m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺嘌呤)是真核生物mRNA內(nèi)部序列中最常見的一種甲基化修飾,同時可以功能性的調(diào)節(jié)真核生物的轉(zhuǎn)錄組從而影響mRNA的剪接、出核、定位、翻譯和穩(wěn)定。m6A RNA出現(xiàn)在多種重要的細(xì)胞生命過程中,意味著mRNA甲基化參與了多種生物學(xué)過程,如干細(xì)胞分化、生物節(jié)律等,同時也參與了多種疾病的發(fā)生,包括腫瘤、肥胖和不育等。
圖1:m6A甲基化和去甲基化示意圖
目前對m6A的轉(zhuǎn)錄組研究方法為MeRIP-seq(mRNA甲基化測序)的方法,其原理是通過m6A特異性抗體對細(xì)胞內(nèi)具有m6A修飾的RNA片段進(jìn)行免疫共沉淀,將富集下來的RNA片段進(jìn)行高通量測序。結(jié)合生物信息學(xué)分析,即可在轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)對m6A修飾進(jìn)行系統(tǒng)研究。
服務(wù)特點(diǎn)
●靈活度高:能夠直接對任意物種的轉(zhuǎn)錄組高甲基化片段進(jìn)行測序,無需已知的基因組序列信息。
●檢測范圍廣:覆蓋整個轉(zhuǎn)錄組范圍的甲基化區(qū)域。
●精確度高:能夠在實(shí)際結(jié)合位點(diǎn)100-200個堿基范圍內(nèi)精確定位。
●數(shù)字化信號:直接對甲基化片段進(jìn)行定量和測序,不存在傳統(tǒng)芯片雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應(yīng)和背景噪音問題。
實(shí)驗(yàn)流程
圖2:MeRIP-seq實(shí)驗(yàn)流程圖
結(jié)果展示
1.m6A甲基化峰分析
表1:m6A甲基化譜數(shù)據(jù)列表
2.m6A甲基化峰注釋
利用最新的RefSeq數(shù)據(jù)庫,每個峰通過與其最鄰近基因位置關(guān)系對甲基化峰進(jìn)行注釋,分成:外顯子峰,內(nèi)含子峰,非翻譯區(qū)峰,基因間m6A峰。
圖3:m6A甲基化峰分布圖。
3. m6A甲基化峰的可視化
m6A甲基化測序結(jié)果中的wig文件能夠上傳到基因組瀏覽器中,以便進(jìn)行m6A信號區(qū)域的可視化。
圖4:可視化分析
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