MIRNA芯片服務(wù)

一、Agilent Human miRNA芯片
安捷倫科技有限公司（Agilent Technologies Inc.）作為國際領(lǐng)先的生物芯片制造企業(yè)，利用其先進(jìn)的芯片生產(chǎn)工藝，開發(fā)出具有獨(dú)特設(shè)計(jì)的miRNA檢測芯片，能特異性地檢測出成熟的miRNA并能很好地區(qū)分高度同源的miRNA 分子。該平臺(tái)還具有特異性高、靈敏度高等特點(diǎn)�？梢詮V泛地應(yīng)用于檢測和比較各類樣品的miRNA表達(dá)狀態(tài)，并通過分析其調(diào)控的靶基因來深入分析其調(diào)控機(jī)制或生物學(xué)功能。
Agilent表達(dá)譜芯片特點(diǎn)

     ²  通過特殊的探針設(shè)計(jì)區(qū)分成熟miRNA和miRNA前體的芯片平臺(tái)；
 

• 無需分離miRNA，直接用Total RNA 進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，只需100ng的Total RNA 即可用來進(jìn)行標(biāo)記實(shí)驗(yàn)（不包括質(zhì)檢所消耗的量），避免了分離、富集、放大等過程帶來的影響；
• 樣品適用范圍廣：組織、血清、血漿、FFPE、冰凍切片組織、脫落細(xì)胞等均可進(jìn)行實(shí)驗(yàn)；
• 高特異性：特殊的專利探針設(shè)計(jì)能區(qū)別一個(gè)堿基的差異；
• 高靈敏度：檢測豐度跨4個(gè)log，高可達(dá)6個(gè)log，只要存在6000個(gè)拷貝的分子就可以檢出；
• 數(shù)據(jù)來源于miRBase 21.0版本，并方便及時(shí)更新；
• 人、大鼠、小鼠之外的動(dòng)物物種，可以方便的通過earray進(jìn)行個(gè)性化定制。

Agilent miRNA芯片類型及參數(shù) Agilent表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)分析  

基礎(chǔ)分析
數(shù)據(jù)質(zhì)控	1．各樣本的箱線圖
	2．各樣本的聚類圖
	3．樣本相關(guān)性圖
	4.  PCA圖
差異篩選	1．標(biāo)準(zhǔn)化后的microRNA總表
	2．差異microRNA列表
	3．差異microRNA散點(diǎn)圖
	4．差異microRNA火山圖
	5．差異microRNA聚類熱圖
功能注釋	1．差異microRNA的靶基因注釋
	2.  靶基因的GO富集
	3．靶基因的KEGG富集
高級分析
1. 差異microRNA與lncRNA關(guān)系預(yù)測
2. 差異microRNA與circRNA關(guān)系預(yù)測
3. 差異microRNA與轉(zhuǎn)錄因子關(guān)系預(yù)測
4．差異microRNA與靶基因的網(wǎng)絡(luò)圖
5．差異microRNA與表達(dá)譜數(shù)據(jù)共表達(dá)計(jì)算
6. 差異microRNA相關(guān)的ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖
7. 其它高級分析內(nèi)容

Agilent表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)分析展示
 

1. miRNA靶基因預(yù)測

    microRNA結(jié)合在靶基因的3’UTR，下調(diào)靶基因。miRNA靶基因預(yù)測有多種方法。我們主要利用TargetScan數(shù)據(jù)庫關(guān)聯(lián)microRNA的靶基因。

1. iRNA與靶基因網(wǎng)絡(luò)圖
   
                    miRNA與靶基因網(wǎng)絡(luò)圖             
2. miRNA－GO　Network 

miR-GO Network利用靶基因的功能注釋與microRNA-mRNA靶向調(diào)控關(guān)系，構(gòu)建microRNA功能調(diào)控的網(wǎng)絡(luò)圖。網(wǎng)絡(luò)圖可發(fā)現(xiàn)MicroRNA調(diào)控的多種基因功能，并通過網(wǎng)絡(luò)分析，得到核心調(diào)控microRNA以及microRNA調(diào)控的核心基因功能。 miRNA－GO　Network
7.miRNA－Pathway Network 
miR- Pathway Network與miR-GO Network類似．利用靶基因的Pathway間相互作用關(guān)系，與microRNA-mRNA靶向調(diào)控關(guān)系，構(gòu)建miR- Pathway調(diào)控的網(wǎng)絡(luò)圖。網(wǎng)絡(luò)圖可發(fā)現(xiàn)MicroRNA調(diào)控的多種信號通路，并通過網(wǎng)絡(luò)分析，得到核心調(diào)控microRNA以及microRNA調(diào)控的核心信號通路。 miRNA－Pathway Network
 

• 為了研究miRNA的調(diào)控機(jī)制，首先預(yù)測miRNA的promoter區(qū)域，根據(jù)miRNA的promoter區(qū)域，利用HMM來預(yù)測結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子。
• 9.miRNA與表達(dá)譜芯片平臺(tái)的聯(lián)合分析

miRNA與表達(dá)譜芯片平臺(tái)的聯(lián)合分析除了和甲基化與表達(dá)譜芯片分析類似外，還可以將miRNA預(yù)測的靶基因和表達(dá)譜芯片的差異基因取交集，進(jìn)行miRNA-DiffGene-Network。 miRNA-DiffGene-Network
二、中科普瑞基因芯片服務(wù)平臺(tái)
高標(biāo)準(zhǔn) — 擁有15年以上科技服務(wù)實(shí)驗(yàn)和分析技術(shù)經(jīng)驗(yàn)的團(tuán)隊(duì)成員以GLP-like質(zhì)量管理體系為您的基因芯片服務(wù)體系全線保駕護(hù)航。
高效率 — 樣品質(zhì)檢合格后，15個(gè)工作日出具結(jié)果報(bào)告，專屬生物信息和技術(shù)支持服務(wù)人員為您提供在線結(jié)果咨詢和解釋服務(wù)。
高質(zhì)量 — 符合3大基因芯片廠商質(zhì)量要求的服務(wù)質(zhì)量體系，項(xiàng)目質(zhì)量管理專員負(fù)責(zé)對您的項(xiàng)目全程跟蹤和質(zhì)控。