人間四月天，這廂好禮相送 細(xì)菌基因組測序，優(yōu)惠震撼來襲

活動(dòng)說明

     歷時(shí)多年的技術(shù)經(jīng)驗(yàn)積累，國內(nèi)外借助PacBio三代測序技術(shù)于細(xì)菌基因組學(xué)研究領(lǐng)域發(fā)表的論文已有數(shù)百篇，為了讓中國科研者更好地完成科研項(xiàng)目，天津生物芯片現(xiàn)限時(shí)推出細(xì)菌基因組PacBio三代測序優(yōu)惠大放送活動(dòng)。 

細(xì)菌基因組通常比較小，大多在5MB以內(nèi)，建議采用Pacbio RS II平臺測1個(gè)SMRT Cell，獲得800Mb-1.4Gb的數(shù)據(jù)，然后對于三代測序數(shù)據(jù)進(jìn)行單獨(dú)組裝獲得基因組完成圖。三代測序平臺的錯(cuò)誤在于隨機(jī)誤差，因此可通過增加數(shù)據(jù)覆蓋度顯著降低錯(cuò)誤率。

根據(jù)Pacbio官方提供的參考標(biāo)準(zhǔn)，細(xì)菌/真菌基因組覆蓋大于80×,堿基準(zhǔn)確度已接近99.99999%(QV70),即相當(dāng)于每一千萬個(gè)堿基中約發(fā)生一個(gè)堿基錯(cuò)誤。以上研究方案在堿基準(zhǔn)確度、基因組覆蓋及組裝結(jié)果方面均可獲得較好結(jié)果。

技術(shù)優(yōu)勢

1，無GC偏好，對于GC%正常菌株和GC%異常菌株，Pacbio RS II 平臺均可獲得高質(zhì)量測序數(shù)據(jù)；

2，可獲得0 gap 基因組完成圖，1個(gè)contig=1條染色體；

3，對于包含質(zhì)粒的菌株，不僅可獲得完整的細(xì)菌基因組，還可同時(shí)獲得完整的質(zhì)粒基因組序列。

成功案例

    2016年，天津生物芯片利用PacBio RS II平臺，對GC含量高達(dá)70%的細(xì)菌進(jìn)行了基因組完成圖測序，僅用了1個(gè)cell測序，獲得了超過1.2Gb的測序數(shù)據(jù)，實(shí)現(xiàn)該菌基因組200X以上測序覆蓋，隨后利用天津生物芯片自主研發(fā)軟件進(jìn)行De novo拼接，最終獲得高準(zhǔn)確性的基因組完成圖。

關(guān)于TBC

   2013年，天津生物芯片率先在國內(nèi)提供PacBio RS II三代測序服務(wù)，天津生物芯片已積累豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，成為中國三代測序技術(shù)應(yīng)用的領(lǐng)跑者。2016年，天津生物芯片引進(jìn)最新的美國三代測 序平臺Sequel，以滿足呈指數(shù)增長的三代測序服務(wù)需求，從而繼續(xù)領(lǐng)跑中國三代測序服務(wù)市場。截止目前，公司在Nature、Nature Communications、PNAS等雜志累計(jì)發(fā)表SCI論文超過130篇，總影響因子超過500。

問題解答 
1、細(xì)菌完成圖用第三代單分子測序Pacbio  RS II平臺還是SEQUEL 平臺？
       答：SEQUEL 單個(gè)CELL數(shù)據(jù)量大約5G，RS II單個(gè)CELL數(shù)據(jù)量1G，而細(xì)菌的話1G數(shù)據(jù)量足夠完成圖了。從技術(shù)上說，都可以，從成本上RS II更合適。

2、第三代單分子測序平臺的單堿基準(zhǔn)確率低，如何保證拼接結(jié)果的準(zhǔn)確性？
      答： 第三代單分子測序平臺的結(jié)果為單分子測序的結(jié)果，單堿基準(zhǔn)確率僅為 87%，但其測序錯(cuò)誤無偏好性，通過對某一個(gè)堿基的高覆蓋，拼接結(jié)果的準(zhǔn)確率可以達(dá)到 99.9% 以上。后續(xù)我們進(jìn)一步利用高準(zhǔn)確率的二代測序數(shù)據(jù)對拼接結(jié)果進(jìn)行校正，確保最終拼接結(jié)果的準(zhǔn)確率達(dá)到99.99% 以上。
3、項(xiàng)目周期以及工作日如何保證？
      答：  微生物基因組測序完成圖為 20個(gè)個(gè)工作日。我們的工作日一般都是從樣品提取檢測合格的日期開始計(jì)算。個(gè)性化分析內(nèi)容的項(xiàng)目周期需要視具體情況而定。

項(xiàng)目聯(lián)系方式

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注：本活動(dòng)最終解釋權(quán)歸天津生物芯片所有