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簡化基因組測序
原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估,標(biāo)記位點分析,應(yīng)用分析,根據(jù)客戶需求進(jìn)行個性化分析
服務(wù)類別:測序/合成總訪問:1295
最后更新:2013-9-3半年訪問:7
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 簡化基因組測序

簡介:簡化基因組測序(Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS)顧名思義是對部分基因組進(jìn)行序列測定。它是指利用RAD-seq和生物信息學(xué)方法,設(shè)計標(biāo)記開發(fā)方案,富集特異性長度片段,應(yīng)用高通量測序技術(shù)獲得海量標(biāo)簽序列來代表目標(biāo)物種全基因組信息的測序方法。

 

一、技術(shù)路線

 

推薦平臺:Illumina HiSeq 2000

 

 

二、信息分析

1)未知參考基因組的信息分析流程

1.原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估

 

2.標(biāo)記位點分析:

 標(biāo)記位點鑒定

 SNPs位點鑒定

 

3.應(yīng)用分析:

 SNP單體型圖譜分析

 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)

 連鎖分析和QTL定位

 種群進(jìn)化分析

 

4.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個性化分析

 

 

 2)已知參考基因組的信息分析流程   

1.原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估

 

2.標(biāo)記位點分析:

 標(biāo)記位點在基因組上定位

 標(biāo)記位點鑒定

 SNPs位點鑒定

 

3.應(yīng)用分析:

 SNP單體型圖譜分析

 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)

 連鎖分析和QTL定位

 種群進(jìn)化分析

 

4.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個性化分析

 

 

三、送樣要求

1、 動物組織樣品:要求新鮮動物組織,避免脂肪組織,每個樣品重量>10 g。

 

2、 血液樣品:每份新鮮血液樣本的體積>5 mL。

 

3、 植物樣品:要求新鮮較嫩的葉片組織,每個樣品重量>10 g,干冰或者液氮保存寄送。

 

4、 DNA樣品:請?zhí)峁舛龋?00 ng/μl,總量>20 μg的DNA,OD 260/280介于1.8~2.0之間,并確保DNA無降解。

 

5、 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融。

 

6、 送樣管務(wù)必標(biāo)清樣品編號,管口使用Parafilm 膜密封。

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