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基因組測(cè)序開啟物種真正探索之路

基因組從頭測(cè)序（De novo sequencing）
在不依賴參考基因組的情況下對(duì)某物種進(jìn)行基因組測(cè)序及拼接組裝，從而繪制該物種的全基因組序列圖譜�；蚪M測(cè)序不僅可以獲得該物種的全基因組序列圖譜，同時(shí)也為后續(xù)物種起源進(jìn)化及特定環(huán)境適應(yīng)性的研究奠定了基礎(chǔ)。根據(jù)基因組的復(fù)雜程度，基因組可分為簡(jiǎn)單基因組和復(fù)雜基因組。

	簡(jiǎn)單基因組	復(fù)雜基因組
重復(fù)序列比例	＜50%	＞50%
雜合率	＜0.5%	＞0.5%

科學(xué)方案設(shè)計(jì)

從材料選取，建庫測(cè)序，到數(shù)據(jù)分析，每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì)，以保障高質(zhì)量研究成果。

	簡(jiǎn)單基因組de novo 測(cè)序	復(fù)雜基因組de novo 測(cè)序
純二代	基于頂尖組裝水平，簡(jiǎn)單或復(fù)雜基因組高質(zhì)量組裝
文庫類型	小片段文庫：250 bp/450 bp 大片段文庫：2 Kb/5 Kb/10 Kb	小片段文庫：250 bp/350 bp/450 bp 大片段文庫庫：2 Kb/5 Kb/10 Kb/20 Kb
樣本要求	DNA總量>400ug	DNA總量>400ug
測(cè)序策略與深度	HiSeq PE150 100×	HiSeq PE150 200×
承諾指標(biāo)	哺乳動(dòng)物和鳥類基因組：contig N50≥40 Kb scaffold N50≥4 Mb 其它物種基因組：contig N50≥30 Kb scaffold N50≥1 Mb	contig N50≥20 Kb scaffold N50≥500 Kb
組裝策略（推薦）	二代、三代混合拼接
測(cè)序策略與深度	二代小片段（100×）+三代（40×）+10X Genomics
承諾指標(biāo)	contig N50≥500 Kb scaffold N50≥1 Mb	contig N50≥200 Kb scaffold N50≥1 Mb
全三代拼接	全三代結(jié)合新技術(shù)，組裝水平達(dá)到新高度
測(cè)序策略與深度	三代（80×）+10x Genomics／BioNano／ChiCago	三代（100×）+10X Genomics／BioNano／ChiCago
承諾指標(biāo)	contig N50≥1 Mb scaffold N50≥3 Mb	contig N50≥500 Kb scaffold N50≥1 Mb

信息分析

基因組序列是研究物種分子生物學(xué)的基礎(chǔ)，通過全基因組de novo測(cè)序，可得到物種全基因組序列圖譜，通過比較基因組學(xué)分析可對(duì)物種進(jìn)行基因家族分析，系統(tǒng)進(jìn)化分析，正選擇分析和共線性分析。

De novo 測(cè)序	分析內(nèi)容
組裝	組裝策略組裝結(jié)果評(píng)估
注釋	重復(fù)序列注釋基因結(jié)構(gòu)注釋基因功能注釋非編碼RNA注釋
生物學(xué)分析	比較基因組學(xué)分析	基因家族分析系統(tǒng)進(jìn)化分析正選擇分析共線性分析
	個(gè)性化分析	針對(duì)物種自身特點(diǎn) 制定分析方案
有參考基因組de novo 測(cè)序	特有基因檢測(cè)
	變異檢測(cè)

因?yàn)閷I(yè)，所以卓著。

從基因組組裝軟件SOAPdenovo、SOAPdenovoⅡ到NOVOheter，從比對(duì)軟件SOAP、SOAP2到SOAP3，從二代組裝、二加三混合拼接到全三代組裝，針對(duì)不同的基因組特征，采取不同的策略，致力于得到最優(yōu)的組裝結(jié)果。因?yàn)閷Ｗ�，所以專業(yè)，諾禾致源始終引領(lǐng)著基因組學(xué)的發(fā)展。

悅讀高質(zhì)量測(cè)序數(shù)據(jù)，盡享HPC澎湃動(dòng)力

基因組De novo 測(cè)序采用先進(jìn)的Illumina測(cè)序平臺(tái)，快速、高效地讀取高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計(jì)算平臺(tái)（High Performance Computing，HPC）采用DELL計(jì)算節(jié)點(diǎn)和Isilon存儲(chǔ)的高效組合，實(shí)現(xiàn)快速穩(wěn)定的測(cè)序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展，高性能計(jì)算平臺(tái)將會(huì)持續(xù)更新并擴(kuò)容，以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)。

出色完成每一個(gè)項(xiàng)目環(huán)節(jié)，助力科學(xué)研究。

諾禾致源的基因組合作項(xiàng)目遍布全球各地，引領(lǐng)基因組研究潮流。
截至2017年12月，發(fā)表高水平基因組文章8篇，其中2篇為封面文章。研究涉及鳥類、哺乳動(dòng)物、水產(chǎn)生物、珍稀動(dòng)物、昆蟲、栽培作物、水果植物、藥用植物、藻類、林木類、灌木類等諸多物種。
“科學(xué)的方案設(shè)計(jì)，嚴(yán)格的質(zhì)控管理，專業(yè)的分析團(tuán)隊(duì)，豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，優(yōu)質(zhì)的項(xiàng)目服務(wù)”，
確保每一個(gè)環(huán)節(jié)都能出色完成，助力科學(xué)研究。

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