CIRCRNA芯片服務(wù)

 þSinomics 非編碼RNA芯片
近年來大量研究表明非編碼RNA在人類疾病調(diào)控中扮演重要角色。為開發(fā)疾病診斷標(biāo)志物和篩選新藥靶標(biāo)帶來新方向。同時，越來越多的新的轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，基因組非編碼序列有絕大部分是可以表達(dá)的。越來越多的事實(shí)證明轉(zhuǎn)錄出來的非編碼RNA具有重要的生物學(xué)功能。
相關(guān)系列芯片服務(wù)：
Sinomics lncRNA芯片、Sinomics circRNA芯片、Sinomics ceRNA芯片
Sino Human circRNA array V3.0
Sino Human circRNA array V3.0 是一款專門用來對circular RNA(circRNA)進(jìn)行檢測的高通量芯片。該芯片基于國際公認(rèn)circRNA權(quán)威數(shù)據(jù)庫circBase收錄數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，以Agilent eArray平臺設(shè)計(jì)的芯片。
Sino Human circRNA array V3.0芯片特點(diǎn)
             設(shè)計(jì)平臺：基于Agilent eArray平臺設(shè)計(jì)，采用Agilent SurePrint噴墨打印技術(shù)合成，穩(wěn)定性好；
 

• 探針特點(diǎn)：經(jīng)典 60 mer探針長度，檢出率高，重復(fù)性好；
• 檢測特點(diǎn)：針對特異性剪接位點(diǎn)為中心的探針設(shè)計(jì)，檢測circRNA特異性好；
• 數(shù)據(jù)來源：以國際主流circRNA數(shù)據(jù)庫CircBase為主，結(jié)合現(xiàn)有對circRNA疾病，功能研究數(shù)據(jù)庫整合，來源范圍廣，參考意義大；
• 檢測數(shù)據(jù)：通過對circBase來源數(shù)據(jù)的去冗余，探針預(yù)設(shè)計(jì)等，最終篩選到53,635條circRNA作為檢測對象。

Sino Human circRNA array V3.0芯片數(shù)據(jù)分析
 

1.   原始數(shù)據(jù)處理分析
2.    差異基因篩選

3.  母基因功能分析（GO/KEGG）

 

1.   circRNA 吸附 miRNA 預(yù)測

近年的研究表明，circRNA分子富含microRNA結(jié)合位點(diǎn)，在細(xì)胞中起到miRNA海綿（miRNA sponge）的作用，進(jìn)而解除miRNA對其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表達(dá)水平，這種機(jī)制稱為競爭性內(nèi)源RNA（ceRNA）機(jī)制。我們通過對circRNA與miRNA可能結(jié)合的位點(diǎn)分析，預(yù)測circRNA吸附的miRNA分子，以便于從ceRNA角度研究circRNA的分子功能。
5.  circRNA 疾病與外泌體研究注釋
  外泌體形成是由細(xì)胞膜內(nèi)陷，形成內(nèi)體(endosome)，再形成多泡體(multivesicular bodies，MVB)，最后分泌到胞外的囊泡結(jié)構(gòu)。外泌體攜帶有母細(xì)胞的多種蛋白質(zhì)、脂類、DNA和RNA（mRNA, lncRNAs, miRNAs, circRNA）等重要信息。我們采用exorbase （http://www.exorbase.org/）數(shù)據(jù)庫，對已有研究的外泌體中發(fā)現(xiàn)的circRNA進(jìn)行注釋，為后續(xù)研究，特別是外泌體研究提供參考。