單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)

技術(shù)簡(jiǎn)介
    隨著測(cè)序技術(shù)不斷發(fā)展以及測(cè)序成本的降低，使得基因組測(cè)序已經(jīng)成為常規(guī)技術(shù)。通過提取組織或細(xì)胞群體的核酸進(jìn)行基因組或轉(zhuǎn)錄組的研究，忽略了細(xì)胞間的差異對(duì)調(diào)控基因表達(dá)、細(xì)胞行為和藥物反應(yīng)的作用，已經(jīng)不能滿足研究人員的要求。因此單細(xì)胞測(cè)序（包括基因組和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序）技術(shù)應(yīng)運(yùn)而出，它使科研人員可以針對(duì)單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行深入的研究，為組學(xué)研究開辟了新的篇章。
    單細(xì)胞全基因組測(cè)序主要應(yīng)用于腫瘤發(fā)生機(jī)制及胚胎發(fā)育研究�？梢圆恍枧囵B(yǎng)細(xì)胞，獲得單克隆癌細(xì)胞的具體突變來源及精準(zhǔn)的突變頻率，以及區(qū)分癌癥發(fā)生、發(fā)展、演化過程中的突變等。
    單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析主要用于在全基因組范圍內(nèi)挖掘基因調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)，尤其適用于存在高度異質(zhì)性的干細(xì)胞及胚胎發(fā)育早期的細(xì)胞群體。與活細(xì)胞成像系統(tǒng)相結(jié)合，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析更有助于深入理解細(xì)胞分化、細(xì)胞重編程及轉(zhuǎn)分化等過程及相關(guān)的基因調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)。

技術(shù)路線圖
 

生物信息學(xué)分析

單細(xì)胞基因組測(cè)序分析

基因組從頭測(cè)序（de novo sequencing）
常規(guī)分析：
  1.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控分析
  2.高質(zhì)量序列的拼接和組裝
  3.基因結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)及功能注釋
  4.蛋白結(jié)構(gòu)域注釋
  5.基因家族分析
  6.重復(fù)序列注釋
  7.大片段復(fù)制分析
  8.ncRNA注釋
  9.生化反應(yīng)通路（PATHWAY）映射
 10.基因本體論（GO）注釋

高級(jí)分析：
 11.特異序列、特異功能蛋白等的預(yù)測(cè)
 12.系統(tǒng)進(jìn)化分析

個(gè)性化分析：
 13.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化定制分析

基因組重測(cè)序（re-sequencing）
常規(guī)分析：
   1.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控分析
   2.一致性序列組裝（與參考基因組序列的比對(duì)分析）
   3.單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)檢測(cè)
   4.基因拷貝數(shù)變化分析
   5.結(jié)構(gòu)變異位點(diǎn)檢測(cè)

高級(jí)分析：
  6.性狀的QTL定位（真核生物）
  7.群體進(jìn)化分析
  8.功能基因挖掘

個(gè)性化分析：
  9.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化定制分析。


單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析

有參考序列的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序信息分析
常規(guī)分析：
  1.測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控分析
  2.高質(zhì)量序列與參考基因組比對(duì)
  3.基因表達(dá)譜構(gòu)建
  4.基因的可變剪切分析（真核生物）
  5.基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化及新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)
  6.新基因的功能注釋
  7.SNP、InDel等基因結(jié)構(gòu)變異篩查

高級(jí)分析：
  8.樣本間的基因差異表達(dá)分析
  9.差異表達(dá)基因的功能分析

個(gè)性化分析：
 10.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化定制分析

無參考序列的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序信息分析
常規(guī)分析：
  1.原始序列質(zhì)控分析
  2.轉(zhuǎn)錄組的拼接和組裝
  3.Unigene長(zhǎng)度統(tǒng)計(jì)及功能注釋
  4.Unigene表達(dá)譜構(gòu)建
  5.Unigene的GO分類
  6.Unigene的代謝通路分析
  7.SNP分析

高級(jí)分析：
  8.Unigene在樣本間的表達(dá)差異分析
  9.樣本間差異基因的GO分類和代謝通路富集性分析

個(gè)性化分析：
 10.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化定制分析
 

案例解析
   通過染色體序列覆蓋度分析比較三種單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增方法（GenomePlex WGA4，MDA和MALBAC）的擴(kuò)增重復(fù)性及全基因組層面的擴(kuò)增均一性。

測(cè)序策略及數(shù)據(jù)量

測(cè)序策略：PE125，PE150

建議數(shù)據(jù)量：請(qǐng)參照相對(duì)應(yīng)的普通測(cè)序數(shù)據(jù)量