環(huán)境微生物多樣性檢測

原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估，OTU列表生成及注釋，基于物種豐度分析，基于群落結(jié)構(gòu)分析，根據(jù)客戶需求進(jìn)行個性化分析

服務(wù)類別：	測序/合成	總訪問：	3622
最后更新：	2013-9-3	半年訪問：	21
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服務(wù)商：上海派森諾生物科技有限公司

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服務(wù)介紹
公司簡介

環(huán)境微生物多樣性檢測

簡介：宏基因組學(xué)研究不要求對每個微生物進(jìn)行分離純化培養(yǎng)，而是直接從樣品中提取基因組DNA后進(jìn)行測序分析。通過宏基因組測序，能夠解釋微生物群落多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性及環(huán)境之間的相互協(xié)作關(guān)系，極大地?cái)U(kuò)展了微生物學(xué)研究范圍。環(huán)境微生物多樣性檢測是指通過對環(huán)境中微生物16S rDNA高變區(qū)/ITS 的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行高通量測序，分析該環(huán)境下微生物群落的多樣性和分布規(guī)律。

一、技術(shù)路線

推薦平臺：Roche 454 FLX+、Illumina MiSeq

二、信息分析

1.原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估

2.OTU列表生成及注釋

3.基于物種豐度分析：

稀釋曲線

Alpha多樣性分析

物種豐度差異分析

聚類分析（熱圖）

多元統(tǒng)計(jì)分析（根據(jù)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)）

3.基于群落結(jié)構(gòu)分析：

單樣品物種分布

多樣品物種分布

含進(jìn)化關(guān)系的物種分布

Beta多樣性分析（PCoA、NMDS）

5.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個性化分析

三、送樣要求

1、樣品采集：由于環(huán)境條件的變化對微生物影響很大，因此要求樣品采集條件保持高度一致。為了防止微生物死亡或DNA降解，采樣后立即冷凍保存。

2、樣品DNA：環(huán)境因素異常復(fù)雜，許多物質(zhì)或抑制因子會影響后續(xù)PCR、測序文庫構(gòu)建和序列測定，常規(guī)提取方法不一定合適，建議按公司要求采用專用試劑盒提取�；蚪MDNA濃度＞50 ng/μl，總量＞5 μg，OD 260/280在1.8-2.0之間，并確保電泳檢測無明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整；基因組DNA完全無降解；提供DNA電泳檢測照片，用自封袋密封后隨樣品一起送樣。

3、樣品保存期間切忌反復(fù)凍融。

4、送樣管務(wù)必標(biāo)清樣品編號，管口使用Parafilm膜密封。

四、派森諾優(yōu)勢

派森諾生物擁有多個先進(jìn)的測序平臺，根據(jù)合作伙伴的具體需求，設(shè)計(jì)最佳的實(shí)驗(yàn)方案，提供最高效的環(huán)境微生物多樣性檢測測序服務(wù)。Roche 454 FLX+具有長讀長的特點(diǎn)，適合多V區(qū)檢測，結(jié)合Illumina和ABI 3730測序平臺，能夠針對各種基因組搭配出最合適的測序流程。

派森諾生物擁有經(jīng)驗(yàn)豐富的技術(shù)人員以及成熟的數(shù)據(jù)處理和信息分析系統(tǒng)，能在第一時間提供專業(yè)、合理、高性價比的測序服務(wù)。

上海派森諾生物科技有限公司（以下簡稱“派森諾生物”）成立于2011年4月，公司總部位于上海市徐匯區(qū)，是在已有DNA一代測序合成平臺基礎(chǔ)上，以上海交通大學(xué)等海內(nèi)外高等學(xué)校和科研院所的專家教授團(tuán)隊(duì)為技術(shù)依托，吸納了多名基因組學(xué)和生物信息學(xué)高級專業(yè)技術(shù)人員加盟組成的高科技生物技術(shù)公司。

公司之所以取名派森諾生物（Personalbio）是這樣考慮的：首先，人類基因組計(jì)劃實(shí)施和完成，全面開啟了生命科學(xué)新紀(jì)元，其正帶動著生物科學(xué)研究和應(yīng)用進(jìn)入個性化時代；其次，測序技術(shù)的飛速發(fā)展，以測序中心獨(dú)攬?zhí)煜碌木置嬉矊⒈灰詫?shí)驗(yàn)室為單位個性化形式所打破和取代。另外，由于生物種類和客戶需求目標(biāo)的多樣性，要求有針對性、個性化的專業(yè)服務(wù)。

派森諾生物緊緊跟蹤全球測序技術(shù)發(fā)展步伐，2011年率先引進(jìn)了亞太區(qū)第一臺羅氏升級版測序平臺（Roche 454 FLX+ system）和中國第一臺Illumina新一代個人化測序平臺（Illumina MiSeq^TM），目前擁有Illumina HiSeq^TM2000、Illumina MiSeq^TM和Roche 454 FLX+三大高通量測序平臺，確保了對不同類型、不同物種的測序需要。

派森諾生物擁有一支實(shí)力雄厚的序列測定和信息分析團(tuán)隊(duì)，在為合作伙伴提供標(biāo)準(zhǔn)化信息分析服務(wù)的基礎(chǔ)上，將根據(jù)客戶需要提供個性化的數(shù)據(jù)分析與培訓(xùn)。派森諾生物承諾，將為廣大合作伙伴提供三大免費(fèi)服務(wù)：免費(fèi)設(shè)計(jì)科學(xué)合理的實(shí)驗(yàn)方案、免費(fèi)提供常規(guī)生物信息分析和免費(fèi)修改潤色英文文稿。

派森諾生物始終以“解析序列，詮釋生命”作為企業(yè)理念，秉承“立足客戶需要，滿足個性需求”的服務(wù)宗旨，專業(yè)提供動植物基因組測序、微生物基因組測序、宏基因組測序、RNA測序、簡化基因組及外顯子捕獲等技術(shù)服務(wù)。

目前公司合作伙伴遍布全國，包括中國科學(xué)院、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院、上海交通大學(xué)、華東理工大學(xué)、內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)、南京大學(xué)、瑞金醫(yī)院、新華醫(yī)院、國家海洋局第一海洋研究所、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)、華南農(nóng)業(yè)大學(xué)、溫州醫(yī)學(xué)院、上海海洋大學(xué)、山東農(nóng)業(yè)大學(xué)、重慶市畜牧科學(xué)院、揚(yáng)州大學(xué)等，已經(jīng)完成和正在進(jìn)行多項(xiàng)國家和省市重大或重點(diǎn)科研項(xiàng)目，受到合作伙伴的認(rèn)同和好評。

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