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基于小片段文庫的低深度測序數(shù)據(jù)，通過K-mer分析，從而有效的評估基因組大小、GC含量、雜合度以及重復(fù)序列含量等信息
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基因組Survey基于小片段文庫的低深度測序數(shù)據(jù)，通過K-mer分析，從而有效的評估基因組大小、GC含量、雜合度以及重復(fù)序列含量等信息，是全面了解某一物種基因組特征的有效方法，
為后續(xù)的全基因組de novo 測序組裝策略的制定提供理論依據(jù)。
基于K-mer分析，可快速確定基因組特征，該方法已廣泛應(yīng)用于評估基因組基本特征。
從材料選取，建庫測序，到數(shù)據(jù)分析，每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計，以保障高質(zhì)量研究成果。
分析內(nèi)容=標(biāo)準(zhǔn)分析+高級分析。
通過K-mer分析，預(yù)估物種基因組大小，并對物種基因組，重復(fù)序列情況進行分析。對基因組進行初步組裝，進行GC含量和外源污染分析。同時，基于初步組裝的版本，可以進行SSR標(biāo)記開發(fā)和同源注釋。
| 基因組Survey | 分析內(nèi)容 |
| 標(biāo)準(zhǔn)分析 | 基因組大小評估 |
| 雜合度評估 | |
| 重復(fù)率評估 | |
| 初步組裝 | |
| GC含量評估 | |
| 高級分析 | SSR標(biāo)記開發(fā) |
| 同源注釋 |
測序深度為50X，基于小片段數(shù)據(jù)，通過K-mer分析可以有效評估基因組大小、GC含量、雜合度以及重復(fù)序列含量等信息，除此之外還可以對數(shù)據(jù)進行初步組裝、SSR標(biāo)記的開發(fā)以及同源注釋。
基因組Survey采用先進的Illumina測序平臺，快速、高效地讀取高質(zhì)量的測序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計算平臺（High Performance Computing，HPC）采用DELL計算節(jié)點和Isilon存儲的高效組合，實現(xiàn)快速穩(wěn)定的測序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展，高性能計算平臺將會持續(xù)更新并擴容，以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲。
諾禾致源已經(jīng)成功對鳥類、哺乳動物、水產(chǎn)動物、經(jīng)濟作物、蘭科植物、中草藥等進行基因組特征評估，結(jié)合豐富的項目經(jīng)驗，專業(yè)的項目方案指導(dǎo)和分析流程，保證快速、準(zhǔn)確的評估基因組特征。
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