簡化基因組測序
簡介:簡化基因組測序(Reduced-Representation Genome Sequencing, RRGS)顧名思義是對部分基因組進(jìn)行序列測定。它是指利用RAD-seq和生物信息學(xué)方法,設(shè)計標(biāo)記開發(fā)方案,富集特異性長度片段,應(yīng)用高通量測序技術(shù)獲得海量標(biāo)簽序列來代表目標(biāo)物種全基因組信息的測序方法。
一、技術(shù)路線
推薦平臺:Illumina HiSeq 2000
二、信息分析
1)未知參考基因組的信息分析流程
1.原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估
2.標(biāo)記位點分析:
標(biāo)記位點鑒定
SNPs位點鑒定
3.應(yīng)用分析:
SNP單體型圖譜分析
全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)
連鎖分析和QTL定位
種群進(jìn)化分析
2)已知參考基因組的信息分析流程
1.原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估
2.標(biāo)記位點分析:
標(biāo)記位點在基因組上定位
標(biāo)記位點鑒定
SNPs位點鑒定
3.應(yīng)用分析:
SNP單體型圖譜分析
全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)
連鎖分析和QTL定位
種群進(jìn)化分析
三、送樣要求
1、 動物組織樣品:要求新鮮動物組織,避免脂肪組織,每個樣品重量>10 g。
2、 血液樣品:每份新鮮血液樣本的體積>5 mL。
3、 植物樣品:要求新鮮較嫩的葉片組織,每個樣品重量>10 g,干冰或者液氮保存寄送。
4、 DNA樣品:請?zhí)峁舛龋?00 ng/μl,總量>20 μg的DNA,OD 260/280介于1.8~2.0之間,并確保DNA無降解。
5、 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融。
6、 送樣管務(wù)必標(biāo)清樣品編號,管口使用Parafilm 膜密封。
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上海派森諾生物科技有限公司(以下簡稱“派森諾生物”)成立于2011年4月,公司總部位于上海市徐匯區(qū),是在已有DNA一代測序合成平臺基礎(chǔ)上,以上海交通大學(xué)等海內(nèi)外高等學(xué)校和科研院所的專家教授團(tuán)隊為技術(shù)依托,吸納了多名基因組學(xué)和生物信息學(xué)高級專業(yè)技術(shù)人員加盟組成的高科技生物技術(shù)公司。
公司之所以取名派森諾生物(Personalbio)是這樣考慮的:首先,人類基因組計劃實施和完成,全面開啟了生命科學(xué)新紀(jì)元,其正帶動著生物科學(xué)研究和應(yīng)用進(jìn)入個性化時代;其次,測序技術(shù)的飛速發(fā)展,以測序中心獨(dú)攬?zhí)煜碌木置嬉矊⒈灰詫嶒炇覟閱挝粋性化形式所打破和取代。另外,由于生物種類和客戶需求目標(biāo)的多樣性,要求有針對性、個性化的專業(yè)服務(wù)。
派森諾生物緊緊跟蹤全球測序技術(shù)發(fā)展步伐,2011年率先引進(jìn)了亞太區(qū)第一臺羅氏升級版測序平臺(Roche 454 FLX+ system)和中國第一臺Illumina新一代個人化測序平臺(Illumina MiSeqTM),目前擁有Illumina HiSeqTM 2000、Illumina MiSeqTM和Roche 454 FLX+三大高通量測序平臺,確保了對不同類型、不同物種的測序需要。
派森諾生物擁有一支實力雄厚的序列測定和信息分析團(tuán)隊,在為合作伙伴提供標(biāo)準(zhǔn)化信息分析服務(wù)的基礎(chǔ)上,將根據(jù)客戶需要提供個性化的數(shù)據(jù)分析與培訓(xùn)。派森諾生物承諾,將為廣大合作伙伴提供三大免費(fèi)服務(wù):免費(fèi)設(shè)計科學(xué)合理的實驗方案、免費(fèi)提供常規(guī)生物信息分析和免費(fèi)修改潤色英文文稿。
派森諾生物始終以“解析序列,詮釋生命”作為企業(yè)理念,秉承“立足客戶需要,滿足個性需求”的服務(wù)宗旨,專業(yè)提供動植物基因組測序、微生物基因組測序、宏基因組測序、RNA測序、簡化基因組及外顯子捕獲等技術(shù)服務(wù)。
目前公司合作伙伴遍布全國,包括中國科學(xué)院、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院、上海交通大學(xué)、華東理工大學(xué)、內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)、南京大學(xué)、瑞金醫(yī)院、新華醫(yī)院、國家海洋局第一海洋研究所、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)、華南農(nóng)業(yè)大學(xué)、溫州醫(yī)學(xué)院、上海海洋大學(xué)、山東農(nóng)業(yè)大學(xué)、重慶市畜牧科學(xué)院、揚(yáng)州大學(xué)等,已經(jīng)完成和正在進(jìn)行多項國家和省市重大或重點科研項目,受到合作伙伴的認(rèn)同和好評。