全基因組甲基化測序服務(wù)

 

• 全基因組甲基化測序

DNA甲基化對生命活動非常重要，是基因調(diào)控的手段之一。DNA的甲基化狀態(tài)對染色體的結(jié)構(gòu)維持、X染色體失活、基因印記以及胚胎發(fā)育、正常細胞功能維持，乃至疾病、癌癥發(fā)生都是十分重要的。全基因組甲基化測序是將重亞硫酸鹽（Bisulfite）處理方法和Illumina高通量測序相結(jié)合，對有參考基因組信息的物種進行全基因組范圍內(nèi)的甲基化水平的測序。全基因組甲基化可以精確到單堿基分辨率，精確分析每一個C堿基的甲基化狀態(tài)，從而構(gòu)建全基因組甲基化圖譜。全基因組重亞測序達到全基因組覆蓋, 是研究甲基化水平的“金標準”。
全基因組甲基化測序結(jié)合了亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化（bisulfite conversion）方法與新一代高通量測序技術(shù)，可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態(tài)。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不變，PCR擴增所需片段，則尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化成胸腺嘧啶。對 PCR產(chǎn)物進行高通量測序，與參考序列比對，即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發(fā)生甲基化。
甲基化測序的優(yōu)勢

• 可發(fā)現(xiàn)整個基因組中所有CpG、CHH和CHG區(qū)域的甲基化模式
• 能以少量的DNA捕獲全面的樣品多樣性
• 能查看大多數(shù)物種基因組中幾乎每個胞嘧啶的甲基化
   

許多方法利用NGS的高質(zhì)量和靈敏度來進行甲基化分析。大多數(shù)方法依賴于DNA的重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化來檢測未甲基化的胞嘧啶。在文庫制備過程中，重亞硫酸鹽將未甲基化的胞嘧啶轉(zhuǎn)化成尿嘧啶。轉(zhuǎn)化后的堿基在測序中被識別為胸腺嘧啶（PCR后），并通過序列計數(shù)來確定甲基化胞嘧啶的比例。
重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化測序可通過靶向方法完成，如擴增子甲基化測序（Methyl-seq），或全基因組重亞硫酸鹽測序（WGBS）。此外，TAB-Seq和OxBS等替代方法也利用NGS來鑒定羥甲基化（5-hmC）并開展甲基化（5-mc）分析。

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全基因組甲基化測序技術(shù)路線

全基因組甲基化測序樣品要求（基因組DNA）
 

• 樣品純度：OD 260/280值應(yīng)在1.8～2.0 之間； RNA 應(yīng)去除干凈；
• 樣品濃度：最低濃度不低于50ng/µl；
• 樣品總量：每個樣品總量不少于6µg；
• 樣品溶劑：應(yīng)溶解在H20或TE (pH 8.0)中；
• 樣品運輸：DNA低溫運輸（-20℃）；在運輸過程中用parafilm將管口密封好，以防出現(xiàn)污染。

全基因組甲基化測序數(shù)據(jù)分析展示

             圖：甲基化位點頻率的染色體分布。

                      圖：全基因組基因平均甲基化程度分布展示。

  圖：甲基化位點分布與CpG島的位置關(guān)系。

                                       圖：樣本染色體甲基化程度分布。