MeDIP-Seq(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing),即甲基化DNA 免疫共沉淀測序。
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MeDIP-Seq(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing),即甲基化DNA 免疫共沉淀測序。先用5'-甲基胞嘧啶抗體富集胞嘧啶甲基化的基因組片斷,然后對富集的片段進行高通量測序。該方法檢測范圍覆蓋全基因組,所需測序數(shù)據(jù)量較少,但不能在單堿基分辨率水平上檢測DNA胞嘧啶甲基化狀態(tài)。
MeDIP-Seq實驗路線
MeDIP-Seq技術(shù)路線
MeDIP-Seq樣品要求(基因組DNA)
² 樣品純度:OD 260/280值應(yīng)在1.8~2.0 之間;RNA 應(yīng)去除干凈。
² 樣品濃度:最低濃度不低于50ng/ul。
² 樣品總量:每個樣品總量不少于10ug。
² 樣品溶劑:溶解在H20或TE (pH 8.0)中。
² 樣品運輸:DNA低溫運輸(-20℃);且在運輸過程中請用parafilm將管口密封好,以防出現(xiàn)污染。
MeDIP-Seq數(shù)據(jù)分析展示
圖 差異甲基化區(qū)段分染色體注釋。紅色代表高甲基化,藍色代表低甲基化。適合樣本較少,用于整體展示差異甲基化區(qū)段在染色體上的分布。
圖 甲基化區(qū)域全基因組展示。最外面一圈代表染色體編號,由外向里逐層代表不同樣本,用于展示樣本的全基因組甲基化狀態(tài)。
圖 甲基化與表達譜關(guān)聯(lián)分析。把有差異的基因分別在縱坐標上顯示表達的差異,在橫坐標上顯示甲基化的差異。適合在整體上展示甲基化與表達的負相關(guān)性。
圖 基因甲基化狀態(tài)與表達相關(guān)性分析。把相同的基因排在同一行上,熱圖展示各個基因的甲基化修飾與表達的水平及相關(guān)性。適用于對關(guān)鍵基因的展示。
圖 用于展示甲基化與表達的相互作用及調(diào)控的相關(guān)性。其中高表達的基因為紅色,低表達基因為綠色;高甲基化基因為正三角形,低甲基化基因為倒三角形。
圖 甲基化程度在同不基因結(jié)構(gòu)的均一化分布圖?v坐標代表甲基化程度,橫坐標代表基因的不同位置。