轉(zhuǎn)錄組高通量測序

技術(shù)簡介
轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）廣義上指某一生理?xiàng)l件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA及非編碼RNA；狹義上指所有mRNA的集合。轉(zhuǎn)錄組研究是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn)，是研究基因表達(dá)的主要手段。第二代高通量測序技術(shù)的特點(diǎn)賦予了轉(zhuǎn)錄組卓越的覆蓋度、靈敏性以及基因區(qū)段特異性，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息，已廣泛應(yīng)用于基礎(chǔ)研究、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域。

轉(zhuǎn)錄組測序根據(jù)實(shí)驗(yàn)樣本的不同分為真核生物轉(zhuǎn)錄組測序和原核生物轉(zhuǎn)錄組測序；根據(jù)有無參考基因組分為有參考轉(zhuǎn)錄組測序和無參考轉(zhuǎn)錄組測序。

技術(shù)路線圖

生物信息學(xué)分析

有參考序列轉(zhuǎn)錄組測序信息分析

  

 常規(guī)分析：
1.測序數(shù)據(jù)質(zhì)控分析
2.高質(zhì)量序列與參考基因組比對(duì)
3.基因表達(dá)譜構(gòu)建
4.基因的可變剪切分析（真核生物）
5.基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化及新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測
6.新基因的功能注釋
7.SNP、InDel等基因結(jié)構(gòu)變異篩查

高級(jí)分析：
8.樣本間基因差異表達(dá)分析
9.差異表達(dá)基因的功能分析

個(gè)性化分析：
10.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化定制分析

無參考序列的轉(zhuǎn)錄組測序信息分析

 

常規(guī)分析：
1.測序數(shù)據(jù)質(zhì)控分析
2.轉(zhuǎn)錄組的拼接和組裝
3.Unigene的長度統(tǒng)計(jì)及功能注釋
4.Unigene的表達(dá)譜構(gòu)建
5.Unigene的GO分類
6.Unigene的代謝通路分析
7.SNPs分析

高級(jí)分析：
8.Unigene在樣本間的表達(dá)差異分析
9.樣本間差異基因的GO分類和代謝通路富集性分析

個(gè)性化分析：
10.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化定制分析。
 

案例解析

轉(zhuǎn)錄組熱圖

熱圖展示30個(gè)組織和器官中轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)水平，層次聚類分析將轉(zhuǎn)錄因子歸類為普遍型和組織特異型。

 

基因表達(dá)差異分析

哺乳動(dòng)物Rap1基因敲除樣本與野生型樣本比較，具有不同功能的基因表達(dá)上調(diào)及下調(diào)分析。 

 

代謝通路分析

利用KEGG注釋toll受體基因并構(gòu)建其相關(guān)信號(hào)代謝途徑，同時(shí)展示與健康組織相比較時(shí)牙周炎組織的高表達(dá)基因。

測序策略及數(shù)據(jù)量

測序策略：PE100或PE125

建議數(shù)據(jù)量：真核生物：一般測序：5～6Gb；深度測序：10Gb

原核生物：一般測序：1Gb；深度測序：5~10Gb