16S/ITS測(cè)序服務(wù)

技術(shù)簡(jiǎn)介

指對(duì)環(huán)境細(xì)菌的16S rRNA和真菌的ITS基因序列進(jìn)行高通量測(cè)序。細(xì)菌的16S rRNA基因和真菌的ITS基因結(jié)構(gòu)既具有保守性，又具有高變性。通過(guò)測(cè)序結(jié)果與數(shù)據(jù)庫(kù)比較，可以分析環(huán)境細(xì)菌/真菌的菌群結(jié)構(gòu)和多樣性。
    環(huán)境微生物多樣性檢測(cè)是指通過(guò)對(duì)環(huán)境中微生物16S rRNA/ITS高變區(qū)的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序，分析該環(huán)境下微生物群落的多樣性及分布特征。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)
 簡(jiǎn)單易操作：環(huán)境樣品（微生物群落）的最優(yōu)解決方案，完全擺脫繁雜的菌株分離工作；
 準(zhǔn)確性高：從堿基保守水平測(cè)定，真實(shí)反映物種情況；
 更為高效：與傳統(tǒng)的研究方法相比，具有通量大、產(chǎn)出數(shù)據(jù)多等優(yōu)點(diǎn)；
 靈活：提供多種可滿(mǎn)足16S/18S/ITS不同高變區(qū)域的研究需求。

技術(shù)路線圖

 
生物信息學(xué)分析

 
常規(guī)分析：
  1.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控分析及序列拼接
  2.OTU聚類(lèi)及其豐度分析
  3.OTU物種注釋及其豐度分析
  4.系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建
  5.Alpha多樣性分析（多樣性指數(shù)計(jì)算及稀釋度曲線圖）
  6.Beta多樣性分析（距離矩陣分析、PCoA分析及樣品聚類(lèi)分析）

高級(jí)分析：
  7.樣本間顯著性差異因子分析
  8.特定物種分析
  9.基于樣本物種分類(lèi)及環(huán)境影響因子的多元統(tǒng)計(jì)分析

個(gè)性化分析：
 10.根據(jù)客戶(hù)需求進(jìn)行個(gè)性化定制分析


案例解析

土壤樣品中細(xì)菌的組成
    采用VAMPS軟件分析16S V6區(qū)的序列，展示4個(gè)不同樣本的細(xì)菌組分。

 

               （Maltz, Michele A., et al., 2014）

16s rRNA稀釋曲線分析

從樣本中隨機(jī)抽出序列數(shù)作為橫坐標(biāo)，OTU數(shù)量作為縱坐標(biāo)，每條曲線代表一個(gè)樣本。稀釋性曲線趨向于X軸平行，說(shuō)明該樣本測(cè)序量基本充足。

                              （Lee, On On, et al., 2011）

不同樣品菌群結(jié)構(gòu)分析

對(duì)16S序列進(jìn)行分類(lèi)注釋?zhuān)�并�?jì)算其相對(duì)豐度，累積柱狀圖揭示不同樣品的菌群結(jié)構(gòu)特征。

    

                           （Ghai, Rohit, et al., 2012）

細(xì)菌16S rRNA基因構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)

對(duì)16S V4區(qū)序列進(jìn)行聚類(lèi)產(chǎn)生OTU，利用OTU序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)揭示其進(jìn)化關(guān)系，并展示每組OTU聚類(lèi)的16S V4序列數(shù)量信息。

 

測(cè)序策略及數(shù)據(jù)量
    測(cè)序策略：PE150、PE250、PE300
    建議數(shù)據(jù)量：4萬(wàn)條reads 或 1M reads