SNP/單核苷酸多態(tài)性分析

　　針對(duì)染色體上的不同SNP位點(diǎn)分別設(shè)計(jì)PCR引物和TaqMan探針，進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光PCR擴(kuò)增。探針的5’-端和3’-端分別標(biāo)記一個(gè)報(bào)告熒光基團(tuán)和一個(gè)淬滅熒光基團(tuán)。當(dāng)溶液中存在PCR產(chǎn)物時(shí)，該探針與模板退火，即產(chǎn)生了適合于核酸外切酶活性的底物，從而將探針5’-端連接的熒光分子從探針上切割下來(lái)，破壞兩熒光分子間的PRET，發(fā)出熒光。通常用于少量SNP位點(diǎn)分析（見(jiàn)圖1）。

　
圖1　某SNP位點(diǎn)分析結(jié)果　　A.純合(G/G)　　B.雜合(G/T)

2．Snapshot法
該技術(shù)由美國(guó)應(yīng)用生物公司（ABI）開(kāi)發(fā)，是基于熒光標(biāo)記單堿基延伸原理的分型技術(shù)，也稱小測(cè)序，主要針對(duì)中等通量的SNP分型項(xiàng)目。在一個(gè)含有測(cè)序酶、四種熒光標(biāo)記ddNTP、緊臨多態(tài)位點(diǎn)5’-端的不同長(zhǎng)度延伸引物和PCR產(chǎn)物模板的反應(yīng)體系中，引物延伸一個(gè)堿基即終止，經(jīng)ABI測(cè)序儀檢測(cè)后，根據(jù)峰的移動(dòng)位置確定該延伸產(chǎn)物對(duì)應(yīng)的SNP位點(diǎn)，根據(jù)峰的顏色可得知摻入的堿基種類，從而確定該樣本的基因型。對(duì)于PCR產(chǎn)物模板可通過(guò)多重PCR反應(yīng)體系來(lái)獲得。通常用于10-30個(gè)SNP位點(diǎn)分析（見(jiàn)圖2）。

圖2　人線粒體22個(gè)SNP位點(diǎn)的SNaPshot實(shí)驗(yàn)結(jié)果

4．Mass Array法
MassARRAY分子量陣列技術(shù)是Sequenom公司推出的世界上領(lǐng)先的基因分析工具，通過(guò)引物延伸或切割反應(yīng)與靈敏、可靠的MALDI-TOF-MS技術(shù)相結(jié)合，實(shí)現(xiàn)基因分型檢測(cè)�；�于MassARRAY平臺(tái)的iPLEX GOLD技術(shù)可以設(shè)計(jì)最高達(dá)40重的PCR反應(yīng)和基因型檢測(cè)，實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)靈活，分型結(jié)果準(zhǔn)確性高。根據(jù)應(yīng)用需要，對(duì)數(shù)十到數(shù)百個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行數(shù)百至數(shù)千份樣本檢測(cè)時(shí)，MassARRAY具有最佳的性價(jià)比，特別適合于對(duì)全基因組研究發(fā)現(xiàn)的結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證，或者是有限數(shù)量的研究位點(diǎn)已經(jīng)確定的情況。

送樣要求

細(xì)胞（≥10⁶ ）、組織（≥300mg）、血液（≥1ml）、基因組DNA（≥20μl，濃度≥50ng/μl）。

提供結(jié)果

檢測(cè)SNP的原始數(shù)據(jù)、數(shù)據(jù)分析結(jié)果及書(shū)面報(bào)告。

成功案例

某醫(yī)院客戶有1000 以上樣本，且只分析兩個(gè)SNP位點(diǎn)，選用了Taqman-SNP 方法進(jìn)行分型檢測(cè)，散點(diǎn)圖結(jié)果。