利用探針雜交富集外顯子區(qū)域的DNA序列,通過高通量測(cè)序,發(fā)現(xiàn)與蛋白質(zhì)功能變異相關(guān)遺傳突變的技術(shù)手段
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外顯子組測(cè)序(Whole Exome Sequencing,WES)
是利用探針雜交富集外顯子區(qū)域的DNA序列,通過高通量測(cè)序,發(fā)現(xiàn)與蛋白質(zhì)功能變異相關(guān)遺傳突變的技術(shù)手段。
相比于全基因組測(cè)序,外顯子組測(cè)序更高深度、更加經(jīng)濟(jì)、高效。
優(yōu)勢(shì):1. 直接對(duì)蛋白編碼序列進(jìn)行測(cè)序,找出影響蛋白結(jié)構(gòu)的變異;
2. 高深度測(cè)序,可發(fā)現(xiàn)常見變異、低頻變異及罕見變異
3. 針對(duì)外顯子組區(qū)域測(cè)序,約占基因組的1%,有效降低費(fèi)用,周期和工作量
外顯子組測(cè)序主要用于識(shí)別和研究與疾病相關(guān)的編碼區(qū)的基因組變異。
結(jié)合大量的公共數(shù)據(jù)庫(kù)提供的外顯子數(shù)據(jù)和自建諾禾正常人群數(shù)據(jù)庫(kù), 有利于更好地排除無(wú)害突變
及解釋變異信息之間的關(guān)聯(lián)和致病機(jī)理。
從材料選取,建庫(kù)測(cè)序,到數(shù)據(jù)分析,
每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì),以保障高質(zhì)量研究成果。
分析內(nèi)容=標(biāo)準(zhǔn)分析+高級(jí)分析+個(gè)性化分析。
外顯子組測(cè)序通過將目標(biāo)序列與參考序列進(jìn)行比對(duì),發(fā)現(xiàn)外顯子組變異信息,為單基因病和復(fù)雜疾病的治療奠定基礎(chǔ)。
疾病基因組學(xué) | |||
標(biāo)準(zhǔn)信息分析 | 高級(jí)信息分析(單基因。 | 高級(jí)信息分析(復(fù)雜疾病) | 個(gè)性化分析 |
1.數(shù)據(jù)質(zhì)控:去除接頭污染和低質(zhì)量數(shù)據(jù) |
(一)基于變異有害性的篩選 |
(一)基于變異有害性的篩選 |
1. 藥物效應(yīng)多態(tài)性的遺傳學(xué)機(jī)理研究 |
癌癥基因組學(xué) | |||
基本信息分析 A | 基本信息分析 A+ | 高級(jí)信息分析 | 個(gè)性化分析 |
1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控 : 去除接頭污染和 |
基本信息分析 A 基礎(chǔ)上增加 5項(xiàng)分析內(nèi)容 : |
1. MRT 高頻突變基因相關(guān)性分析 |
1. 腫瘤進(jìn)化樹分析 |
外顯子組測(cè)序采用先進(jìn)的Illumina測(cè)序平臺(tái),快速、高效地讀取高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計(jì)算平臺(tái)(High Performance Computing,HPC)采用DELL計(jì)算節(jié)點(diǎn)和Isilon存儲(chǔ)的高效組合,實(shí)現(xiàn)快速穩(wěn)定的測(cè)序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展,高性能計(jì)算平臺(tái)將會(huì)持續(xù)更新并擴(kuò)容,以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)。
諾禾致源疾病基因組事業(yè)部和癌癥基因組事業(yè)部,致力于精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的科研服務(wù)。
結(jié)合豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),專業(yè)的項(xiàng)目方案指導(dǎo)和分析流程,保證項(xiàng)目準(zhǔn)確并且快速地進(jìn)行。
基于10x Genomics Chromium™ 的外顯子組測(cè)序
對(duì)人類基因組而言,可利用 10x Genomics 技術(shù)展開全基因組研究。
該平臺(tái)利用獨(dú)有的 GemCode 技術(shù)可提供超長(zhǎng)片段的基因組信息,得到短讀長(zhǎng)測(cè)序無(wú)法獲得的基因組復(fù)雜區(qū)域的信息,精確進(jìn)行突變檢出、單倍體分型和結(jié)構(gòu)變異檢測(cè)。進(jìn)而準(zhǔn)確發(fā)掘疾病與癌癥的關(guān)鍵突變,確定其遺傳機(jī)制,明確致病機(jī)理。
疾病基因組學(xué) | 癌癥研究 |
(一)基本信息分析 1.10X專用數(shù)據(jù)分析軟件(Long Ranger) 1.1基本數(shù)據(jù)處理:過濾低質(zhì)量數(shù)據(jù),統(tǒng)計(jì)barcode信息等 1.2與參考基因組比對(duì),統(tǒng)計(jì)測(cè)序深度等,并獲得Linked-Reads信息 1.3SNV/InDel/SV(含CNV)檢測(cè) 1.4SNV/InDel/SV(含CNV)分型分析 2.SNV/InDel/CNV統(tǒng)計(jì)及注釋 3.基因組變異 Circos 圖展示 (二)10X專用可視化軟件(Loupe) 1.基本數(shù)據(jù)展示 2.分型結(jié)果展示 3.結(jié)構(gòu)變異展示 4.Linked-Reads結(jié)果展示 5.Phase Block結(jié)果展示 |
信息分析A (一)基本信息分析 1.10X專用數(shù)據(jù)分析軟件(Long Ranger) 1.1基本數(shù)據(jù)處理:過濾低質(zhì)量數(shù)據(jù),統(tǒng)計(jì)barcode信息等 1.2與參考基因組比對(duì),統(tǒng)計(jì)測(cè)序深度等,并獲得Linked-Reads信息 1.3SNV/InDel/SV(含CNV)檢測(cè) 1.4SNV/InDel/SV(含CNV)分型分析 2.SNV/InDel/CNV統(tǒng)計(jì)及注釋 3.基因組變異 Circos 圖展示(基于Germline結(jié)果) (二)10X專用可視化軟件(Loupe) 1.基本數(shù)據(jù)展示 2.分型結(jié)果展示 3.結(jié)構(gòu)變異展示 4.Linked-Reads結(jié)果展示 5.Phase Block結(jié)果展示 信息分析A+ 信息分析A基礎(chǔ)上增加6項(xiàng)分析: 1. Somatic SNV/InDel/CNV檢測(cè)、注釋及統(tǒng)計(jì)(成對(duì)樣本) 2.易感基因篩查 3.高頻突變基因統(tǒng)計(jì)及通路富集分析 4.NMF突變特征及突變頻譜分析 5.NovoDriver已知驅(qū)動(dòng)基因篩選 6.基因組變異Circos圖展示(基于Somatic結(jié)果) |