高精確度的SNP檢測(cè)

白血病中的突變檢測(cè)實(shí)例

兩個(gè)基因融合突變?cè)斐衫野彼峒っ竿�路產(chǎn)生的失調(diào)。其中一個(gè)基因突變會(huì)產(chǎn)生二級(jí)突變，這種突變會(huì)導(dǎo)致病人對(duì)激酶抑制劑藥物產(chǎn)生抗藥性。激酶區(qū)域突變有兩種不同方式產(chǎn)生，一種是polycolonal突變，另一種是compound 方式產(chǎn)生。不同的突變方式導(dǎo)致對(duì)不同藥物的不同抗藥性。需要有好的方法在臨床上區(qū)分兩種突變產(chǎn)生以個(gè)性化用藥。
 
Nature發(fā)布的一篇文章，F(xiàn)LT3過去一直被認(rèn)為是急性髓細(xì)胞白血�。ˋML）的有效治療靶標(biāo)，可患者接受靶向FLT3新藥治療后若復(fù)發(fā)會(huì)產(chǎn)生耐藥性，導(dǎo)致對(duì)FLT3是否真正有效靶標(biāo)產(chǎn)生質(zhì)疑后來出現(xiàn)很多爭(zhēng)議。

FLT3呈受體結(jié)構(gòu)，有一段激酶區(qū)域，還有一段稱為ITD的重復(fù)序列，ITD上有很多突變，是過去藥物篩選的靶標(biāo)。這個(gè)研究針對(duì)ITD突變外部的二級(jí)突變與抗藥性的關(guān)系。

研究發(fā)現(xiàn)ITD外部下游區(qū)也有很多二級(jí)突變產(chǎn)生，和抗藥性有關(guān)。二級(jí)突變產(chǎn)生的頻率很低，很難找到，所以不受重視，在很多研究中，沒有將其與抗藥性關(guān)聯(lián)起來。長(zhǎng)度超過1kb。這個(gè)長(zhǎng)度二代測(cè)序是測(cè)不到的。傳統(tǒng)Sanger技術(shù)可以了解突變的空間關(guān)系，但處理起來非常麻煩，還需要擴(kuò)增，挑克隆。PacBio技術(shù)正好可以很容易解決這個(gè)問題。結(jié)果表明，在沒用藥前，ITD下游二級(jí)突變出現(xiàn)頻率不高，但用藥后二級(jí)突變出現(xiàn)頻率升高。8個(gè)例子中，不同的病人出現(xiàn)突變的頻率和模式是不同的，其中有的突變頻率很低，不到3%。正是由于第三代測(cè)序?qū)﹂L(zhǎng)片段及稀有突變的高靈敏度高準(zhǔn)確度檢測(cè)，重新證實(shí)了FLT3的確是有效的藥物靶標(biāo)。