閱微基因 STR/SSR/微衛(wèi)星分析(含引物開發(fā))

STR/SSR/微衛(wèi)星分析(含引物開發(fā))
 

微衛(wèi)星標(biāo)記（Microsatellite）也稱為短串聯(lián)重復(fù)序列（STR）或簡單重復(fù)序列（SSR），是廣泛分布在真核生物基因組中的簡單重復(fù)序列。微衛(wèi)星位點通常通過PCR擴增和電泳檢測，并根據(jù)片段大小分離等位基因進行分析；擴增后的等位微衛(wèi)星可以用多種方法檢測，傳統(tǒng)方法采用聚丙烯酰胺凝膠電泳加放射顯影或銀染的方法，費時費力效率低。閱微基因基于5年的經(jīng)驗，利用ABI遺傳分析儀對熒光標(biāo)記的DNA片段進行檢測，結(jié)合分子量內(nèi)標(biāo)進行DNA片段長度計算，使STR分型變得高效快捷，結(jié)果也更加精確。

服務(wù)項目

1、SSR引物開發(fā)

通過富集微衛(wèi)星序列，開發(fā)出10 條具有一定重復(fù)特征的微衛(wèi)星序列，并且對序列進行多態(tài)性和特異性驗證。

閱微基因不斷創(chuàng)新，在磁珠富集法技術(shù)之外，還提供基于NGS 平臺的引物開發(fā)服務(wù)，數(shù)據(jù)量更大，成功率更高。

2、引物篩選
  選取部分代表性樣本，利用普通引物進行PCR擴增，然后利用高分辨率芯片電泳或PAGE驗證引物的特異性、擴增效率和基因座多態(tài)性等信息（圖1）。

圖1 用ABI 測序儀進行引物篩選的結(jié)果

3、樣本批量擴增
  用帶有熒光標(biāo)記（FAM／HEX／TMR／ROX等）的引物，對批量樣本進行PCR擴增。我公司擁有高通量PCR儀平臺，可以滿足大量樣本擴增需求。

4、測序儀檢測
  帶有熒光標(biāo)記的PCR產(chǎn)物進行稀釋后與分子量內(nèi)標(biāo)混合，用3730xl等測序儀進行毛細管電泳，并得到原始數(shù)據(jù)（fsa文件，見圖2）。

圖2 應(yīng)用3730xl測序儀檢測得到的原始圖譜

5、原始數(shù)據(jù)分析
  編制panel和bin等文件，使用正版GeneMapper v4.0軟件分析測序儀得到的fsa文件，并生成PDF圖譜和Excel文檔（包括size、基因分型等信息），分析后的電泳圖譜見圖3。

圖3 GeneMapper軟件分析后的電泳圖譜

6、群體遺傳學(xué)分析
  利用生物信息學(xué)軟件（POPGENE、MEGA、PHYLIP、ARLEQUIN等）對上述數(shù)據(jù)進行進一步分析，繪制遺傳連鎖圖譜、分析連鎖不平衡和分析多態(tài)性等。

送樣要求

細胞（≥106 ）、組織（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因組DNA（≥20μl，濃度≥ 50ng/μl）；引物信息、片段長度范圍、瓊脂糖電泳圖等。

提供結(jié)果

引物、微衛(wèi)星分析的原始數(shù)據(jù)以及GeneMapper生成的PDF圖譜、包含片段長度等信息的Excel文檔和進一步的分析結(jié)果等。

成功案例

到目前為止，我公司與上百家科研機構(gòu)建立合作，進行過多個物種的引物開發(fā)、多態(tài)性分析、種系鑒定和連鎖圖譜構(gòu)建等工作，包括人、小鼠、大鼠、兔、馬、犬、牛、大熊貓、魚、蝦、麻雀、蜜蜂、蚊子、蚜蟲、瓢蟲、小麥、玉米、大豆、棉花、楊樹、蘋果、葡萄和真菌等。

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