長鏈非編碼RNA(LncRNA)測序服務(wù)

技術(shù)簡介 

長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一類長度大于200nt且無或少有蛋白編碼能力的復(fù)雜RNA，廣泛存在于各種生物體內(nèi)。以RNA形式在表觀遺傳學(xué)、轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后等多種水平調(diào)控基因表達(dá)，在疾病的病理生理過程中起著重要的調(diào)節(jié)作用。lncRNA測序服務(wù)，一次性獲得樣本中幾乎全部的mRNA和lncRNA信息，為您全面、深入地研究lncRNA的功能提供了全新的工具。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)
 通過第二代高通量測序技術(shù)，可獲得樣本中幾乎全部的lncRNA序列信息，不局限于對(duì)已知lncRNA的研究，還可對(duì)未知的lncRNA進(jìn)行預(yù)測；
 通過優(yōu)化文庫構(gòu)建流程，使插入片段更長，更利于lncRNA的分析；同時(shí)減低了對(duì)RNA起始量與質(zhì)量要求；
 數(shù)據(jù)分析不限于lncRNA，也可對(duì)環(huán)形RNA等非編碼RNA進(jìn)行分析；
 個(gè)性化跟蹤分析，讓數(shù)據(jù)分析更有針對(duì)性，更加順暢。
 

技術(shù)路線圖
 

生物信息學(xué)分析

 
無參考序列的長鏈非編碼RNA（LncRNA）測序信息分析
常規(guī)分析：
  1.測序數(shù)據(jù)質(zhì)控分析
  2.轉(zhuǎn)錄組的拼接和組裝
  3.mRNA預(yù)測及表達(dá)譜分析
  4.lncRNA預(yù)測及表達(dá)譜分析
  5.lncRNA功能預(yù)測

高級(jí)分析：
  6.樣本間mRNA差異表達(dá)分析
  7.樣本間lncRNA差異表達(dá)分析
  8.差異基因的GO分類和KEGG富集分析
  9.lnRNA與mRNA關(guān)聯(lián)分析及共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

個(gè)性化分析：
 10.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化定制分析。

有參考序列的長鏈非編碼RNA（LncRNA）測序信息分析
常規(guī)分析：
  1.測序數(shù)據(jù)質(zhì)控分析
  2.高質(zhì)量序列與參考基因組比對(duì)
  3.已知mRNA鑒定
  4.mRNA表達(dá)譜分析
  5.已知lncRNA鑒定
  6.lncRNA表達(dá)譜分析
  7.預(yù)測新lncRNA
  8.新lncRNA的功能預(yù)測
  9.新lncRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測及表達(dá)譜分析

高級(jí)分析：
 10.樣本間mRNA差異表達(dá)分析
 11.樣本間lncRNA差異表達(dá)分析
 12.差異基因的GO分類和KEGG富集分析
 13.時(shí)間序列的差異表達(dá)分析
 14.lnRNA與mRNA關(guān)聯(lián)分析及共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建

個(gè)性化分析：
 15.根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化定制分析
 

案例解析  

長鏈非編碼RNA組成
    轉(zhuǎn)錄組測序分析揭示肺癌樣本中長鏈非編碼RNA（lncRNA）的轉(zhuǎn)錄本長度分布及所在外顯子的數(shù)量分布信息。   （White, Nicole M., et al., 2014）

 長鏈非編碼RNA差異表達(dá)分析

  小鼠紅細(xì)胞組織特異性富集長鏈非編碼RNA位點(diǎn)分析，揭示不同組織的表達(dá)差異水平。  

   

(Alvarez-Dominguez, Juan R., et al., 2014)

環(huán)形RNA的組成及分布

文氏圖揭示人體不同細(xì)胞間，線蟲不同發(fā)育時(shí)期的環(huán)形RNA數(shù)量差異及人類環(huán)形RNA的基因組起源。   

(Memczak, Sebastian, et al., 2013)

測序策略及數(shù)據(jù)量
    測序策略：PE125 / PE150 / PE250
    建議數(shù)據(jù)量：一般測序8~10Gb