簡介:擴(kuò)增子測序是對特定長度的PCR產(chǎn)物或者捕獲的片段進(jìn)行測序,分析序列中的變異。擴(kuò)增子測序能夠根據(jù)不同需求,對目標(biāo)區(qū)域進(jìn)行高覆蓋度的測序,還可以檢測到低頻突變。
1. 原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估
2. 序列比對與分析
與參考序列比對
SNPs和InDel的檢測
3.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化分析
1. 樣品純度要求: OD值應(yīng)在1.8至2.0之間;電泳檢測無明顯非特異性雜帶,PCR產(chǎn)物條帶清晰、完整,混合PCR產(chǎn)物之間的長度差別不多于100bp。
2. 樣品濃度:純化后PCR產(chǎn)物濃度不低于10ng/ul。
3. 樣品總量:樣品總量不低于500ng。
4. 送樣管務(wù)必標(biāo)清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封。仔細(xì)填寫DNA樣品信息表,提供DNA樣品具體濃度、體積、制備時(shí)間、溶劑名稱及物種來源。同時(shí)附上QC數(shù)據(jù),包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)。如需進(jìn)行多次樣品制備,需要提供多次樣品制備所需樣品。
5. 寄送樣品需要保持低溫環(huán)境,最好的方法是凍干郵寄,其次是溶于TE,當(dāng)然也可以溶于雙蒸水。
派森諾生物擁有多個(gè)高端測序平臺(tái),其中Illumina Miseq平臺(tái)讀長長,速度快,靈活性強(qiáng),尤其適合于擴(kuò)增子測序,可以保證數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性以及變異位點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)。
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上海派森諾生物科技有限公司(以下簡稱“派森諾生物”)成立于2011年4月,公司總部位于上海市徐匯區(qū),是在已有DNA一代測序合成平臺(tái)基礎(chǔ)上,以上海交通大學(xué)等海內(nèi)外高等學(xué)校和科研院所的專家教授團(tuán)隊(duì)為技術(shù)依托,吸納了多名基因組學(xué)和生物信息學(xué)高級專業(yè)技術(shù)人員加盟組成的高科技生物技術(shù)公司。
公司之所以取名派森諾生物(Personalbio)是這樣考慮的:首先,人類基因組計(jì)劃實(shí)施和完成,全面開啟了生命科學(xué)新紀(jì)元,其正帶動(dòng)著生物科學(xué)研究和應(yīng)用進(jìn)入個(gè)性化時(shí)代;其次,測序技術(shù)的飛速發(fā)展,以測序中心獨(dú)攬?zhí)煜碌木置嬉矊⒈灰詫?shí)驗(yàn)室為單位個(gè)性化形式所打破和取代。另外,由于生物種類和客戶需求目標(biāo)的多樣性,要求有針對性、個(gè)性化的專業(yè)服務(wù)。
派森諾生物緊緊跟蹤全球測序技術(shù)發(fā)展步伐,2011年率先引進(jìn)了亞太區(qū)第一臺(tái)羅氏升級版測序平臺(tái)(Roche 454 FLX+ system)和中國第一臺(tái)Illumina新一代個(gè)人化測序平臺(tái)(Illumina MiSeqTM),目前擁有Illumina HiSeqTM 2000、Illumina MiSeqTM和Roche 454 FLX+三大高通量測序平臺(tái),確保了對不同類型、不同物種的測序需要。
派森諾生物擁有一支實(shí)力雄厚的序列測定和信息分析團(tuán)隊(duì),在為合作伙伴提供標(biāo)準(zhǔn)化信息分析服務(wù)的基礎(chǔ)上,將根據(jù)客戶需要提供個(gè)性化的數(shù)據(jù)分析與培訓(xùn)。派森諾生物承諾,將為廣大合作伙伴提供三大免費(fèi)服務(wù):免費(fèi)設(shè)計(jì)科學(xué)合理的實(shí)驗(yàn)方案、免費(fèi)提供常規(guī)生物信息分析和免費(fèi)修改潤色英文文稿。
派森諾生物始終以“解析序列,詮釋生命”作為企業(yè)理念,秉承“立足客戶需要,滿足個(gè)性需求”的服務(wù)宗旨,專業(yè)提供動(dòng)植物基因組測序、微生物基因組測序、宏基因組測序、RNA測序、簡化基因組及外顯子捕獲等技術(shù)服務(wù)。
目前公司合作伙伴遍布全國,包括中國科學(xué)院、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院、上海交通大學(xué)、華東理工大學(xué)、內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)、南京大學(xué)、瑞金醫(yī)院、新華醫(yī)院、國家海洋局第一海洋研究所、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)、華南農(nóng)業(yè)大學(xué)、溫州醫(yī)學(xué)院、上海海洋大學(xué)、山東農(nóng)業(yè)大學(xué)、重慶市畜牧科學(xué)院、揚(yáng)州大學(xué)等,已經(jīng)完成和正在進(jìn)行多項(xiàng)國家和省市重大或重點(diǎn)科研項(xiàng)目,受到合作伙伴的認(rèn)同和好評。