DNA甲基化檢測(cè)服務(wù)

背景介紹

DNA甲基化是最早發(fā)現(xiàn)的基因表觀修飾方式之一，真核生物中的甲基化僅發(fā)生于胞嘧啶，即在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'-端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?'-甲基胞嘧啶。DNA甲基化通常抑制基因表達(dá)，去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達(dá)。這種DNA修飾方在不改變基因序列前提下實(shí)現(xiàn)對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控。脊椎動(dòng)物DNA的甲基化狀態(tài)與生長(zhǎng)發(fā)育調(diào)控密切相關(guān)，比如在腫瘤發(fā)生時(shí)，抑癌基因CpG島以外的CpG序列非甲基化程度增加， CpG島中的CpG則呈高度甲基化狀態(tài)，導(dǎo)致抑癌基因表達(dá)的下降。閱微基因通過(guò)以下方法提供甲基化檢測(cè)服務(wù)。

服務(wù)項(xiàng)目 

1、甲基化特異性的PCR(Methylation-specific PCR，MSP)

用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，所有未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變；隨后設(shè)計(jì)針對(duì)甲基化和非甲基化序列的引物進(jìn)行PCR。通過(guò)電泳檢測(cè)MSP擴(kuò)增產(chǎn)物，如果用針對(duì)處理后甲基化DNA鏈的引物能得到擴(kuò)增片段，則說(shuō)明該位點(diǎn)存在甲基化；反之，說(shuō)明被檢測(cè)的位點(diǎn)不存在甲基化。

2、亞硫酸氫鹽測(cè)序法(Bisulfite sequencing PCR，BSP)

用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA，則未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不變。隨后設(shè)計(jì)BSP引物進(jìn)行PCR，在擴(kuò)增過(guò)程中尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化為胸腺嘧啶，最后對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序就可以判斷CpG位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化稱為BSP-直接測(cè)序方法。將PCR產(chǎn)物克隆至載體后進(jìn)行測(cè)序，可以提高測(cè)序成功率，這種方法稱為BSP-克隆測(cè)序法。

3、甲基化敏感擴(kuò)增多態(tài)性(Methylation-Sensitive Amplified Polymorphism,MSAP)

MSAP是利用對(duì)DNA甲基化敏感的兩種同裂酶Hpa II和Msp I來(lái)對(duì)基因組DNA進(jìn)行酶切和連接。由于兩種酶能夠識(shí)別相同的限制性酶切位點(diǎn)，即CCGG位點(diǎn)。當(dāng)DNA序列中的CCGG位點(diǎn)出現(xiàn)不同程度的甲基化狀態(tài)時(shí)，會(huì)分別被這兩種酶識(shí)別，以有無(wú)產(chǎn)物的方式體現(xiàn)出來(lái)。

4、焦磷酸測(cè)序(Pyrosequencing)

通過(guò)準(zhǔn)確定量單個(gè)連續(xù)的CpG 位點(diǎn)上的甲基化頻率，焦磷酸測(cè)序能檢測(cè)并定量甲基化水平上的細(xì)微改變。在序列延伸過(guò)程中，根據(jù)C和T的摻入量來(lái)定量確定單個(gè)位點(diǎn)的C-T比例。因此，不同位點(diǎn)的甲基化變異就能被準(zhǔn)確檢測(cè)。由于焦磷酸測(cè)序提供了真實(shí)的序列數(shù)據(jù)，甲基化狀態(tài)也就以序列形式呈現(xiàn)。

服務(wù)編號(hào) 

送樣要求

細(xì)胞(≥106個(gè))、組織(≥300mg)、血液(≥1ml)、血清(≥1.5ml)等樣品材料，基因組DNA(體積≥20μl，濃度≥50 ng/μl)。

提供結(jié)果

成功案例

某客戶檢測(cè)病例組樣本啟動(dòng)子區(qū)域甲基化情況，該區(qū)段共有39個(gè)CpG位點(diǎn)，一共提供10個(gè)克隆，該樣本的甲基化程度為2.3%。

SP檢測(cè)CpG甲基化區(qū)段點(diǎn)狀圖結(jié)果示例