超微量RNA甲基化測序

技術(shù)簡介 
云序生物超微量RNA甲基化測序（超微量MeRIP-seq）對免疫共沉淀和高通量測序步驟進行優(yōu)化，克服常規(guī)抗體富集至少需要100μg總RNA的難題，最低僅需500ng總RNA既可實驗。并適用于檢測微量樣本如血清、血漿和外泌體。 
技術(shù)優(yōu)勢 
適用范圍廣：可檢測m6A修飾，同時可檢測m5C和m1A修飾； 
適用分子廣：mRNA，環(huán)狀RNA，LncRNA，pri-miRNA和tRNA； 
適用樣本類型多：血清、血漿、細(xì)胞、組織、外泌體、富集后的總RNA、石蠟切片，其他類型請電詢； 
物種：人、大鼠、小鼠、豬、牛、兔、羊、狗等哺乳動物。 
云序生物超微量RNA甲基化測序服務(wù)列表 

云序生物(m6A)RNA甲基化測序流程 

云序優(yōu)勢 ：
一站式服務(wù)： 
客戶只需提供細(xì)胞、組織或RNA，云序生物為您完成從MeRIP富集，文庫制備，上機測序到數(shù)據(jù)分析整套服務(wù)流程。 
優(yōu)化的實驗流程： 
MeRIP的富集效率是決定數(shù)據(jù)質(zhì)量的關(guān)鍵，云序生物MeRIP實驗采用預(yù)驗證的商業(yè)化抗體和精心優(yōu)化的實驗流程，具有極高的效率和特異性。 
嚴(yán)格的質(zhì)控： 
云序生物對MeRIP實驗的各個關(guān)鍵步驟進行嚴(yán)格的質(zhì)控，全程監(jiān)控實驗質(zhì)量，確�？蛻舻玫絻�(yōu)質(zhì)的數(shù)據(jù)。 
專業(yè)的生物信息學(xué)分析： 
云序生物具有強大的生物信息學(xué)團隊，能夠滿足客戶的各類深入數(shù)據(jù)分析需求。 
特異性高： 
通過抗體特異性富集發(fā)生甲基化修飾的RNA片段，以較低的成本實現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組范圍的RNA甲基化研究。

樣品運輸及保存： 
樣品運輸：樣品置于1.5mL離心管中，封口膜封好，干冰運輸。 
樣品保存：細(xì)胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理，液氮凍存后-80℃保存；RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存，避免反復(fù)凍融。 

數(shù)據(jù)分析 ：
1.識別甲基化富集峰
通過高通量測序和生物信息分析，識別(p <10^-5)甲基化富集的基因組區(qū)域。

        注：每個樣品組做一個Input，以去除基因組背景，降低假陽性率

2. RNA甲基富集峰注釋
通過生物信息分析利用最鄰近基因?qū)Ω患�峰進行注釋，并根據(jù)峰中點相對于已知基因的位置，將富集峰為啟動子峰、上游峰、內(nèi)含子峰、外顯子峰、基因間峰。

3. RNA甲基化富集峰區(qū)域的在基因組中的分布 
根據(jù)注釋信息，繪制富集峰在不同基因組特征上的比例圖。 
          
 4. RNA甲基化位點Motif分析 
RNA上甲基化的位點，可能包含某種序列motif。RNA甲基化酶可能正是通過識別這些motif特異性進行甲基化修飾，從而完成轉(zhuǎn)錄后調(diào)控功能。我們成功識別了全基因組的RNA上的甲基化位點后，獲取序列就能使用生物信息學(xué)的手段來搜索這些motif，從而揭示RNA甲基化修飾的機制。 

5. 差異RNA甲基化區(qū)域的識別與聚類 
云序生物使用 diffReps 軟件進行差異甲基化位點的識別。默認(rèn)篩選標(biāo)準(zhǔn)為 FDR<=0.05，具體以報告為準(zhǔn)。 識別樣本間的差異甲基化區(qū)，發(fā)現(xiàn)與特定表型或疾病相關(guān)的甲基化區(qū)域。 

6. 差異甲基化區(qū)的GO與信號通路分析
對差異甲基化基因進行功能分類，并發(fā)現(xiàn)顯著性富集的功能條目。 

7. Reads 的分布
使用 ngs.plot 工具可以展示匹配 reads 在 TSS， genebody， TES 等位點的分布情況，可以用來觀察 RNA 甲基化對TSS 等位點是否有偏好。