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LNCRNA芯片服務(wù)
近年來(lái)大量研究表明非編碼RNA在人類疾病調(diào)控中扮演重要角色。同時(shí)，越來(lái)越多的新的轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，基因組非編碼序列有絕大部分是可以表達(dá)的。
服務(wù)類別：測(cè)序/合成總訪問(wèn)：965
最后更新：2019-1-18半年訪問(wèn)：22
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þ Sinomics 非編碼RNA芯片
近年來(lái)大量研究表明非編碼RNA在人類疾病調(diào)控中扮演重要角色。為開(kāi)發(fā)疾病診斷標(biāo)志物和篩選新藥靶標(biāo)帶來(lái)新方向。同時(shí)，越來(lái)越多的新的轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，基因組非編碼序列有絕大部分是可以表達(dá)的。越來(lái)越多的事實(shí)證明轉(zhuǎn)錄出來(lái)的非編碼RNA具有重要的生物學(xué)功能。
相關(guān)系列芯片服務(wù)：
Sinomics lncRNA芯片、Sinomics circRNA芯片、Sinomics ceRNA芯片
Sino Human lncRNA array V3.0
Sino human lncRNA array V3.0 是一款對(duì)轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物進(jìn)行檢測(cè)的高通量芯片，檢測(cè)范圍包括lncRNA, mRNA。通過(guò)該芯片的檢測(cè)，可以在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)目前已知的差異RNAs分子，為后續(xù)的功能研究提供依據(jù)。
Sino Human lncRNA array V3.0芯片特點(diǎn)
  •   設(shè)計(jì)平臺(tái)：基于Agilent eArray平臺(tái)設(shè)計(jì)，采用Agilent SurePrint噴墨打印技術(shù)合成，
  •   穩(wěn)定性好；
  • 探針特點(diǎn)：經(jīng)典 60 mer探針長(zhǎng)度，檢出率高，重復(fù)性好；
  • 數(shù)據(jù)來(lái)源：以國(guó)際主流lncRNA數(shù)據(jù)庫(kù)為基礎(chǔ)，包括NCBI，Ensmble，NONCODE，lnciPedia，結(jié)合lncRNA疾病，lncRNA外泌體研究數(shù)據(jù)庫(kù)注釋，功能研究數(shù)據(jù)庫(kù)整合，來(lái)源范圍廣，參考意義大；
  • 檢測(cè)范圍：同時(shí)檢測(cè)lncRNA和mRNA，并可實(shí)現(xiàn)兩者數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)。
    Sino Human lncRNA array V3.0芯片參數(shù)
    1.芯片檢測(cè)的RNA的數(shù)量分布
    規(guī)格 探針長(zhǎng)度 ncRNA數(shù)目 mRNA數(shù)目
    4×180K 60 nt 91,614 25,353
    2.參考數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)源及數(shù)量
     
    數(shù)據(jù)庫(kù) NCBI Ensemble Noncode   V5 Lncipedia5.0
    檢測(cè)數(shù)量 19,592 6,833 62,670 2,519
    Sino Human lncRNA array V3.0芯片數(shù)據(jù)分析

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    基礎(chǔ)分析
    1. 原始數(shù)據(jù)處理分析 1）數(shù)據(jù)歸一化
    2）箱線圖
    3）樣本聚類圖
    4）樣本相關(guān)性分析
    5）主成份分析 (PCA)
    2. 差異基因篩選 1）表達(dá)差異基因篩選
    2）散點(diǎn)圖
    3）火山圖
    4）差異基因?qū)蛹?jí)聚類熱圖
    3. 差異mRNA功能分析（GO/KEGG）
    4.  lncRNA cis/trans靶基因預(yù)測(cè)
    5. 靶基因功能分析（GO/KEGG）
    Sino Human lncRNA array V3.0芯片數(shù)據(jù)分析展示
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  1. lncRNA吸附miRNA預(yù)測(cè)
  2. 近年的研究表明，lncRNA分子富含microRNA結(jié)合位點(diǎn)，在細(xì)胞中起到miRNA海綿吸附（miRNA sponge）的作用，進(jìn)而解除miRNA對(duì)其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表達(dá)水平，這種機(jī)制稱為內(nèi)源競(jìng)爭(zhēng)性RNA（ceRNA）機(jī)制。我們通過(guò)對(duì)lncRNA與miRNA可能結(jié)合的位點(diǎn)分析，預(yù)測(cè)lncRNA吸附的miRNA分子，以便于從ceRNA角度研究lncRNA的分子功能。
  1. lncRNA的cis/trans靶基因預(yù)測(cè)
Cis：選取與lncRNA距離小于10kb的gene作為cis作用的靶基因。
  • 預(yù)測(cè)采用數(shù)據(jù)庫(kù)是物種對(duì)應(yīng)的gene序列數(shù)據(jù)庫(kù)。先采用blast選擇出序列上具有互補(bǔ)性或相似性的序列，再利用RNAplex計(jì)算兩序列之間的互補(bǔ)能量，選擇e≤−30的序列。
  1. lncRNA疾病與外泌體研究注釋
  2. 外泌體形成是由細(xì)胞膜內(nèi)陷，形成內(nèi)體(endosome)，再形成多泡體(multivesicular bodies，MVB)，最后分泌到胞外的囊泡結(jié)構(gòu)。外泌體攜帶有母細(xì)胞的多種蛋白質(zhì)、脂類、DNA和RNA（mRNA, lncRNAs, miRNAs, circRNA）等重要信息。我們采用exorbase （http://www.exorbase.org/）和exoCarta（http://www.exocarta.org/）數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)已有研究的外泌體中發(fā)現(xiàn)的lncRNA進(jìn)行注釋，為后續(xù)研究，特別是外泌體研究提供參考。
    lncRNA常用數(shù)據(jù)庫(kù)
  • NCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
  • ENSEMNBL：http://asia.ensembl.org/index.html
  • UCSC：http://genome.ucsc.edu/
  • NONCODE：http://www.noncode.org/
  • LNCipedia：https://lncipedia.org/
  • LncRNADisease database: http://www.cuilab.cn/lncrnadisease
  • CPC: http://cpc.cbi.pku.edu.cn/
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