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出色完成每一個(gè)項(xiàng)目環(huán)節(jié)

諾禾致源疾病基因組事業(yè)部和癌癥基因組事業(yè)部，致力于精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的科研服務(wù)。
結(jié)合豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，專業(yè)的項(xiàng)目方案指導(dǎo)和分析流程，保證項(xiàng)目準(zhǔn)確并且快速地進(jìn)行。

病毒靶向捕獲測(cè)序

很多癌癥與病毒序列插入有關(guān)，研究病毒與人基因組之間的整合關(guān)系，對(duì)于闡明病毒相關(guān)腫瘤的發(fā)生發(fā)展機(jī)制具有重要意義。
病毒靶向捕獲測(cè)序是通過(guò)定制特定亞型的病毒探針，與基因組DNA進(jìn)行雜交，獲得病毒基因組及與之整合的人基因組序列，然后進(jìn)行高通量測(cè)序的技術(shù)手段。

相對(duì)傳統(tǒng)的全基因組測(cè)序方法，病毒捕獲測(cè)序的優(yōu)勢(shì)

技術(shù)參數(shù)

信息分析

基本分析	個(gè)性化分析
1. 人基因組和病毒基因組比對(duì) 2. 病毒亞型鑒定 3. 病毒基因組突變檢測(cè) 4. 病毒整合位點(diǎn)檢測(cè) 5. 高頻整合位點(diǎn)分析 6. 病毒整合位點(diǎn)分布展示	1. 病毒進(jìn)化分析 2. 病毒整合的臨床關(guān)聯(lián)分析 3. 病毒整合與基因表達(dá)關(guān)聯(lián)分析

經(jīng)典案例

病毒捕獲測(cè)序研究肝癌HBV整合及致癌偏好性
Genomic and oncogenic preference of HBV integration in hepatocellular carcinoma

發(fā)表期刊：Nature Genetics
影響因子：12.123
發(fā)表單位：中國(guó)人民解放軍第二軍醫(yī)大學(xué)
發(fā)表年份：2016年10月

一、研究背景

肝癌在所有癌癥發(fā)病率中位列第五位，致死率居第三。乙肝病毒（HBV）或丙肝病毒（HCV）慢性感染是誘發(fā)肝癌的主要因素。其中，HBV基因組經(jīng)常會(huì)整合到宿主基因組中，引起宿主基因組的損傷和染色體不穩(wěn)定，促進(jìn)肝癌的發(fā)生。

二、方法流程

取材

426位HBV相關(guān)肝癌患者的腫瘤組織和瘤旁組織

測(cè)序

1. 捕獲探針：針對(duì)HBV的8種亞型設(shè)計(jì)探針
2. 測(cè)序平臺(tái)：HiSeq 2000 PE100

分析

1. 與人和病毒參考基因組進(jìn)行比對(duì)
2. 病毒整合位點(diǎn)檢測(cè)
3. 臨床數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)分析

三、研究結(jié)果

1. HBV整合與染色體不穩(wěn)定性

在所有樣本中共發(fā)現(xiàn)4225個(gè)HBV整合位點(diǎn)，大多整合位點(diǎn)在人基因組上隨機(jī)分布，40%的斷點(diǎn)分布于HBV基因組1400~1900bp區(qū)域。
腫瘤組織中整合位點(diǎn)數(shù)高于癌旁組織，對(duì)應(yīng)分別有826個(gè)、303個(gè)基因發(fā)生病毒整合，僅64個(gè)基因?yàn)槎吖灿�，說(shuō)明腫瘤和癌旁的病毒
整合模式不同。同時(shí)發(fā)現(xiàn)斷點(diǎn)顯著富集于腫瘤的CpG島及端粒附近，表明HBV偏向整合到維持染色體穩(wěn)定性的功能區(qū)。
2. HBV整合影響靶基因表達(dá)

在腫瘤組織和正常組織中分別發(fā)現(xiàn)88個(gè)、17個(gè)HBV高頻整合的基因，除已知基因，還發(fā)現(xiàn)新的整合基因，這些基因在轉(zhuǎn)錄水平和蛋白
表達(dá)水平均發(fā)生改變，如發(fā)生HBV整合的TERT表達(dá)上調(diào)，且患者生存期明顯縮短。

3. HBV整合與臨床數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)

研究發(fā)現(xiàn)男性肝癌患者HBV整合發(fā)生率明顯高于女性患者，且偏向整合于第2、17號(hào)染色體的大量區(qū)域以及核蛋白區(qū)域。

四、研究結(jié)論

本研究全面描繪了肝癌中的HBV整合圖譜，揭示了HBV傾向整合到發(fā)生DNA突變或重排的區(qū)域，同時(shí)新發(fā)現(xiàn)了一些HBV高頻整合的靶基因。HBV整合可以促進(jìn)慢性病毒感染患者向肝癌的致癌轉(zhuǎn)化。

疾病基因組學(xué)
標(biāo)準(zhǔn)信息分析	高級(jí)信息分析
1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控：去除接頭污染和低質(zhì)量數(shù)據(jù) 2. 與參考序列進(jìn)行比對(duì)、統(tǒng)計(jì)測(cè)序深度及覆蓋度 3. SNP/InDel變異信息檢測(cè)、注釋及在各基因功能元件上的統(tǒng)計(jì)（注釋包括：基因結(jié)構(gòu)、數(shù)據(jù)庫(kù)、保守性預(yù)測(cè)、信號(hào)通路等）	（一）基于變異有害性的篩選 1.突變位點(diǎn)篩選 2.Non-coding區(qū)突變位點(diǎn)篩選（二）基于選樣信息的篩選 1.突變位點(diǎn)篩選（散發(fā)樣本）（三）基于統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn)的顯著性分析（成對(duì)樣本） 1.位點(diǎn)顯著性分析 2.基因顯著性分析

癌癥基因組學(xué)（腫瘤成對(duì)樣本）
標(biāo)準(zhǔn)信息分析	高級(jí)信息分析
1. 數(shù)據(jù)質(zhì)控：去除接頭污染和低質(zhì)量數(shù)據(jù) 2. 與參考序列進(jìn)行比對(duì)、統(tǒng)計(jì)測(cè)序深度及覆蓋度 3. SNP／InDel檢測(cè)、注釋及統(tǒng)計(jì) 4. 成對(duì)樣本somatic SNV/InDel檢測(cè)、注釋及統(tǒng)計(jì)	1. 高頻突變基因統(tǒng)計(jì)及通路富集分析(＞2對(duì)樣本) 2. MRT高頻突變基因相關(guān)性分析(＞2對(duì)樣本) 3. NovoDriver已知驅(qū)動(dòng)基因篩選 4. OncodriveCLUST驅(qū)動(dòng)基因預(yù)測(cè)(＞2對(duì)樣本) 5. 突變位點(diǎn)分布情況分析 a 高頻突變基因SNP/InDel突變位點(diǎn)展示 b 預(yù)測(cè)驅(qū)動(dòng)基因SNP/InDel突變位點(diǎn)展示 6. NovoDrug高頻突變基因靶向用藥預(yù)測(cè) 7. NovoDR耐藥突變篩選

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