化時(shí)代；其次，測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展，以測(cè)序中心獨(dú)攬?zhí)煜碌木置嬉矊⒈灰詫?shí)驗(yàn)室為單位個(gè)性化形式所打破和取代。另外，由于生物種類和客戶需求目標(biāo)的多樣性，要求有針對(duì)性、個(gè)性化的專業(yè)服務(wù)。

派森諾生物緊緊跟蹤全球測(cè)序技術(shù)發(fā)展步伐，2011年率先引進(jìn)了亞太區(qū)第一臺(tái)羅氏升級(jí)版測(cè)序平臺(tái)（Roche 454 FLX+ system）和中國(guó)第一臺(tái)Illumina新一代個(gè)人化測(cè)序平臺(tái)（Illumina MiSeq^TM），目前擁有Illumina HiSeq^TM2000、Illumina MiSeq^TM和Roche 454 FLX+三大高通量測(cè)序平臺(tái)，確保了對(duì)不同類型、不同物種的測(cè)序需要。

派森諾生物擁有一支實(shí)力雄厚的序列測(cè)定和信息分析團(tuán)隊(duì)，在為合作伙伴提供標(biāo)準(zhǔn)化信息分析服務(wù)的基礎(chǔ)上，將根據(jù)客戶需要提供個(gè)性化的數(shù)據(jù)分析與培訓(xùn)。派森諾生物承諾，將為廣大合作伙伴提供三大免費(fèi)服務(wù)：免費(fèi)設(shè)計(jì)科學(xué)合理的實(shí)驗(yàn)方案、免費(fèi)提供常規(guī)生物信息分析和免費(fèi)修改潤(rùn)色英文文稿。

派森諾生物始終以“解析序列，詮釋生命”作為企業(yè)理念，秉承“立足客戶需要，滿足個(gè)性需求”的服務(wù)宗旨，專業(yè)提供動(dòng)植物基因組測(cè)序、微生物基因組測(cè)序、宏基因組測(cè)序、RNA測(cè)序、簡(jiǎn)化基因組及外顯子捕獲等技術(shù)服務(wù)。

目前公司合作伙伴遍布全國(guó)，包括中國(guó)科學(xué)院、中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院、上海交通大學(xué)、華東理工大學(xué)、內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)、南京大學(xué)、瑞金醫(yī)院、新華醫(yī)院、國(guó)家海洋局第一海洋研究所、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)、華南農(nóng)業(yè)大學(xué)、溫州醫(yī)學(xué)院、上海海洋大學(xué)、山東農(nóng)業(yè)大學(xué)、重慶市畜牧科學(xué)院、揚(yáng)州大學(xué)等，已經(jīng)完成和正在進(jìn)行多項(xiàng)國(guó)家和省市重大或重點(diǎn)科研項(xiàng)目，受到合作伙伴的認(rèn)同和好評(píng)。

售后服務(wù)

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