參考基因組樣本開(kāi)展準(zhǔn)確的circRNA鑒定以及來(lái)源基因的分析
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環(huán)狀RNA(circular RNA, circRNA)是一類(lèi)特殊的非編碼RNA分析,測(cè)序采用Illumina測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序,針對(duì)有參考基因組樣本開(kāi)展準(zhǔn)確的circRNA鑒定以及來(lái)源基因的分析,環(huán)狀RNA測(cè)序在醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)研究領(lǐng)域應(yīng)用越來(lái)越廣泛。
基于高通量測(cè)序,依據(jù)主流數(shù)據(jù)庫(kù)和circRNA鑒定軟件,分析項(xiàng)目物種的circRNA信息,深入挖掘circRNA在轉(zhuǎn)錄調(diào)控中所發(fā)揮的重要功能。
從材料選取,建庫(kù)測(cè)序,到數(shù)據(jù)分析,每一步都需要科學(xué)、縝密的設(shè)計(jì),以保障高質(zhì)量研究成果。
諾禾致源circRNA測(cè)序項(xiàng)目,通過(guò)高效富集circRNA,借助最主流軟件對(duì)circRNA進(jìn)行鑒定,并通過(guò)分析來(lái)源基因,以深化對(duì)項(xiàng)目物種circRNA的功能研究。
了解更多>>分析內(nèi)容 | 解決問(wèn)題 |
參考序列比對(duì) | 分析測(cè)序reads比對(duì)率和覆蓋度 |
circRNA鑒定 | 發(fā)現(xiàn)樣本中存在的circRNA |
circRNA來(lái)源基因分析 | 有助于明確哪些基因能夠形成circRNA |
circRNA表達(dá)水平定量 | circRNA在各個(gè)樣本中的表達(dá)水平 |
差異表達(dá)分析 | 樣本之間差異表達(dá)的circRNA |
GO、KEGG富集分析 | 明確來(lái)源基因的具體生物學(xué)功能 |
miRNA結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè) | circRNA發(fā)揮海綿效應(yīng)的基礎(chǔ) |
環(huán)狀RNA測(cè)序采用先進(jìn)的Illumina測(cè)序平臺(tái),快速、高效地讀取高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)。
諾禾致源高性能計(jì)算平臺(tái)(High Performance Computing,HPC)采用DELL計(jì)算節(jié)點(diǎn)和Isilon存儲(chǔ)的高效組合,實(shí)現(xiàn)快速穩(wěn)定的測(cè)序數(shù)據(jù)分析及交付。隨著公司業(yè)務(wù)的發(fā)展,高性能計(jì)算平臺(tái)將會(huì)持續(xù)更新并擴(kuò)容,以保證高效的數(shù)據(jù)處理和安全的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)。
至2015年12月,諾禾致源已經(jīng)成功對(duì)人、鼠、羊、豬、雞、斑馬魚(yú)、果蠅、家蠶、蜜蜂、線蟲(chóng)、擬南芥、油菜、水稻、棉花、稻瘟菌等30多個(gè)物種進(jìn)行circRNA測(cè)序分析,做為一種相對(duì)較新的RNA測(cè)序產(chǎn)品,circRNA廣受關(guān)注,大量研究成果發(fā)表在權(quán)威期刊。“科學(xué)的方案設(shè)計(jì),嚴(yán)格的質(zhì)控管理,專(zhuān)業(yè)的分析團(tuán)隊(duì),豐富的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn),優(yōu)質(zhì)的項(xiàng)目服務(wù)”,確保每一個(gè)環(huán)節(jié)都能出色完成,助力科學(xué)研究。