小RNA測序

技術簡介

小RNA是一類重要的體內調節(jié)分子，主要包括miRNA、piRNA和siRNA。它的功能主要是誘導基因沉默，參與基因轉錄后調控，從而調節(jié)細胞生長、分化，以及個體發(fā)育、生殖等重要生物學過程。采用高通量測序技術，一次性獲得單堿基分辨率水平的數(shù)百萬條小RNA序列信息，依托強大的生物信息學分析平臺，鑒定已知小RNA，并預測新的小RNA及其靶標基因。

技術路線

生物信息學分析

 
常規(guī)分析：
1.測序數(shù)據(jù)質控分析
2.高質量序列與miRNA數(shù)據(jù)庫比對
3.小RNA分類及注釋：miRNA, siRNA, piRNA, rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA, repeat asscociated sRNA等
4.預測新的miRNA
5.miRNA靶基因預測
6.靶基因功能注釋、GO富集分析和代謝通路富集分析
7.miRNA表達譜分析

高級分析：
8.樣本間miRNA表達差異分析
9.與mRNA進行關聯(lián)分析（需要有mRNA數(shù)據(jù)）

個性化分析：
10.根據(jù)客戶需求進行個性化定制分析。

案例解析

小RNA的差異表達分析

自組織熱圖分析揭示豬鞭蟲的幼蟲、成體及組織特異文庫中小RNA的轉錄表達差異。

測序策略及數(shù)據(jù)量

測序策略：PE36或PE50

建議數(shù)據(jù)量：一般測序：10M reads 或15M reads

深度測序：20M reads