CERNA芯片服務(wù)

 相關(guān)系列芯片服務(wù)：
Sino lncRNA芯片、Sino circRNA芯片、Sino ceRNA芯片

þ Sino Human ceRNA芯片V3.0
Sino human ceRNA array V3.0 是一款最大程度對(duì)轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物進(jìn)行檢測(cè)的高通量芯片，檢測(cè)范圍包括circRNA, lncRNA, mRNA, small RNA（不包括miRNA）。通過(guò)該芯片的檢測(cè)，可以在全基因組范圍內(nèi)檢測(cè)目前已知的差異RNAs分子，為后續(xù)的功能研究，特別是ceRNA機(jī)制研究提供依據(jù)。
Sino Human ceRNA array V3.0芯片特點(diǎn)

 

•   一舉多得：可針對(duì)circRNA、lncRNA、smallRNA(miRNA除外)和mRNA進(jìn)行全方位檢測(cè)，覆蓋范圍廣，一舉多得，暢游ceRNA調(diào)控研究。
• 樣品量少：滿(mǎn)足總RNA量大于200 ng，就能進(jìn)行芯片實(shí)驗(yàn)。非常適合微量樣本，血來(lái)源樣本，外泌體樣本等。
• 平臺(tái)穩(wěn)定：基于Agilent eArray平臺(tái)設(shè)計(jì)，采用Agilent SurePrint技術(shù)合成，穩(wěn)定性好，能夠?qū)Ρ磉_(dá)豐度相對(duì)較低的circRNA和lncRNA進(jìn)行有效檢測(cè)。
• 數(shù)據(jù)庫(kù)新：芯片探針設(shè)計(jì)來(lái)源數(shù)據(jù)庫(kù)包括國(guó)際主流認(rèn)可circRNA數(shù)據(jù)庫(kù)，lncRNA數(shù)據(jù)庫(kù)等。（數(shù)據(jù)庫(kù)更新時(shí)間，請(qǐng)蔣敏補(bǔ)充）
• 最新收錄：芯片收錄了各大數(shù)據(jù)庫(kù)中有關(guān)small RNAs相關(guān)數(shù)據(jù)，包括misc_RNA ，snoRNA，snRNA等。
• 注釋完整：根據(jù)已有相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)信息，對(duì)芯片上檢測(cè)得RNAs進(jìn)行疾病和外泌體檢測(cè)注釋。
• 驗(yàn)證嚴(yán)格：芯片對(duì)檢測(cè)的circRNAs進(jìn)行了嚴(yán)格篩選和挑選，確保后期驗(yàn)證的高效性。
• 預(yù)測(cè)分析：通過(guò)生物信息學(xué)的預(yù)測(cè)與數(shù)據(jù)分析，最大程度挖掘可能潛在存在的RNAs-miRNA-mRNA關(guān)系對(duì)，為后續(xù)的ceRNA機(jī)制研究提供參考。

Sino Human ceRNA array V3.0芯片參數(shù)
1. 芯片檢測(cè)的RNA的數(shù)量分布

規(guī)格	探針長(zhǎng)度	circRNA數(shù)目	ncRNA數(shù)目	mRNA數(shù)目
4×180K	60 nt	53,635	91,614	25,353

2. 參考數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)源及數(shù)量
 

數(shù)據(jù)庫(kù)	circBase	NCBI	Ensemble	Noncode V5	Lncipedia5.0
檢測(cè)數(shù)量	53,635	19,592	6,833	62,670	2,519

Sino Human ceRNA array V3.0芯片數(shù)據(jù)分析流程


 

基礎(chǔ)分析
1. 原始數(shù)據(jù)處理分析	1）數(shù)據(jù)歸一化
	2）箱線圖
	3）樣本聚類(lèi)圖
	4）樣本相關(guān)性分析
	5）主成份分析 (PCA)
2. 差異基因篩選	1）表達(dá)差異基因篩選
	2）散點(diǎn)圖
	3）火山圖
	4）差異基因?qū)蛹?jí)聚類(lèi)熱圖
3. 母基因功能分析（GO/KEGG）
4. circRNA吸附miRNA預(yù)測(cè)
5. lncRNA cis/trans靶基因預(yù)測(cè)
6. circRNA/lncRNA疾病與外泌體研究注釋
7. 靶基因功能分析（GO/KEGG）

Sino Human ceRNA array V3.0芯片數(shù)據(jù)分析展示
 
 

1. 差異基因篩選

 
  近年的研究表明，circRNA/lncRNA分子富含microRNA結(jié)合位點(diǎn)，在細(xì)胞中起到miRNA海綿吸附（miRNA sponge）的作用，進(jìn)而解除miRNA對(duì)其靶基因的抑制作用，升高靶基因的表達(dá)水平，這種機(jī)制稱(chēng)為競(jìng)爭(zhēng)性?xún)?nèi)源RNA（ceRNA）機(jī)制。我們通過(guò)對(duì)circRNA/lncRNA與miRNA可能結(jié)合的位點(diǎn)分析，預(yù)測(cè)circRNA/lncRNA吸附的miRNA分子，以便于從ceRNA角度研究circRNA/lncRNA的分子功能。
Cis: 選取與lncRNA距離小于10kb的gene作為cis作用的靶基因。
Trans: 預(yù)測(cè)采用數(shù)據(jù)庫(kù)是物種對(duì)應(yīng)的gene序列數(shù)據(jù)庫(kù)。先采用blast選擇出序列上具有互補(bǔ)性或相似性的序列，再利用RNAplex計(jì)算兩序列之間的互補(bǔ)能量，選擇e≤−30的序列。
lncRNA/circRNA與疾病的發(fā)生發(fā)展有著密切關(guān)系。雖然目前已知切確功能的lncRNA或circRNA不多，但已有大量相關(guān)文獻(xiàn)報(bào)道為研究lncRNA或circRNA提供了參考。我們采用lncrnadisease（http://www.cuilab.cn/lncrnadisease）和CSCD（http://gb.whu.edu.cn/CSCD/）數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)目前疾病中發(fā)現(xiàn)的lncRNA和circRNA進(jìn)行注釋。外泌體形成是由細(xì)胞膜內(nèi)陷，形成內(nèi)體(endosome)，再形成多泡體(multivesicular bodies，MVB)，最后分泌到胞外的囊泡結(jié)構(gòu)。外泌體攜帶有母細(xì)胞的多種蛋白質(zhì)、脂類(lèi)、DNA和RNA（mRNA, lncRNAs, miRNAs, circRNA）等重要信息。我們采用exorbase （http://www.exorbase.org/）和exoCarta（http://www.exocarta.org/）數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)已有研究的外泌體中發(fā)現(xiàn)的lncRNA和circRNA進(jìn)行注釋?zhuān)瑸楹罄m(xù)研究，特別是外泌體研究提供參考。
高級(jí)分析展示