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高通量測(cè)序--鏈特異性轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
相對(duì)于傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序而言，鏈特異性轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以確定兩條鏈的轉(zhuǎn)錄方向性，為基因的進(jìn)一步注釋和功能分析提供更準(zhǔn)確的信息，同時(shí)還可以挖掘轉(zhuǎn)錄組中的non-coding RNA信息。
服務(wù)類(lèi)別：測(cè)序/合成總訪問(wèn)：2343
最后更新：2015-7-14半年訪問(wèn)：11
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     鏈特異性轉(zhuǎn)錄組是研究有參考基因組物種轉(zhuǎn)錄組的一種有效手段。相對(duì)于傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序而言，鏈特異性轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以確定兩條鏈的轉(zhuǎn)錄方向性，為基因的進(jìn)一步注釋和功能分析提供更準(zhǔn)確的信息，同時(shí)還可以挖掘轉(zhuǎn)錄組中的non-coding RNA信息。原核生物鏈特異性轉(zhuǎn)錄組項(xiàng)目中，可以挖掘新的ncRNA與反義（antisense）轉(zhuǎn)錄本；還可以進(jìn)行基因結(jié)構(gòu)的研究，例如操縱子鑒定，為基因網(wǎng)絡(luò)調(diào)控的研究提供有力支持。本產(chǎn)品推薦選用Illumina測(cè)序平臺(tái)。

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研究?jī)?nèi)容
1）鏈特異性表達(dá)豐度分析
使用鏈特異性建庫(kù)測(cè)序方法，可以將比對(duì)到參考基因組上的reads按照正反義鏈進(jìn)行區(qū)分，計(jì)算正反義鏈上的reads豐度，從而獲得更加準(zhǔn)確的基因豐度信息。
 
2）non-coding RNA分析
non-coding RNA是指不編碼蛋白質(zhì)的RNA，除了我們熟知的rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA等多種已知功能的RNA外，還廣泛存在許多起調(diào)控作用的ncRNA。這些調(diào)控RNA主要分為3大類(lèi)：5‘UTR、trans-encoded small RNAs(sRNA)以及cis-encoded antisense RNAs (asRNAs)（示意圖如下）。 這些ncRNA通過(guò)多種途徑，包括mRNA降解、翻譯抑制、轉(zhuǎn)錄抑制及轉(zhuǎn)錄穩(wěn)定等來(lái)調(diào)控基因的表達(dá)，在生物適應(yīng)不同的自然環(huán)境中發(fā)揮重要的調(diào)控作用。
 
3）操縱子分析（僅限原核生物鏈特異性轉(zhuǎn)錄組分析）
在原核生物的基因組中很多功能相關(guān)的基因前后相連成串，由一個(gè)共同的控制區(qū)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄調(diào)控，這樣的基因結(jié)構(gòu)稱為操縱子（operon）。操縱子一般由啟動(dòng)基因、操縱基因和一系列緊密連鎖的功能基因組成。
4）基因結(jié)構(gòu)分析（僅限模式生物鏈特異性轉(zhuǎn)錄組分析）
模式生物已經(jīng)有完整的基因注釋信息，但是實(shí)際科學(xué)研究中個(gè)體存在差異。利用鏈特異性轉(zhuǎn)錄組測(cè)序可以對(duì)個(gè)體表達(dá)基因的結(jié)構(gòu)進(jìn)行深度研究。
5）GO、KEGG和COG注釋
6）差異表達(dá)分析包括GO和Pathway富集分析
 
技術(shù)指標(biāo)
組織樣品
動(dòng)物組織：＞ 2g；
植物組織：＞ 4g；
培養(yǎng)細(xì)胞：＞ 1×107 個(gè)；
血液樣品：≥ 2ml。
 
原核生物RNA
請(qǐng)?zhí)峁舛?ge;200ng/μL，總量≥10μg的RNA（單次建庫(kù)用量為5μg）；
OD 260/280介于1.8 ~2.2之間，OD260/230≥2.0，RIN≥6.5，23S:16S ≥1.0，確保RNA無(wú)降解；
送樣時(shí)請(qǐng)標(biāo)記清楚樣品編號(hào)，管口使用Parafilm膜密封；
樣品保存期間切忌反復(fù)凍融；
送樣時(shí)請(qǐng)使用干冰運(yùn)輸。
 
真核生物RNA
請(qǐng)?zhí)峁舛?ge;200ng/μL，總量≥10μg的RNA（單次建庫(kù)用量為5μg）；
OD260/280介于1.8~2.2之間，OD260/230≥2.0，RIN≥6.5，28S:18S ≥1.0，確保RNA無(wú)降解；
送樣時(shí)請(qǐng)標(biāo)記清楚樣品編號(hào)，管口使用Parafilm膜密封；
樣品保存期間切忌反復(fù)凍融；
送樣時(shí)請(qǐng)使用干冰運(yùn)輸。

 

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