外顯子組測(cè)序

  外顯子組是指全部外顯子區(qū)域的集合，該區(qū)域包含合成蛋白質(zhì)所需要的重要信息，涵蓋了與個(gè)體表型相關(guān)的大部分功能性變異。外顯子組序列捕獲及第二代測(cè)序是一種新型的基因組分析技術(shù)：外顯子序列捕獲芯片（或溶液）可在同一張芯片上以高特異 性和高覆蓋率捕獲研究者感興趣的目標(biāo)外顯子區(qū)域，后續(xù)利用Hiseq 2000或SOLiD 5500測(cè)序儀測(cè)序直接解析數(shù)據(jù).

    與全基因組重測(cè)序相比，外顯子組測(cè)序只需針對(duì)外顯子區(qū)域的DNA即可，覆蓋度更深、數(shù)據(jù)準(zhǔn)確性更高，更加簡(jiǎn)便、經(jīng)濟(jì)、高效。可用于尋找復(fù)雜疾�。ㄈ纾喊┌Y、 糖尿病、肥胖癥等）的致病基因和易感基因等的研究。同時(shí)，基于大量的公共數(shù)據(jù)庫(kù)提供的外顯子數(shù)據(jù)，我們能夠結(jié)合現(xiàn)有資源更好地解釋我們的研究結(jié)果。

    斯坦福大學(xué)醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)系的研究人員對(duì)市場(chǎng)上主流的外顯子組測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行了比較。該研究結(jié)果發(fā)表在《Nature Biotechnology》上，Nature Biotechnology 29, 908–914 (2011) doi:10.1038/nbt.1975。研究人員還比較了同一樣品的外顯子組測(cè)序和全基因組測(cè)序（WGS），顯示外顯子組測(cè)序能夠檢測(cè)到全基因組測(cè)序錯(cuò)過(guò)的小變異。

樣本要求

1)  樣品純度：OD 260/280值應(yīng)在1.8～2.0 之間；無(wú)降解、無(wú)RNA污染。

2)  樣品濃度：最低濃度不低于50ng/µl。 
3)  樣品總量：每個(gè)樣品總量不少于15µg。 
4)  樣品溶劑：應(yīng)溶解在純水或TE （pH 8.0）中。 
5)  樣品運(yùn)輸：DNA低溫運(yùn)輸（-20℃）；且在運(yùn)輸過(guò)程中請(qǐng)用parafilm將管口密封好，以防出現(xiàn)污染。

數(shù)據(jù)分析：

外顯子測(cè)序后獲得原始數(shù)據(jù)（raw reads），經(jīng)過(guò)去污染等過(guò)濾、比對(duì)參考基因組，獲得比對(duì)到基因組上的Unique mapped reads。對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)的信息分析流程，包括對(duì)SNP、InDel等進(jìn)行檢測(cè)、注釋和統(tǒng)計(jì)分析。同時(shí)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控檢測(cè)，包括測(cè)序深度、覆蓋度均一性等分析的檢測(cè)報(bào)告。

1. 標(biāo)準(zhǔn)信息分析

♦ 數(shù)據(jù)產(chǎn)出的統(tǒng)計(jì)

♦ 外顯子區(qū)域測(cè)序深度的直方分布圖

♦ 外顯子捕獲的均一性分析

♦ 一致性序列的獲得和SNPs的檢測(cè)

♦ SNPs的注釋

♦ 插入和缺失（Indels）的檢測(cè)

♦ 插入和缺失（Indels）的注釋

2. 個(gè)性化信息分析

♦ 氨基酸替代的預(yù)測(cè)分析

♦ 群體SNP的獲取和等位基因頻率評(píng)估

♦ Mendelian disorder analysis 孟德?tīng)栠z傳疾病分析

♦ 基于新一代測(cè)序技術(shù)的全基因組關(guān)聯(lián)（NGS-GWAS）分析

♦ 陽(yáng)性信號(hào)的檢測(cè)