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ChIP-Seq 能實現(xiàn)真正的全基因組分析。目前所能獲得的芯片上固定的探針只能代表全基因組部分序列，所獲得的雜交信息具有偏向性。
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Chip-Seq 是指通過染色質免疫共沉淀技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，并對其進行純化和文庫構建；然后對富集得到的DNA片段進行高通量測序，通過將獲得的數(shù)百萬條序列標簽精確定位到基因組上，從而獲得全基因組范圍內(nèi)與組蛋白、轉錄因子等互作的 DNA 區(qū)段信息，是目前在全基因組水平研究蛋白結合靶DNA序列的重要手段，為轉錄因子、組蛋白修飾、核小體定位等表觀遺傳學的研究提供有效方法。
應用領域
1、確定組蛋白修飾的位置及其與基因表達的關系。
2、完成對轉錄因子及其它蛋白在基因組上結合位點的精準定位。
3、研究特定的核小體或組蛋白的分布。
技術優(yōu)勢
1、ChIP-Seq 能實現(xiàn)真正的全基因組分析。目前所能獲得的芯片上固定的探針只能代表全基因組部分序列，所獲得的雜交信息具有偏向性。
2、對于結合位點分析，ChIP-Seq 通過尋找“峰”，結合分辨率可精確到10~30 bp，而芯片上探針由于長度所限，無法精確定位，即使目前最高水平的商業(yè)芯片都無法提供可與ChIP-Seq 媲美的分辨率。
3、是所需樣本數(shù)量。ChIP-chip 需要多達4~5 μg?的起始樣本，在雜交之前需要進行LM-PCR，但可能導致背景增高，競爭性擴增等導致假陽性。而ChIP-Seq 僅需要納克級起始材料，如SOLiD 起始材料可低至20ng。
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