微生物基因組測序服務(wù)

技術(shù)簡介

隨著第二代高通量測序技術(shù)的迅猛發(fā)展，全基因組測序已經(jīng)成為細(xì)菌基因組研究不可或缺的重要工具。第二代高通量測序技術(shù)大大降低了細(xì)菌基因組研究的成本，縮短了研究周期，為越來越多的科研人員提供了便利。微生物基因組測序根據(jù)客戶需求可獲得框架圖、精細(xì)圖和完成圖。其中完成圖采用第三代單分子測序（PacBio）和第二代高通量測序結(jié)果進(jìn)行拼接和組裝；精細(xì)圖根據(jù)第二代高通量測序的結(jié)果進(jìn)行拼接和組裝。重測序結(jié)果可進(jìn)行功能基因分析（如耐藥基因分析）、進(jìn)化分析、毒力分析等，為后續(xù)的功能研究提供理論基礎(chǔ)。

技術(shù)優(yōu)勢
 文庫構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)化：標(biāo)準(zhǔn)化的建庫流程，使文庫質(zhì)量更穩(wěn)定；
 優(yōu)化的建庫流程：優(yōu)化后的建庫流程降低了對初始DNA樣本質(zhì)量要求，增加了插入片段文庫的選擇，使所得數(shù)據(jù)更有利于后期的數(shù)據(jù)分析；
 初始樣本微量化：初始DNA量可以降低到500 pg；
 數(shù)據(jù)分析內(nèi)容靈活：可以根據(jù)客戶需求，調(diào)整分析內(nèi)容；
  個(gè)性化的跟蹤分析：根據(jù)客戶需求進(jìn)行數(shù)據(jù)的后期跟蹤分析，專家團(tuán)隊(duì)的加入使數(shù)據(jù)分析方向更明確。

技術(shù)路線圖
 


生物信息學(xué)分析
 

細(xì)菌基因組從頭測序（de novo sequencing）

常規(guī)分析：
  1.測序數(shù)據(jù)質(zhì)控分析
  2.高質(zhì)量序列的拼接和組裝
  3.基因預(yù)測及功能注釋
  4.蛋白結(jié)構(gòu)域注釋
  5.各類ncRNA、CRISPR、重復(fù)序列和轉(zhuǎn)座子等預(yù)測
  6.生化反應(yīng)通路（PATHWAY）映射
  7.基因本體論（GO）注釋

高級(jí)分析：
  8.前噬菌體分析
  9.致病性分析
 10.進(jìn)化分析：包括構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，計(jì)算進(jìn)化速率
 11.共線性及共有基因分析
 12.基因家族分析

個(gè)性化分析：
 13.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化定制分析


細(xì)菌基因組重測序

常規(guī)分析：
  1.測序數(shù)據(jù)質(zhì)控分析
  2.一致性序列組裝（與參考基因組序列比對分析）
  3.單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)檢測
  4.基因拷貝數(shù)變化分析
  5.結(jié)構(gòu)變異位點(diǎn)檢測
  6.系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建

高級(jí)分析：
  7.進(jìn)化速率分析
  8.群體進(jìn)化分析

個(gè)性化分析：
  9.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化定制分析
 

案例解析

微生物基因組測序圈圖
    綠硫菌（C. tepidum）全基因組序列環(huán)形展示圖標(biāo)明其正負(fù)鏈序列的編碼區(qū)域信息，揭示GC skew、基因組的平均GC含量、三核苷酸組成、tRNA基因、rRNA基因和sRNA基因種類等基本特征。 

 

系統(tǒng)發(fā)育分析
    利用31個(gè)廣泛使用的保守蛋白編碼基因構(gòu)建細(xì)菌域的最大似然系統(tǒng)發(fā)育樹，揭示GEBA基因組的分類特征及與其他物種的親緣關(guān)系。
 

 

測序策略及數(shù)據(jù)量
    測序策略：PE100、PE150
    建議數(shù)據(jù)量：1Gb